После подавления стрелецкого восстания и уничтожения самого сословия по указу Петра I стрелецкие полки были расформированы. Но храм Знамения Пресвятой Богородицы продолжал жить и служить "людям государевым". На месте стрелецкой слободы позднее размещались Петровские казармы, а еще позже обосновалась Московская жандармерия. Здесь же после революции обосновалось и Центральное Управление Московской милиции.
Полковой храм стал духовной осью, объединяющей место - стрелецкую слободу и стрельцов - "государевых людей", живущих здесь единой верой и общими интересами. В 1754 году был устроен ещё один придел во имя Всех Святых. Каждый православный обрел здесь небесное ходатайство и покровительство своего святого. Во время страшного пожара 1812 года храм пострадал меньше, чем другие московские святыни: сгорела только крыша, были повреждены двери и окна. По желанию прихожан в 1819 году Климентовский придел храма был переосвящён во имя преподобного Сергия Радонежского - игумена Земли Русской.
На протяжении трех столетий храм почти не изменил свой облик. Даже во времена государыни Екатерины, увлекавшейся западными эталонами красоты, русская архитектура Знаменской церкви осталась нетронутой. Прежним осталось и предназначение храма - служить людям воинским, "государевым". Именно потому, что здесь, на этом месте, и сейчас находится знаменитая Петровка, 38 - Главное управление внутренних дел города Москвы. И сегодня местность эта, пересеченная Колобовскими переулками, названными в честь стрелецкого полковника Никифора Колобова, богата учреждениями правоохранительных органов. Как и три века назад, здесь служит много "государевых" (читай: государственных) людей.
В годы гонений Знаменский храм разделил судьбу всей Русской Православной Церкви. Вера и христианские традиции искоренялись, многие храмы были взорваны и уничтожены. Но храм Знамения Пресвятой Богородицы за Петровскими воротами чудом сохранился. Земельные владения, на которых находились богадельня, дом притча и несколько доходных домов, были национализированы. Богоборческая власть изъяла всё церковное имущество: редкие богослужебные книги XVII - XVIII веков, старинную церковную утварь, богослужебные сосуды, бесценные иконы с частицами мощей и другие святыни. 16 января 1932 года постановлением Президиума Мособлисполкома храм Знамения Пресвятой Богородицы был закрыт "в связи с острой необходимостью в помещении" под архив Управления Московской милиции. Следует отметить, что использование здания храма Московской милицией не нарушило внутреннее пространство и сохранило в целостности его уникальный внешний вид.
В 1950-х годах здание храма было передано Институту химической физики Академии наук СССР. Здесь, в закрытых цехах и лабораториях, трудились десятки научных сотрудников, изготовляя и испытывая силикатный кирпич, кирпич будущего. Вся эта деятельность привела к тому, что церковная колокольня наклонилась и оказалась в аварийном состоянии, а на фасадах появились множественные трещины. В 60-х годах снаружи храм частично отреставрировали, но внутри он был капитально перестроен. Разделенный железобетонными перекрытиями на три этажа и под самый купол заполненный сплетениями проводов, силовых кабелей, трансформаторами, испытательными стендами, аппаратурой химического анализа, храм полностью утратил внутренний интерьер. Многотонные токарные и фрезерные станки, прессы заняли придел Преподобного Сергия Радонежского, муфельные печи - придел Всех Святых. В Знаменском приделе находились испытательные лаборатории, здесь же хранились огромные емкости с химическими реактивами и растворами. Алтари были отведены под кабинеты руководства и туалет.
В 1991 году была предпринята попытка передать Знаменскую церковь Русской Православной Церкви. Однако этот процесс затянулся на три долгих года. 4 декабря 1994 года, в день Введения во храм Пресвятой Богородицы, клирику храма Вознесения Господня у Никитских ворот ("Большое Вознесение") священнику Александру Трепыхалину был вручен Указ Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия на настоятельство "вновь открываемого храма Знамения иконы Божией Матери за Петровскими воротами г. Москвы с поручением ему попечения о скорейшем возвращении Церкви ранее принадлежавшего ей храма и возобновления в нем богослужений". Открылась новая страница в истории Знаменской церкви, началось ее "восстание из небытия".
Знакомство с соседями с Петровки, 38 состоялось быстро и переросло в добрые отношения. Взаимопонимание установилось сразу же, как только стало известно, что дед назначенного в храм настоятеля был городовым и до революции стоял на Боровицких воротах Кремля. Он был человеком образованным и религиозным, и привил любовь к Родине и Богу своим пятерым детям, младшей из которых была будущая мама священника. Генетическая связь с правоохранительными органами дала возможность священнику Александру не только лучше понять специфику милицейской службы, но и помогать воцерковляться сотрудникам и членам их семей.
Православный дух никогда не покидал тех, кто служил на Петровке. Сотрудники милиции и раньше с большим интересом посматривали в сторону здания храма, на его купола и кресты. Некоторые даже безуспешно пытались заглянуть внутрь. Поэтому московская милиция сама с воодушевлением принялась помогать своему древнему соседу вернуться к жизни.
В новейшей летописи церковной жизни зафиксировано много чудесных совпадений. Например, 8 декабря 1995 года, в день памяти священномученика Климента, чей придел был первым в храме, началось массовое отселение институтских сотрудников и вывоз их оборудования. Хотя буквально накануне у арендаторов для этого не было ни сил, ни средств, ни площадей. В процессе освобождения храма участвовали и церковная община, и сотрудники милиции. Но они при всем желании никак не могли повлиять на скорость процесса. Тем не менее, последний сотрудник института - вахтер - покинул здание храма 18 июля 1996 года, в день преподобного Сергия Радонежского, которому посвящен бывший Климентовский придел.
С этого момента начали разбирать институтские стены и межэтажные перекрытия, демонтировать металлические конструкции и оставшееся оборудование, вывозить мусор и т.д. ГУВД взяло на себя организацию практически всей помощи храму: от предоставления рабочей силы и транспорта и участия в оформлении многочисленной документации до поиска спонсоров для проведения дорогостоящих технических и строительных работ.
Много находок и открытий было сделано в это время. Самый яркий пример - осколки мраморной плиты в память сотрудников жандармерии, погибших в 1905 - 1906 годах. Теперь их имена занесены в синодик храма и поминаются за каждой Божественной литургией. А нынешнее руководство милиции занесло их имена на Доску памяти, у которой проходят панихиды о погибших сотрудниках.
Одна из находок - доска в "печуре" Знаменского алтаря. Она выстругана только с помощью топора и заложена в алтарную стену в самом начале строительства. Пока до этой доски можно дотронуться и зримо ощутить связь времен.
Настоящим открытием стало обнаружение уникальной живописи на стенах храма. Это случилось при разборке межэтажных перекрытий, и росписи возникли неожиданно, сразу в нескольких местах, как будто самостоятельно.
Хоть в малой степени, но пополняется нравственный запас, доставшийся нашим современникам от славных строителей святой Руси. В опыте наших предков - стрельцов, создавших храм Знамения Пресвятой Богородицы и искавших у Нее помощи и заступничества, - есть благословение и нам, их далеким потомкам: хранить святые храмы и беречь драгоценное сокровище - веру православную, передавая ее своим детям и внукам, - как единственную и самую крепкую связь времен.