Летом 1626 г. Коменский с женой и тестем укрываются в Северо-Восточной Чехии, в Биле-Тржемешне в замке чешского помещика Иржи Садовского. Здесь он пишет дидактическую работу на чешском языке, которая определила круг основных вопросов дидактики и их решение в «Великой дидактике».
31 июля 1627 г. император Фердинанд II провозгласил католичство официальной религией. В указе протестантам предлагалось поменять религию или покинуть Чехию. Многим патриотам пришлось оставить родину и перебраться в Польшу.
8 февраля 1628 г. Коменский поселился в польском городе Лешно, который издавна служил убежищем для «Чешских братьев». В Польше в общей сумме Коменский проводит 28 лет.
Сразу после переезда Коменский стал преподавать в гимназии «братьев» естествоведческие предметы, а в 1635 г. его избирают на должность ректора гимназии.
В эти годы Коменский проводит большую работу по усовершенствованию “Великой дидактики”, которую завершает в 1632 году.
Паралельно с работой над «Великой дидактикой» Коменский пишет учебник латинского языка «Открытая дверь языков и всех наук», который произвел переворот в системе преподавания этого важного предмета.
В 1633-1638 гг. Коменский продолжает работу над «Великой дидактикой» и решает издать ее на латинском языке, чтобы она была доступна для всех народов. Но сначала он отправляет рукопись своему другу Иоахиму Гюбнеру, попросив его высказать свое мнение об этой работе. Получив отрицательный отзыв Коменский долгое время воздерживался от издания «Великой дидактики». Только спустя 20 лет она была опубликована в Амстердаме в полном собрании дидактических сочинений. Эта классическая работа Коменского - основополагающий труд научной педагогики и она перевдена пости на все языки мира.
Помимо этого в Лешно Коменский пишет работы по естествознанию и начинает планировать «Пансофию». Интересно отметить тот факт, что об этой разработке узнал один английский меценат, крупный коммерсант и к тому же образованный человек Самуэл Гартлиб и обратился к Коменскому с письмом, в котором послал некоторую сумму денег и просил его написать «Пансофию» и заранее прислать ему план этой работы. Коменский составил план “Пансофии” и выслал его в Лондон.
Гартлибу очень понравился замысел «Пансофии», и он без ведома автора издал этот план в Лондоне в 1637 г. под названием «Введение к опытам Коменского». Вторично эта книга была напечатана через два года под названием «Предвестник пансофии».
Эта работа Коменского получила широкий отклик как среди выдающихся мыслителей Европы того времени, так и среди государственных деятелей.
В Лешно Коменский также создает философско-психологическую работу «Кузнец счастья, или Искусство советовать самому себе», пишет учебник «Геометрия», научную работу «Восход и заход главных звезд от восьмого небесного собрания», учебную книгу «Краткая космография»,«Первейшую философию»,«Гражданскую или политическую историю». Также он написал сочинение богословско-религиозного характера «Путь покоя», в котором он защищает протестантско--христианские позиции «Чешских братьев».
Прославленного педагога и мыслителя Коменского в 1638 г. приглашают в Швецию для преобразования школьной системы. Коменский отказался от этого приглашения, так как был в то время занят работой над «Пансофией». Гартлиб, пользующийся большим влиянием в английском парламенте, ставит вопрос о приглашении Коменского в Англию для осуществления идеи пансофии.
В соответствии с идеями Коменского Гартлиб ставил вопрос об учреждении в Англии международной колллегшии наук, которая смогла бы обобщить и свести воедино все достижения из различных областей науки и знания. Коменски получил согласие от синода и направился в Англию.
В сентябре 1641 г. Коменский прибыл в Лондон и поселился в семье Гартлиба. Но в момент прибытия страна была охвачена огнем гражданской войны. В такой политической ситуации парламенту было не до образования и культуры. Поэтому план Коменкого и Гартлиба не осуществился.
Несмотря на это, в период пребывания в Англии Коменский сумел написать труд пансофического характера «Путь света», в которй развивает идею всеобщей гармонии и мира между народами и ставит вопрос о создании международного языка и об учреждении всемирного совета.
Политическая обстановка в Англии не способствовала осуществлению идей Коменского в ближайшие годы, и он решил вернуться в Лешно. Однако в это время известный коммерсант Людвиг ван Геер приглашает его в Швецию для работы. Под влиянием государственного канцлера Швеции Оксенштирие, который пытался убедить его в неосуществимости идеи «Пансофии», Коменский прекратил работу над ней и занялся вопросами методики преподавания латинского языка, хотя и считал эту работу второстепенной.
В 1646 г. Коменский представил в Стокгольме высшему жюри университета еще не законченные дидактико-методические труды и в их числе – «Новейший метод преподавания языков».
