Для рассмотрения уголовных дел Конституция предусмотрела образование судов присяжных. По гражданским делам судоустройство, судопроизводство и правосудие остаются за кантонами (ч. 3 ст. 64 Конституции).
Судебная организация в кантонах варьируется, однако общая схема такова: мировой судья — окружной суд или суд первой инстанции — верховный суд кантона или апелляционный суд. Во многих кантонах действуют специальные суды или судьи -по делам несовершеннолетних, по торговым делам, по социальным делам и т. д. В кантоне Женева действует конфликтный трибунал, разрешающий споры между административными судами и судами общей юрисдикции. В полукантоне Базель-сельский функции конституционной юстиции осуществляют административные суды, а в полукантоне Нидвальден — верховный суд. В кантоне Жюра, образованном в 1978 г., имеется единственный в Швейцарии конституционный суд, который вправе по требованию правительства кантона признавать недействительными решения кантонального парламента. Включенный в Конституцию в 1914 г. подраздел IV раздела второго, состоящий из одной ст. 114-бис, установил федеральную юрисдикцию по административным и дисциплинарным делам, для чего был учрежден федеральный Административный суд. Он должен рассматривать отнесенные к его ведению федеральным законодательством административные споры, входящие в сферу федеральной компетенции. Он также рассматривает дисциплинарные дела сотрудников федеральной администрации, отнесенные к его ведению федеральным законодательством и не подпадающие под особую юрисдикцию. Этот суд руководствуется федеральным законодательством и одобренными Федеральным собранием государственными договорами. Кантоны вправе с одобрения Федерального собрания передавать этому суду дела, относящиеся к сфере их компетенции.