Однако справедливые требования работников трамвая об улучшении своего социального положения были использованы экстремистской частью бастовавших. 22 мая 1907г. инженер Ф.Ф. Кребс был застрелен одним из рабочих Миусского парка столяром Сергеем Зуевым. Скрывшийся с места происшествия, он был задержан и доставлен в Москву. Вместе со своими сообщниками слесарями Николаем Власовым, Петром Букаловым и Василием Пастуховым он был осужден и приговорен к смертной казни. Остальные участники террористического акта судом были признаны невиновными.
Ф.Ф. Кребс был немецким подданным, он был назначен заведующим Миусского парка в июле 1906 г. в самый разгар выступлений трудящихся и пытался привить жесткую немецкую дисциплину труда, он "с первого же дня начал вводить полицейские порядки, чем сразу же восстановил против себя трамвайщиков".
История расставила все по своим местам. Общество помощи германским поданным в Москве через некоторое время после описанных событий учредило стипендии имени инженера Кребса для студентов германских подданных при Московском Высшем техническом училище, живущих в Москве, а также для детей рабочих Миусского парка, окончивших начальную школу и пожелавших продолжить дальнейшее образование. Именем же Сергея Зуева был назван один из крупнейших домов культуры города, построенный в 1930 г. на Лесной ул. Трамвайщики были активными участниками и декабрьского вооруженного восстания в Москве в 1905 г. Одним из ярких примеров этому является создание боевой дружины в Миусском парке под руководством Петра Щепетильникова. За участие в боевых действиях в декабре месяце Щепетильников в апреле 1907 г. был сослан в Сибирь, откуда он бежал за границу. Его имя в 1925 г. было присвоено Миусскому трамвайному, а теперь 4-ому троллейбусному парку.
Забастовочное движение трамвайщиков прекратилось в марте 1907 г., почти на два года замедлив строительство второй очереди трамвая.
Вторая очередь была запроектирована, в основном, как реконструкция линий конки, она включила в себя:
1) Покровскую линию от Семёновской и Преображенской застав по Покровской, Елоховской улицам до Разгуляя далее по Новобасманной улице до Красных ворот. Кроме того, сюда же следует добавить пути по 5-ой Сокольнической улице и в Сокольническом вагонном парке.
2) Мясницкую линию от площади Красных ворот до Лубянской площади.
3) Лубянскую линию от Сухаревой башни по улицам Сретенка и Большая Лубянская до Лубянской площади и далее по Театральному проезду до Охотного ряда и от Театральной площади через Воскресенскую до Красной площади и торговых рядов. На линии предусматривалось два разворотных кольца на Лубянской и Театральной площадях.
4) Грузинскую от Георгиевской площади до 1-ой Тверской-Ямской улицы.
5) Бульварную от Страстного монастыря по Тверскому и Никитскому бульварам до Арбатских ворот и далее по Воздвиженке, Моховой до Охотного ряда.
6) Линию от Лубянской площади до Варварской площади.
Ко второй очереди следует отнести и второй путь на Старой Божедомке (ныне ул. Дурова).
Реконструкция коночных линий началась в мае 1905 г, а сам проект строительства второй очереди был принят Министерством внутренних дел в июле 1905 г. Общая протяженность реконструируемых и вновь строящихся трамвайных путей составляла 39,2 км по оси улиц. Предполагалось приобрести 105 новых моторных и 98 прицепных вагонов, построить Лубянскую подстанцию и реконструировать Миусскую и Краснопрудную подстанции, построить Сокольнический трамвайный парк с мастерскими.
При строительстве жизнь вносила свои поправки в этот проект, и когда возникли длительные задержки у Брестского (ныне Белорусского) вокзала, было построено разворотное кольцо. По этим же причинам было намечено устроить оборотный тупик у Ярославского вокзала. Строительство второй очереди трамвая, начавшись в 1905 г., хотя медленно, но все же осуществлялось. Уже в апреле 1906 г. было открыто движение трамвая по двум линиям: Преображенской (Сухарева башня, Красные ворота. Разгуляй, Покровская ул., Лаврентьевская ул., Генеральная ул., Преображенская застава) и Семёновской (Разгуляй, Покровский (ныне Электрозаводский) мост, Семёновская застава). В это же время было открыто движение и по второй колее трамвая на Старой Божедомке. В июне 1906 г. для удобства пассажиров с дачных поездов, прибывающих на площадь трёх вокзалов, была открыта Ярославская линия трамвая (Ярославский вокзал, Красные ворота, Сухарева башня). Завершилось строительство путей и сооружение контактной сети на Большой Грузинской улице, что позволило в августе 1906 г. открыть движение трамвая на участке от 1-ой Тверской-Ямской по Б. Грузинской улице до Георгиевской (ныне Грузинской) площади. Этот участок позволил открыть движение трамвая от Охотного ряда по Большой Дмитровке, Тверской улице до Грузинской. Линия стала называться Грузинской.
Строительство электрических трамвайных линий в городе возглавлял инженер А.Л.Линев, поклонник и инициатор введения в Москве электрического трамвая. Благодаря его усилиям осенью 1906 г. удалось практически завершить прокладку трамвая по улицам: Мясницкой, Большой Лубянской, Сретенке, Воздвиженке, Моховой, Стромынке; по бульварам: Никитскому, Тверскому. Однако пустить трамвай по этим линиям не удалось, так как ещё не была построена центральная трамвайная электростанция. Несмотря на это, пробный рейс трамвая от Охотного ряда через Лубянскую площадь, Сретенку и Мясницкую был осуществлен 14 ноября 1906 г. в присутствии городского головы Н.И. Гучкова, активного сторонника развития московского трамвая.
