В конце июня 1829 года скончался иеромонах Ан тоний. С благословения митрополита Московского Филарета (Дроздова) новым строителем пустыни на значается иеромонах Венедикт, бывший до того эко номом Свято-Троицкой Сергиевой лавры, - деятель ный, умный, обходительный, для обители неусыпно старательный, в управлении взыскательный, к себе и братии строгий. Главное дело его управления - воз ведение (на средства московского купца Афанасия Емельяновича Щекина) соборного храма Христа Спасителя, заложенного в августе 1835 года и освя щенного в 1848 году митрополитом Филаретом. В 1832-1833 годах на подворье у Каменного моста в Москве был построенвзамен старого де ревянного каменный двухэтажный корпус с часов ней святителя Николая, в которой поместили список с чудотворного образа «Лобзание Христа Спасителя Иудою», иконы святителя Николая с частицами мощей, Иоанна Воина, а также часть мантии преподобного Сергия Радонежского.
В 1834 году по случаю пожаров, опустошавших город Богородск, его граждане испросили у епархи ального начальства разрешения отпустить к ним из пустыни чудотворную икону «Лобзание...» для участия ее в крестном ходе 1 октября, в день Покрова Пресвятой Богородицы. Святейший Си нод позволил отпускать икону ежегодно. Пожары прекратились. Одновременно московский купец Петр Семенович Бабкин тоже просил отпустить икону к нему на фабрику в село Купавну, ибо он тяжело болел и не мог сам приехать в пустынь. Митрополит Филарет дал на это свое благослове ние. П. С. Бабкин получил немедленное исцеление. Так было положено начало знаменитых Богород ских крестных ходов. В 1864 году чудотворный об раз посетил множество селений Богородского, Мо сковского и Дмитровского уездов, Павловский По сад. В десятое воскресенье по Пасхе в пустыни еже годно совершалось празднование в память перене сения его из хлебни в Троицкий собор, собиравшее большое количество богомольцев.
В 1840 году в обители освящена новая каменная одноглавая надвратная церковь Василия Великого; в 1844-м построена каменная часовня при деревне Псарьки на Владимирской дороге; в 1851-м - каменная двухъярусная колокольня, на которую подняли колокол весом в 1005 пудов с надписью, гласившей, что отлит он «в царствование Благоче стивейшего Государя Императора Николая Павло вича, Самодержца Всероссийского, и по благослове нию Его Высокопреосвященства Филарета, митро полита Московского, и при игумене пустыни Вене дикте 1851 года октября 3 дня». Всего в пустыни имелось 13 колоколов и старинные медные била. В 1853 году митрополит Филарет освятил оби тельскую церковь Всех Святых - каменную, одно главую, с хорами, куда вел ход из настоятельских келий, примыкавшихс северной стороны. При цер кви устроили кельи и для больных старцев. Иконы посвящались исцелениям Господним; великолепный резной вызолоченный иконостас изготовил мастер Павел Константинов из Купавны. Эта церковь, по ставленная на том самом памятном месте, где рань ше была хлебня, возводилась на средства купца из города Фридрихсгам (ныне город Хамина в Фин ляндии) Федора Федоровича Набилкина, в 1842- 1844 годах финансировавшего строительство боль шей части скита Всех Святых на Валааме. За свои неусыпные труды отец Венедикт в 1840 го ду был возведен в сан игумена, а в 1853-м - в сан архимандрита; в 1842 году он удостоился золотого наперсного креста от Святейшего Синода. В 1828 году в пустынь пришел крепостной человек московских купцов Куманиных Макар, за добрую жизнь отпущенный ими на волю. В 1829 го ду Макар принял монашеский постриг с именем Афанасий, в 1841-м - схиму с именем Макарий. Отличался он подвижнической жизнью и необык новенным трудолюбием, в свободные часы копал пещеры на речном берегу и однажды чудесно об рел там святой источник, близ которого устроил несколько келий и часто в них пребывал. Множе ство людей приходило к нему за советом, утеше нием, наставлением. Скончался схимонах Мака рий 1 апреля 1847 года.
Иеромонах Феодорит родился в 1783 году. В 1815 году поступил в Троице-Сергиеву лавру, принял монашество; в 1827-м перешел в Берлю ковскую пустынь, где прожил 36 лет. Феодорит присутствовал при чуде обретения иконы «Лобза ние...» Ученик, друг и собеседник схимонаха Ма кария, он уподобился ему по силе подвигов. По следние шесть лет жизни, удрученный старостью и тяжелой болезнью, Феодорит пролежал на спи не без движения, не преставая творить молитвы и духовно окормлять братию и многих притекав ших к нему извне людей. Умер он 27 февраля 1863 года и был похоронен рядом с Макарием у Казанского храма.
В 1855 году отошел в вечность архимандрит Венедикт. Его погребли в склепе под собором Христа Спасителя. Преемником отца Венедикта в 1856 году стал иеромонах Парфений. До этого он побывал в Иерусалиме, Палестине и в Кон стантинополе, в 1851 году по благословению афонских старцев прибыл в Россию и был зачис лен в Гефсиманский скит. Вскоре (1856) вышла его книга «Сказание о странствиии путешествии по России, Молдавии, Турции и Святой Земле», получившая всероссийскую известность. Тогда же Парфения рукоположили в сан иеромонаха и назначили настоятелем Берлюковской пустыни. Он полностью перестроил Казанскую церковь, на колокольне которой поднял колокол весом в 120 пудов (в этой церкви находился древний список Казанской иконы Божией Матери в жи тии, почитаемый окрестным населением как чудо творный). Отец Парфений, пользовавшийся боль шим уважением митрополита Филарета, написал ряд ярких апологетических и обличительных сочинений против раскольников.
