Серед словаків протестантська меншина (16%) традиційно почувалася ближчою до чехів, і її братерські сентименти посилилися з кінця 19 сторіччя внаслідок впливу прозахідного Масарика, що контрастувало з панславістською, чехословацькою ідеологією, чиїм головним словацьким органом був Хлас(Голос). Перщі серйозні чеські політичні звернення до Словаччини припадають на Першу світову війну. Група Масарика озвучила їх у західних столицях, і у привітанні від 30 травня новому Габсбурзькому імператору Карлу чеська делегація у віденському Рейхсраті вимагала федеральної реорганізації його країни, що мала об’єднати землі, населені чехами та словаками, за рахунок тисячолітньої Угорщини. Політичне керівництво перебиралося чехами, оскільки словаки політично були безсилі у старій угорщині – і у сфальсифікованому парламенті в Будапешті, і в місцевих адміністраціях. 1910 року, наприклад, налічувалося лише 184 словацькомовних з 3683 юридичних функціонерів в округах північної Угорщини зі словацьким населенням, і лише 164 словаки з інших 6165 службовців. До того ж, після Ausgleich(перетворення) 1867 року угорські правителі нав’язали словакам сувору політику мовної і культурної асиміляції(але не расової винятковості), яка до вибуху Першої світової війни досягла такого успіху серед неселянської частини словацького населення, що позбавила його багатьох представників потенційної національної еліти.
Хоч етнічно та мовно зв'язані, чехи та словаки політично були відокремлені протягом тисячі років з часів поглинання словацьких земель угорським королівством у дев'ятому чи десятому сторіччях. Це поглинання, до того ж, ніколи не надавало їм автономного або напівнезалежного статусу, як Трансільванії чи Хорватії. Знов-таки, хоча більшість і чехів, і словаків були римо-католиками, останні, не зазнавши гуситського катарсису чехів, були також позбавлені критичної спадщини модернізму, світськості та антиклерикалізму. Словаки були радше релігійним, провінційним та дуже неписьменним селянським народом, який лишився політично покірним угорській владі аж до дев'ятндцятого сторіччя включно.
Після австро-угорського Ausleich 1867 року Словаччина була підпорядкована двом новим напрямам угорської політики; обидва роз'їдали її приспані традиції. Перш за все, негнучка програма мовної мадяризації призводила до культурного обезголовлювання словацької нації; дуже неосвічсне селянство лишалося незайманим. Тимчасом, як метою угорців було суто сумнівна мета денаціоналізації всього народу, треба було б нагадати, що їхня нетерпимість була виключно культурною та мовною, а не расистською чи етнічною. Мадяризований словак досягав усіляких успіхів, а сприятливі можливості — державні, професійні та особливо церковні - відкривалися перед ним. Ця доступність римо-католицької церковної ієрархії для здібних мадяризованих словаків була неоднозначним феноменом. З одного боку, він надавав кар'єрну драбину здібному словаку для просування нагору; з другого боку, він іронічно підкреслював політичну невигідність просування словаків як наслідок належності до тієї самої релігії, що й державна угорська церква. На відміну від православного та уніатського румунського населення угорської Трансільванії, наприклад, католики-словаки не отримували вигоди від захисного бар'єру іншої церкви, аби убезпечити їх від мадяризації загалом і від використання римо-католицьких інституцій, як особливої зброї в цьому самому процесі. По-друге, енергійний угорець прямує до економічної автаркії, сприяючи перетворенню словацької зони на центр видобувної та первинної промисловості, тимчасом, як промисловість кінцевої продукції концентрувалася навколо Будапешта.
Словаки, які майбуть керувались принципом “ворог мого ворога – мій друг”, у 1918 році погодилися увійти до складу нової держави, але як рівні партнери. Так як словацькі території до 1918 року мали зовсім інший адміністративний устрій ніж чеські, так як були під суверенітетом угорської корони, назрівало питання адміністративної реформи. Уряд Швегли узяв довготривале зобов'язання розвивати загальнонаціональну, централістську, префектуральну систему та впровадити її в Словаччині протягом 1923 року. Але чеські націонал-демократи та популісти, побоюючися, щоб не отримати адміністративні райони з німецькими меншинами, наклали вето на її застосування в історичних областях Богемії та Моравії.
Однією з найбільших проблем в стосунках між чехами і словаками було становищи католицької церкви. З вірними їй приблизно трьома чвертями населення країни римо-католицька церква була достатньо сильна у міжвоєнній Чехословаччині, аби відвернути розгортання радикально світського внутршінього курсу; але оскільки чеські, хоч і не словацькі світські, люди були зазвичай антиклерикальними, церква не мала достатньої сили, аби демонструвати свій політичний домінуючий вплив. Негативно ототожнюваній в чеській націоналістичній історіографії (як зрадницький фактор руйнації давньої Богемії внаслідок громадянської війни та іноземного поневолення) римокатолицькій церкві потім не довіряли за відчуження від чеського національного відродження у дев'ятнадцятому та на початку двадцятого сторіч і за перевагу космополітичним або німецьким аристократам серед вищої духовної ієрархії у чеських краях за влади Габсбургів. Хоча у Словаччині також вищим ієрархом був мадяр (або мадяризований) радше ніж свідомий словак однак, тут менш світське, менш урбанізоване, менш сучасне словацьке селяниво лишалося релігійнішим, ніж маса номінально католицьких світських чехів.
