Открытие университета оговаривалось определенными условиями. Порой городская община назначала конкретный минимум учащихся. Например, город Винченца (Северная Италия), учредив в 1261 г. университетский курс канонического права, согласился оплачивать труд профессора лишь при наличии у него не менее 20 студентов. Церковь стремилась удержать университетское образование под своим влиянием. Ватикан являлся официальным покровителем многих университетов. Главным предметом в университетах было богословие. Преподавателями почти сплошь служили выходцы из представителей духовного звания. Ордена францисканцев и доминиканцев контролировали значительную часть кафедр. Церковь держала в университетах своих представителей - канцлеров, которые находились в прямом подчинении у архиепископов. И, тем не менее, университеты раннего Средневековья по программе, организации и методам обучения играли роль светской альтернативы церковному образованию.
Важной чертой университетов являлся их в известной мере наднациональный, демократический характер. Так, на скамьях Сорбонны сидели люди всех возрастов из многих стран. Рядом могли оказаться кардинал и политический изгнанник, например, итальянский поэт Данте. Для организации университета не требовалось больших затрат. Годились практически любые помещения. Вместо скамей слушатели могли располагаться на соломе. Студенты нередко выбирали профессоров из своей среды. Порядок записи в университет выглядел весьма вольным. Обучение было платным. Студенты-бедняки снимали для жилья каморки, перебивались случайными заработками, уроками, нищенствовали, странствовали. К XIV в. даже сложилась особая категория странствующих студентов (ваганты, голиарды), которые неоднократно перебирались из одного университета в другой. Многие ваганты не отличались нравственностью и были подлинным бичом для обывателей. Но из них выросло немало подвижников науки и образования.
Первые университеты были весьма мобильны. Если в окрестностях начинались чума, война и прочие беды, университет мог сняться с насиженного места и перебраться в другую страну или город. Студенты и преподаватели объединялись в национальные землячества (нации, коллегии). Так, в Парижском университете насчитывалось 4 землячества: французское, пикардийское, английское и германское. В Болонском - и того больше — 17.
Позже землячеств (во второй половине XIII в.) в университетах появились факультеты или колледжи . Ими назывались те или иные учебные подразделения, а также корпорации студентов и профессоров этих подразделений.
Землячества и факультеты определяли жизнь первых университетов. Представители наций (прокураторы) и факультетов (деканы) сообща выбирали официального главу университета - ректора. Ректор обладал временными (обычно на год) полномочиями. В некоторых университетах, особенно на юге Европы, обязанности ректора выполнял студент. Фактическая власть в университете принадлежала нациям. К концу XV в. положение изменилось. Главные должностные лица университета стали назначаться властями, и нации утратили свое влияние.
Факультеты присуждали ученые степени, факт приобретения которых оценивался в духе ученичества и рыцарского воспитания. Порой выпускников, подобно рыцарей, венчали громкими титулами типа граф права. В ученой степени магистр нетрудно угадать звание, которое получал ученик ремесленника. Профессора и студенты мыслили себя во взаимоотношениях мастеров и подмастерьев. Когда юноша 13-14 лет являлся в университет, ему надлежало записаться у профессора, который в дальнейшем считался за него в ответе. Студент занимался у профессора от 3 до 7 лет и, если учился успешно, получал степень бакалавра. Вначале она рассматривалась лишь как ступень к научной степени. Бакалавр посещал лекции других профессоров, помогал обучать вновь пришедших студентов, т. е. становился своеобразным подмастерьем. В итоге, подобно ремесленнику, он публично излагал (показывал) научную студию, защищая ее перед уже получившими степень членами факультета. После успешной защиты бакалавр получал ученую степень (магистра, доктора, лиценциата).
Большинство первых университетов имели несколько факультетов. Содержание обучения определялось программой семи свободных искусств. Так, на факультете искусств в основном читали сочинения Аристотеля по логике, физике, этике, метафизике, которые были переведены в XII в. с арабского и греческого языков. Усиливалась специализация. Так, Парижский университет славился преподаванием теологии и философии, Оксфордский - преподаванием канонического права, Орлеанский - преподаванием гражданского права, университет в Монпелье (южная Франция) - медицины, университеты Испании отличались преподаванием математики и естественных наук, университеты Италии - преподаванием римского права.
От студента требовалось посещать лекции: обязательные; дневные (ординарные) и повторительные вечерние. Вот как описывает занятия бывший студент Т. Платтер (1492-1582). В один и тот же час, в одном и том же помещении профессора диктовали выдержки из сочинений латинских авторов. Студенты записывали, переводили и комментировали эти выдержки. Еженедельно происходили диспуты с обязательным присутствием студентов. Преподаватель (обычно магистр или лиценциат) назначал тему диспута. Его помощник - бакалавр - вел дискуссию, т.е. отвечал на вопросы и комментировал выступления. При необходимости магистр приходил бакалавру на помощь. Один-два раза в год устраивались диспуты "о чем угодно" (без жестко оговоренной темы). В этом случае нередко обсуждались животрепещущие научные и мировоззренческие проблемы. Участники диспутов вели себя весьма свободно, нередко прерывали оратора свистом и криками.
Университеты явились альтернативой схоластике, вырождавшейся в "науку пустых слов". В Х1У-ХУ вв. пропасть между новейшим знанием и схоластикой увеличилась. Схоластика все больше превращалась в формальную бессодержательную философию. "Научными штудиями" схоластов могли быть, например, дискуссии на темы: "Сколько чертей помещается на кончике иглы","Почему Адаму в раю нельзя было съесть яблоко, а не грушу" и пр.
Университеты противопоставили схоластике деятельную интеллектуальную жизнь. Благодаря им духовный мир Европы стал намного богаче. История первых университетов тесно связана с творчеством мыслителей, давших новый толчок развитию культуры, науки и просвещения (Р. Бэкон, Я. Гус, А. Данте, Дж. Уинкли, Н. Коперник, Ф. Петрарка и др.).