В конце 1906 года на электрической тяге городским общественным управлением эксплуатировались следующие линии городских железных дорог:
Петровская (Петровский парк, Тверская застава, Страстной монастырь, Охотный ряд);
Сокольническая (Сухарева башня, Красные ворота, Каланчевская площадь, Сокольническая застава);
Марьинская (Марьина Роща, Божедомка, Сухарева башня);
Вокзальная (Тверская застава. Лесная ул., Божедомка, Сухарева башня, Красные ворота, Каланчёвская площадь);
Преображенская (Преображенская застава, Покровский мост, Разгуляй, Красные ворота, Сухарева башня);
Семеновская (Разгуляй, Покровский мост, Семёновская застава);
Грузинская (Охотный ряд, Страстной монастырь, Тверская ул., Большая Грузинская улица, Георгиевская площадь).
Кроме того, в Москве продолжали осуществлять перевозку пассажиров Долгоруковская линия электрического трамвая, принадлежащая Второму (Бельгийскому) Обществу, продолжали работать 13 линий железных дорог на конной тяге, принадлежащих городу, и 10 линий на конной тяге Второго Общества.
Для второй очереди электрического трамвая было заказано 105 моторных и 28 прицепных вагонов. К концу 1906 года в Москве эксплуатировалось 22 четырехосных и 150 двухосных моторных трамвайных вагонов и 66 прицепных. Имелись также 2 поливомоечные цистерны и 2 снегоочистителя.
В 1906 году в Москву поступили двухосные моторные вагоны с фонарной крышей и тележкой Беккера, на много лет определившие типаж подвижного состава трамвая, эксплуатируемого в Москве.
Для второй очереди трамвая были построены Сокольнический трамвайный парк в 1905 г, Центральная электрическая станция и Лубянская подстанция в 1906 году.
Все это позволило интенсифицировать работы по строительству и вводу в эксплуатацию линий второй очереди:
3 февраля 1907 г. открылось движение по Мясницкой улице и но трем трамвайным линиям: Преображенской (Преображенская застава - Разгуляй - Красные ворота - Лубянская пл.), Семеновской (Семеновская застава - Разгуляй - Красные ворота - Лубянская пл.), Сокольнической (Сокольническая застава - Каланчевская пл. - Красные ворота - Лубянская пл.). Так окраины города были соединены с центром, а Мясницкая улица стала одной из самых привлекательных в городе. Интервал движения по улице был всего 2 минуты и, несмотря на это, вагоны по ней шли переполненными.
На Лубянской площади потребовалось соорудить большое разворотное кольцо вокруг известного всей Москве фонтана.
12 февраля открылось движение трамвая по улицам Сретенка и Большая Лубянка (от Сухаревой башни до Лубянской пл.).
Через три дня, 15 февраля 1907 г., был введён в строй участок электрического трамвая от Охотного ряда по Театральной площади и Театральному проезду до Лубянской площади. Это изменило почти всю маршрутную систему трамвая, ибо позволило вместо четырёх радиальных линий создать два диаметральных направления:
Петровско-Сокольническая линия (Петровский парк, Тверская застава, Страстной монастырь, Охотный ряд, Лубянская пл., Мясницкая, Красные ворота, Каланчевская пл., Сокольническая застава)
Грузинско-Семёновская линия (Семеновская застава, Покровский мост, Разгуляй, Красные ворота, Мясницкая, Лубянская пл., Охотный ряд, Страстной монастырь, Тверская ул., Большая Грузинская улица, Георгиевская площадь).
В этот же день было открыто движение электрического трамвая по Кольцевой линии (Тверская застава, Лесная ул., Новая и Старая Божедомки, 3-я Мещанская ул., Сухаревская пл., Сретенка, Большая Лубянка, Лубянская пл., Театральный проезд, Большая Дмитровка, Страстная пл., Тверская ул., Тверская застава - правое кольцо). Движение на левом кольце осуществлялось в обратном направлении.
С пуском 27 марта 1907 г. электрического трамвая на участке от Страстного монастыря по Тверскому и Никитскому бульварам до Арбатских ворот появилась новая Арбатско-Сокольническая линия (Сокольническая застава, Каланчевская пл., Красные ворота, Сухарева башня, Сретенка, Большая Лубянка, Лубянская пл., Театральный проезд, Большая Дмитровка, Страстной монастырь, Тверской и Никитский бульвары, Арбатские ворота).
Движение трамвая от Охотного ряда по улицам Моховая и Воздвиженка до Арбатских ворот началось 3 апреля 1907 г. Так были открыты Арбатско-Марьинская (Арбатские ворота, Воздвиженка, Моховая, Охотный ряд, Лубянская пл., Сретенка. Сухарева башня, Божедомка, Марьина Роща) и Стромынско-Арбатская (Арбатские ворота, Воздвиженка, Моховая, Охотный ряд, Лубянская пл., Мясницкая, Красные ворота, Каланчёвская пл., Стромынка, Боевская больница) линии.