Много сделал для обители и управлявший ею с 1860 по 1865 год иеромонах Иосиф, постриженник Троице Сергиевой лавры. При нем в Троицком соборе по ставлен новый иконостас из розового дерева с оре ховой резьбой и позолотой, выполненный москов ским мастером Павлом Варфоломеевичем Алексее вым, возложен золотой хитон на чудотворную ико ну «Лобзание Христа Спасителя Иудою» (вклад московского купца Ивана Степановича Кулаева). С помощью жертвователей (Иван Семенович Со ловьев, граф Димитрий Николаевич Шереметьев) Иосиф произвел в обители еще множество благо украшений. Среди его дел особо стоит выделить постройку над пещерами старца схимонаха Мака рия храма во имя Рождества Иоанна Предтечи с уникальным чугунным иконостасом и с посвя щенными египетским отцам Церкви, Марии Еги петской и Киево-Печерским преподобным иконами на медных листах (пожертвование московского купца Никиты Васильевича Щенникова и его суп руги Маргариты Григорьевны).
С 1865 по 1870 год настоятелем пустыни был постриженник и бывший наместник Соловецкой обители игумен Иона, отмеченный за свои труды многими наградами (золотой наперсный крест от Высочайшего кабинета, золотой наперсный крест от Святейшего Синода, бронзовый наперсный крест на Владимирской ленте и брон зовая медаль на Андреевской ленте в память военных событий на Соловках 1853-1856 годов - отражения нашествия английской эскадры). Он ввел в пустыни строгое житийное правило Соловецкого монастыря. При нем завершена отделка собора Хри ста Спасителя, включая подвальное помещение (проект последнего выполненархитектором Николаем Ильичом Козловским, финансировал работы и делал вклады И. С. Соловьев с братья ми), между угловым корпусом гостиницы и угло вым конным двором возведен двухэтажный дом для неимущих странников, где подавалась еже дневная безвозмездная трапеза, переброшен дере вянный свайный мост через реку Воря, над колод цем старца Макария сделано устройство для подня тия воды в чашу, стоявшую под иконой Божией Матери «Живоносный источник».
В 1870 году игумен Иона, почувствовав недомо гание телесное, испросился на покой и уехал на Афон. После него в пустыни настоятельствовал (1870-1880) иеромонах Нил из Николаевского Угрешского монастыря. Он ревностно продолжал благоустроение обители, за что 8 апреля 1873 года получил наперсный крест от Святейшего Синода. Через пять лет разобрали старый храм Святой Тро ицы и заложили новый. О том времени сохранились воспоминания посетившего пустынь 29 июня 1876 го да архимандрита Николо-Угрешского монастыря Пимена: «В Петров день я служил в Берлюковской пустыни праздничную всенощную и литургию. (...) Обитель очень благоустроена: в черте ограды везде до рожки, цветы, чистота; поют хорошо: по празднич ным и воскресным дням пение партесное, а в буд ничные - столповое. Трапеза братская и одежда до статочны. О местоположении я не распространяюсь: оно превосходное и представляет все выгоды для хо зяйства и жительства: горы, вода, леса, луга, а для монашества уединение».
Игумен Адриан - первый настоятель пустыни (1880-1902), прошедший здесь весь путь от послуш ника. Вот краткий перечень его деяний на благо оби тели, которую любил он всей душой. В 1884 году окончательно достроен одноглавый Троицкий собор с подвальными помещениями, тремя престолами и вызолоченным иконостасом (архитектор Николай Васильевич Никитин). Во время освящения главного престола (29 июня 1884 года) митрополитом Москов ским Иоанникием иеромонах Адриан был возведен во игумена. В 1891 году на пожертвования купца Павла Борисовича Пирогова расширена и украшена резным вызолоченным иконостасом Никольская часовня в Москве у Каменного моста. Наконец, вели колепная 104-метровая колокольня. Проектировал ее известный московский архитектор Александр Сте панович Каминский (верхний ярус - архитектор Ва силий Михеевич Борин). Строилась колокольня с 1895 по 1899 год на средства московских купцов Ф. Н. Самойлова и братьев А. И. и И. И. Ляпиных. 16 декабря 1897 года игумена Адриана избрали по четным членом Богородского отделения Кирилло Мефодиевского братства, а 13 января 1898 года - чле ном Миссионерского общества Святой Равноапо стольной Марии и святителя Николая чудотворца. За постоянное ревностное попечение о бедных и нуж дающихся он неоднократно награждался медалями. На ниве общественно-духовного служения стара лись следовать по стопам своего настоятеля и многие из братии. В июле 1900 года в командировку на Даль ний Восток для пастырского окормления наших войск отправился иеромонах Игнатий. Он прошел Одессу, Владивосток, Приамурье, Северную Маньчжурию, в 1901 году принимал участие в первых боевых столк новениях с японцами, исполняя обязанности духовни ка гарнизона; в декабре 1901 года после многих трудов и лишений вернулся в пустынь с благодарностью от штаба Приамурского военного округа, медалями и грамотами, а в 1905 году вновь устремился на Восток - на сей раз в читинский военный госпиталь. Иеромо нах Ювеналий удостоился двух наперсных крестов и многих медалей за неустанное попечение о церковно приходских школах. Иеромонах Арсений в 1896 году проходил пастырское служение на крейсере «Память Меркурия».