Ян Шрамек енергіний та дещо владний лідер чеської Народної партії, працював невтомно,невтомно та із зародковим успіхом протягом перших років незалежної Чехословаччини, аби реабілітувати патріотичну респектабельність політичного католицизму. Наполягаючи на тому, щоб залишитись в уряді навіть ціною відступництва Глінки з колись спільної партії, шрамек “зсередини” досягнув певного поліпшення земельної реформи стосовно володінь церкви, компромісу шлюбного законодавства, яке, хоч і дозволяло розлучення та цивільний шлюб, визнавало також релігійну шлюбну церемонію, як дійсну та достатню, без додавання цивільної, доволі щедрих державних заробітних плат [так званих congrua винагород] духовенству офіційно визнаних релігій і обов'язкових релігійних настанов для всіх дітей тих батьків, хто під час перепису заявив про визначений релігійний культ (існувало десять таких культів в історичних областях і вісім — у Словаччині та Карпатській Русі).
Влітку 1925 року, дбайливо вплеканий Шрамеком садженець римо-католицького та чеського націоналістичного замирення був випробуванний раптовим буревієм, коли уряд готувався до першого офіційного святкування роковин Гуса. Ці роковини в законодавчий спосіб стали національним святом навесні, і папський нунцій, підтриманий архієпископом Праги, подав рішучий протест і змусив чеських популістів полишити коаліцію. Призначеного дня, 6 липня, його "останнє попередження'' отримало відсіч, коли Масарик, Швегла і Бенеш влаштували суперечливу церемонію (згадані, як приватні особи), і нунцій Мармаджі, гніваючися, виїхав з Праги до Риму. Це була надзвичайна реакція, і Шрамек продемонстрував неабияку політичну проникливість, залишившися у складі кабінету міністрів. (Він продемонстрував подібну проникливість у лютому, коли підкреслено відмежувався від пасторського листа словацьких єпископів, які погрожували церковним покаранням будь-якому католику, що належить до соціалістичної партії чи організації, ба навіть до світського гімнастичною товариства "Сокол"). Тверезість Шрамека в цій скрутній ситуації допомогла стримати наступну антиклерикальну реакцію справді, саме націонал-соціалістична радше, ніж його власна Чеська популістська партія, як наслідок, зазнала відступництва. Тверезість також допомогла домогтися сприятливих для Чехословаччини поступок від Ватикану в можливому модус вівенді1; угода грудня 1927 року дозволяла чехословацькому урядові перевіряти політичну прийнятність ватіканських, посад на єпископські призначення в республіці; і Ватикан потім довіряв переплановувати парафіяльні та монастирські обласні межі. Наслідком останнього заходу була передача всіх парафіяльних та монастирських закладів у Чехословаччині під юрисдикцію ієрархів — резидентів цієї країни, таким чином припинивши підпорядкування словацьких та деяких тєшинсько-сілезьких парафій архієпископам Естергома (Угорщина) та Бреслау (Німеччина).
Із наближенням десятої річниці республіки 1928 року офіційний орган Словацької народної партії надрукував статтю під назвою "VacuumJuris", де стверджувалося, що словацькі лідери, які проголосили союз словаків з чехами 30 жовтня 1918 року у Турчанcькі-Свєті-Мартіні, у таємній статі і обмежили цю прихильність десятирічним іспитовим періодом, в кінці якого міг би наступити правовий вакуум, оскільки словаки повернули б свій суверенітет і, отже, право переглянути свій конституційний та політичний статус. Остаточний доказ цього твердження не був наведений ні тоді, ані пізніше. Автором статті був Войтех Тука, професор права у колишній Угорщині. Словак за походженням, 1920 року він зазначив свою національність, як угорець. Користуючися довірою Глінки, він доріс до посади віце-президента Словацької народної партії. Після деякої затримки власті дали відповідь. Парламентський імунітет Туки був скасований, на початку 1929 року Туку заарештували, суд тривав протягом літа, а 5 жовтня він був засуджений до 15 років ув'язнення за шпіонаж, передачу військових таємниць іншій державі (Угорщині), за намір відокремлення Словаччини від республіки та організацію збройних зграй задля цього. Впертий Глінка повсюдно захищав свого зловісного протеже Туку настільки гаряче і настільки невміло — навіть з точки зору вимоги політичного зобов'язання щодо юридичного виправдання, — щоб переконати інші партії в тому, що дні цієї коаліції полічені.