В XIV—XV веках собор как патрональный храм городского веча играл заметную роль в политической и церковной жизни города. Так, в 1391году митрополит Московский Киприан, прибывший в Новгород для того, чтобы добиться возвращения митрополичьего права на суд, отслужил в нем литургию (две другие литургии митрополит совершил в Софийском соборе). В том же году "положиша у святого Николы" преставившегося посадника Василия Федоровича, принявшего монашеский чин.
В первой половине XVII века в рукописном Уставе Софийского собора храм Николы на Дворище был впервые назван собором. Фактически же храм получил новый статус со времени освящения в нем нескольких престолов (не позднее начала XVI века). Протопоп Никольского собора среди новгородских протоиереев был третьим по значимости после Софийского и Знаменского.
В XVIII веке собор сохранял особое мемориальное значение: он был одним из старейших и крупнейших новгородских храмов. Именно у его стен в 1721 году происходила встреча нового владыки — архиепископа Феодосия. До времен императрицы Елизаветы Петровны храм находился в дворцовом ведомстве, после чего был отчислен в ведомство епархиальное и обращен в городской собор без прихода. К концу XVIII века отсутствие прихожан стало очень ощутимым: собор, несмотря на предпринятые в 1747 году ремонтные работы и сооружение нового резного золоченого иконостаса, пришел в упадок и сильно обветшал.
Новым важным этапом в истории Николо-Дворищенского собора стал XIX век. В это время значение собора во внутрицерковной жизни Новгорода возрастает, и в течение столетия неоднократно предпринимаются обширные работы по ремонту древней части храма, строительству новых притворов, украшению собора новым дорогим убранством. Так, в 1810 году собор был увеличен с западной и северной сторон пристройками, в которых помещались теплые приделы, ризница, паперть и угольник. В 1818 году производится золочение иконостаса, в 1836-1837 годах — устраивается чугунный пол и украшается новой росписью древняя часть собора. К этому же периоду относится появление нового убранства приделов, установка нового иконостаса в 1854 году и т.д. Однако низкое качество работ привело к тому, что уже в начале следующего столетия собор вместе с пристройками нуждался в капитальном ремонте. В 1913 году в Новгороде торжественно отпраздновали 800-летие Никольского собора и совпавшее с ним 300-летие правящего дома Романовых, в связи с чем были осуществлены некоторые ремонтные работы.
Сведений о закрытии Никольского собора после Октябрьской революции не обнаружено. Сохранились документы, свидетельствующие о том, что в июне 1921 года собор был действующим. В 1922 Отдел Управления Новгородского Губисполкома Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов закрепил за верующими право на "бесплатное бессрочное пользование Никольского собора с приписными церквами". Вместе с тем, с 1933 года собор доступным для посетителей, совместив в себе функции храма и музея
В период немецко-фашистской оккупации в годы Великой Отечесгвенной войны в соборе была устроена казарма для солдат. В результате артиллерийских обстрелов были повреждены кровля и верхние части здания. Через весь древний объем с востока на запад прошла трещина в кладке стен, сводов и арок. Трещины появились в южном, северном коробовых сводах, в стене южной апсиды. В западном притворе были уничтожены перекрытие и крыша.
В 1945 году храм передали в пользование Православной Церкви. Однако в то же время в подцерковье находился склад Лентехснаба, а северная пристройка использовалась под жилье. В сентябре 1962 года Никольский собор как действующий храм был вновь упразднен и передан Новгородскому музею.
С этого времени началось научное изучение собора как памятника древнерусской архитектуры. В результате раскопок М.К. Каргера (1969 г.), проводившихся в подцерковье, выяснилось, что на хоры в древности вела винтовая каменная лестница, устроенная уже после завершения храма. Были законсервированы ее остатки — подошва и нижняя ступень. На основании исследований, проведенных в 1970-1980-х годах Г.М. Штендером, был подготовлен проект реставрации Николо-Дворищенского собора с воссозданием отдельных элементов архитектуры XII века (пятиглавие, позакомарное покрытие сводов, восстановление древних оконных проемов. В 1994-1999 годах этот проект был осуществлен: под научным руководством архитекторов В.А. Дружинина и Е.И. Скрипцовой проведена комплексная реставрация собора. Консервационно-реставрационные работы по монументальным росписям выполняла бригада художника-реставратора М.Ю. Чистякова, под руководством художника-реставратора высшей квалификации А. С. Кузнецова (МНРХУ "Росреставрация"). Значительная часть средств, необходимых для этих работ, была предоставлена Северо-европейским торговым союзом древних городов Ганзы.
Архитектурная история собора
Одной из главных причин изменений в архитектуре и внутреннем убранстве храма были бесконечные пожары. Из них выделяется более десятка особо крупных, от которых пострадал храм. После подобных бедствий в соборе, как правило, производились какие-то работы по устранению их последствий - ремонты, починки, перестройки и, возможно, новые росписи.