В этой работе изложена методика преподавания латинского языка, основанная и построенная на индуктивном методе. Сперва - пример, затем - правило; предмет и параллельно - слово; свободное и осмысленное усвоение, а не мучительное зазубривание - таковы основные начала этого метода.
В соответствии с указаниями жюри Коменский приступил к подготовке к печати и других трудов. А весной 1647 г. Коменский снова приступил к работе над «Пансофией».
В 1648 г. скончался главный епископ «Чешских братьев» и синод пригласил на эту должность Коменского. Он вернулся в Лешно, где ему суждено было стать последним руководителем общины.
В период второго пребывания в Лешно Коменский отредактировал работу Ласицкого «История братьев» и написал работу «Свет во мраке», которая была издана в 1657 году.
В октябре 1648 г. Весгфальским миром закончилась Тридцатилетняя война. По положению договора вера подданых определялась той верой, которую исповедует их господин, что давало равные права кальвинистам, лютералами католикам, но только феодалам. Чехия по этому договору оказалась под господством Ггабсбургов, и поэтому католизм по-прежнему оставался государственной религией. Чешские изгнанники, бежавшие в Польшу, навсегда лишились возможности вернуться на родину.
В марте 1650 г. был проведен конгресс представителей общин «Чешских братьев», который принял постановление сохранить свою церковь и незыблемо соблюдать свой прежний устав.
В 1650 г. Коменского пригласил к себе покровитель Венгрии граф Сигизмунд Ракочи, который предложил ему консультировать руководство школой в г. Шарош-Патаке, а также осуществить свой пансофический план. Коменский охотно принял приглашение, поскольку в Венгрии «Чешским братьям» оказывали покровительство и помощь. В октябре 1650 г. Коменский с женой и детьми поселился в Шарош-Патаке.
Венгерский период (четыре года) был одним из самых прлодотворных периодов в жизни Коменского.
Практическая работа в в гимназии в значительной степени обусловила теоретическую разработку им различных вопросов педагогики. Коменскому не удалось полностью перестроить гимназию в соответствии с идеями, изложенными в «Пансофической школе», но он сумел открыть три по-новому организованных класса, обучение в которых велось по учебникам самого Коменского и в духе его дидактической концепции.
Из трудов этого времени особенно большое значение имеет бессмертная книга «Мир чувственных вещей в картинках», которая быстро распространилась по всей Европе как замечательный учебник для изучения латинского языка. Этот учебник важен тем, что в нем последовательно реализован принцип наглядности. Эта книга оставалась признанным учебником почти до конца XIX века. Еще с десяток трудов педагогическо-дидактического характера написаны Коменским за годы пребывания в Шарош-Патаке.
В 1654 г. Коменского вызывают в Лешно, где он продолжает свою деятельность, но в Лешно он проводит очень мало времени, так как в 1655 г. между Польшей и Швецией началась война. «Чешские братья» считали победу Швеции предпосылкой для освобождения Чехии и сочуствовали шведам.
Это, а также то, что Коменский написал панегирик в честь короля Швеции Карла Густава, вызвало недовольство правящих кругов Польши «Чешскими братьями». Когда польские войска взяли г. Лешно, они предали город огню, и разоренные чехи вынуждены были бежать не только из Лешно, но и из Польши. Во время пожара сгорела большая часть рукописей Коменского и все его проповеди, а сам он бежал в Силези и поселился в г. Фарнкфурте. Но вскоре он получил приглашение от сына своего друга Людвига ван Геера переехать в Амстердам, и в 1656 г. он вновь переезжает. Амстердамский сенат выделил чешским беженцам 2 млн. флоринов, а Коменского пригласил на должность профессора и назначил ему ежегодно 800 флоринов, чтобы он мог спокойно жить и продолжать работу над пансофическими трудами. Коменский из скромности отказался от должности профессора, но с горячей благодарностью принял помощь сената.
Амстердамский период жизни Коменского имеет всемирно-историческое значение в развитии педагогической мысли. Здесь в 1657 г. по постановлению амтсердамского сената и при материальной поддержке ван Геера было осуществлено издание Полного собрания дидактических сочинений, который содержит два тома и включает в себя почти все труды великого чешского педагога.
С начала 60-х годов Коменский почти прекратил работу над вопросами дидактики и последние 10 лет своей жизни посвятил практической деятельности по освобождению своей родины и разработке проблем мира и сотрудничества между народами. В эти годы он создает сочинение, которое называет “Всеобщий совет людским поколениям и в первую очередь - ученым, служителям религии, европейским властям об упорядочении дел человеческих. Коменский начал писать некоторые работы, вошедшие в это сочинение, еще в 1645 году, но не успел, и завещал их привести в порядок своему сыну. Многие рукописи были утеряны, и найдены только в 1934 г.