Так, вероятно, после пожара 1217 года на Ярославовом дворище, первоначальные окна алтаря были сужены. В 1299 году храм, в числе других двенадцати, упоминаемых Первой и Третьей Новгородскими летописями, сгорел и вскоре был вновь возобновлен усердием князя и горожан. В XIV веке храм горел в 1325, 1340 ("Великий пожар") и 1388 году. Эти пожары повлекли за собой вторую переделку окон алтаря - их проемы были частично заложены и превращены в узкие амбразуры.
Значительные изменения в облик храма внесло устройство в XIV веке северного притвора. Для этого в западном прясле северной стены (перед нартексом) был прорублен портал. В этот же период для защиты собора от сырости были заложены и надставлены кирпичом пазухи сводов и закомар.
Большой ущерб храму нанес пожар 1462 года, который возник в самом соборе в полночь, после торжественной службы в честь престольного праздника: По-видимому, после этого пожара в соборе проводился обширный ремонт, во время которого появилось междуэтажное перекрытие в виде сплошного наката бревен. В связи с устройством подцерковья были подняты окна основного объема и вновь переделаны окна в алтарной части. Для прохода из алтаря в боковые апсиды, вероятно, стали использоваться древние световые пролеты, растесанные в нижней части до уровня бревенчатого настила.
В последней четверти XVII века храм вновь пережил серию сильных пожаров. Во время пожара 16 мая 1679 года сгорели три верхних ряда иконостаса и, возможно, деревянное междуэтажное перекрытие (в 1682 году вместо него в подцерковье устраиваются каменные своды), все деревянные оконные заполнения, западная паперть и часть кровли.
Известно, что еще в 1661 -1662 годах собор был пятиглавым — таким его изобразил путешественник А. Мейерберг. На гравюрах начала XVIII века он изображен уже с одной главой. Вероятно, эта перемена произошла в 1679 или 1696 году: именно тогда проводились ремонты кровли на древнем объеме собора и его покрытие было переделано на четырехскатное. По-видимому, тогда же были скрыты на чердаке остатки малых барабанов. Диагональные же окна центральной главы были заложены кирпичом "в елку" еще в XIV веке. Четыре оставшихся окна, ориентированных по сторонам света, были уменьшены закладкой нижней части проемов.
В древности собор имел с запада каменную паперть. После галереи Софийского собора это была, вероятно, одна из самых ранних галерей в новгородских храмах. На ее месте после пожара 1461 года была выстроена деревянная паперть (одновременно с устройством деревянного междуэтажного перекрытия). В 1688 году, после очередного пожара, ее сменила новая каменная паперть, которая располагалась вдоль всего западного фасада собора и имела глубину ныне существующей пристройки XIX века, которая в свою очередь, появилась в 1809 году.
Северная пристройка существовала еще в XIV веке. Около 1688 года она была разобрана, а в 1822 году на ее месте появилась ныне существующая, с фасадом, украшенным миниатюрными ионическими колоннами. В ней были устроены угольник (помещение, где разжигали уголь для каждения) и подсобные помещения.
В восточной стене северной части нартекса (в подцерковье) сохранились две широких ниши с цемяночной обмазкой вырубленных поверхностей, свидетельствующие о том, что здесь еще в домонгольский период (хотя уже после окончания строительства собора) была устроена крещальня. Вероятно, это произошло уже после того, как княжеский дворцовый храм был превращен в городской. Тогда же, около середины XII века, с появлением в южной части нартекса лестницы, ведущей на хоры, в его восточной стене был растесан дверной проем для входа на лестницу из основного объема. В конце XVII века, после разборки лестницы и устройства междуэтажного перекрытия на каменных сводах, восточные участки стен нартекса в верхнем помещении собора были разобраны до ширины боковых нефов и превращены в арки. В 1999 году, в связи с новыми открытиями фресок XII века в подцерковье, каменное междуэтажное перекрытие в южной части нартекса было разобрано и заменено плоским деревянным, расположенным несколько выше обнаруженных участков древней росписи. На перекрытии установлена новая металлическая винтовая лестница на хоры.
Архитектурные особенности
Никольский собор - четырехстолпный храм с нартексом, отделенным от основного помещения в нижнем ярусе и раскрытым в верхнем, на хорах.
Своды верхней зоны собора — цилиндрические, в угловых частях они ориентированы по оси "запад-восток". Своды под хорами — также цилиндрические, но расположены по оси "север-юг". Четыре крещатых в плане столпа членят центральное пространство собора на три нефа, каждый из которых завершает подковообразной формы апсида. По горизонтали собор пересекали четыре яруса дубовых связей. Очень высокое пространство храма заметно вытянуто к алтарю. Собор увенчан большой главой с восемью окнами (четыре диагональных до недавнего времени были заложены). Над четырьмя угловыми ячейками наоса (пространства для молящихся) изначально возвышались малые главы, впоследствии разобранные и восстановленные в 1996 году. В западной части, с севера и юга, в пространство наоса выходят боковые рукава П-образных хор (полатей), расположенных над нартексом.