Так как Кремль был местоприбыванием царя и его дворца, то в них находились каменные и деревянные дворцы. В XVII веке находились: Золотая палата от Благовещения к Красному крыльцу, Грановитая, чердак царицы Анастасии, где жил царь Иван Васильевич, дворец с Золотой палатой царицы Ирины, Мастерская палата или так называемый Теремной дворец и проч. К домашнему обиходу принадлежал житный двор с портомойными воротами и запасной дом, хранилище всяких съестных припасов, который разделен был на три дворца; хлебный, кормовый и сытный с погребами.
Кроме царских дворцов, приказов и других казенных зданий в Кремле, бояре и духовные особы имели также свои помещения, палаты и дворы. В конце этого столетия в Кремле еще славились дворы: Милославского, Морозова, Шереметьева, князя Черкасского, боярина Стрешнева, с крестовыми на них церквями. В разных местах Кремля, на своих дворах и двориках, жили протопопы и попы кремлевских церквей. Обыкновенно боярские дома были двухэтажные, а улицы вымащивались бревнами. Вообще, в то время деревянных зданий в Кремле было гораздо больше каменных, а скученность построек делала их очень небезопасными от огня.
В ноябре 1682 года в Кремле произошел большой пожар. Сгорели выстроенные Федором деревянные хоромы царя Петра и хоромы царевен. Загорелся Успенский собор, на котором сгорела кровля и в главах оконницы, так что все значительные иконы и мощи чудотворцев вынесены были из предосторожности в Архангельский собор. Через 3 года на месте погоревших выстроены были новые, для царя Петра и его матери, деревянные хоромы, а для царевен Софьи и других были возведены трехэтажные каменные палаты, в нижнем этаже которых была устроена комната, по приказанию царевны Софии, “где сидеть с боярами, слушать всякие дела”. В то же время построена новая церковь Красного сада и новых хором царя Петра построена церковь во имя Петра и Павла. Для подкрепления Верхоспасского собора в Меньшой Золотой палате подведены были под своды крестообразные, каменные “перетитивья”, которые хотя и обезобразили палату, но сберегли ее от разрушения. Возобновлены были: Грановитая, Золотая Средняя, Ответная и другие палаты, а также Красное крыльцо.
В конце XVII столетия, перед единодержавием Петра, Кремль достиг апогея своего величия. Царские дворцы находились в самом цветущем состоянии, какого не достигали ни в одно из предыдущих царствований. В это время обширность и великолепие дворцов вполне выразили характер древней царской жизни, во всем его блеске и царственной пышности. С этого времени начинается постепенное разрушение и запустение Кремля. Пожар в 1696 году, в год смерти последнего старинного московского царя Ивана Алексеевича, был началом этого разрушения и запустения.
Нельзя обойти молчанием события, имеющие отношение к Кремлю в царствование императора Петра, сильного пожара 16 июня 1701 года, начавшегося в Кремле в Новоспасском подворье у Спасских ворот. Пожар этот истребил в Кремле множество деревянных домов и повредил много каменных. До Петра в Кремле находилось много частных зданий, принадлежавших князьям и боярам. При некоторых из них имелись также и домашние церкви. По повелению Петра, дома эти по большей части были снесены, а земли взяты в казну. После учреждения Московской губернии (1708) был подтвержден изданный ранее стеснительный указ о строении каменных зданий как в Кремле, так и в Китай-городе. Указом же 1714 года, вследствие недостатка каменщиков в Петербурге, воспрещались во всем государстве каменные постройки. Указом 1725 года велено было заменить деревянные мостовые Кремля каменными. При Петре в Кремле помещались: сенат, рентерея у колокольни Ивана Великого, разные коллегии, конторы и дворы; Конюшенный, Аргамачный, Потешный, Сытный, житный, Магазинный и другие здания. В 1701 году в Москве начата была вызванным в Россию иностранным мастером Конради постройка Арсенала. При Петре еще оставались в Кремле боярские дома князей: Голицыных, Черкасского, Трубецкого, бояр: Шереметева, Милославского, Татищева.
После неудачной битвы со шведами под Нарвой, на случай угрожавшей от противника опасности, Петр велел укрепить Кремль по правилам фортификации. Рвы и земляные окопы окружали Кремль с двух сторон, с третьей он был защищен глубоким, выложенным камнями, рвом. По выражению Петра от Водовзводной башни до Каменного моста сама “натура зело укрепила Кремль”. Из 20 кремлевских башен одна из них, Спасская, имела ворота, обитые медью, два щита с железной, между ними находившейся решеткой, какая находилась между Константиновской и Отводной башнями. Свинцовые трубы, пролегавшие между Водовзводной башней и набережным садом, были вынуты и отправлены в Петербург. Таковы был незначительные внешние изменения, происшедшие в Кремле в царствование великого императора.
После царствований Екатерины I и Петра II на престол взошла императрица Анна Иоановна. В ее царствование внешний вид Кремля получил некоторые изменения. В 1730 году императрица повелела сломать и перенести в Лефортово деревянный дворец, стоявший возле цейхгауза в Кремле, в котором тогда жил обер-гофмейстер граф Салтыков. Дворец этот был только за год до этого построен и назывался Аннегофским. В том же году приказано было в Кремле, равно как и во всей Москве, по всем большим улицам расставить на расстоянии 10 сажен друг от друга фонари. В 1736 году, как меру предосторожности от пожаров, велено было на больших улицах вырыть колодцы с двумя насосами каждый. Для Сыскного приказа были назначены те палаты, в которых до того времени помещался разбойный приказ, находившийся у восточной стены Кремля. Бархатный двор, стоявший между Никитскими и Арбатскими воротами, перешел в ведение Придворного ведомства. В 1731 году велено было пристроить особую церковью к башне у Житного двора, где был помещен образ Благовещения Божией Матери.
В царствование Анны Иоановны отлит был также и тот знаменитый большой колокол, который известен под именем “царь-колокола” и составляет одну из достопримечательностей Кремля. Вес колокола предполагался в 14000 пудов; отлить его взялся мастер Иван Моторин, который и устроил для этого литейные печи со всеми необходимыми приспособлениями близ самого здания Ивановской колокольни Но самому Моторину не удалось кончить это предприятие, которым очень заинтересована была сама императрица. Первый опыт отливки не удался, затем Иван Моторин умер, передав дело своему сыну Михаилу. В ноябре 1736 года в присутствии коломенского архиепископа Вениамина дело было приведено к благополучному концу: царь-колокол был отлит, хотя поднять его на Ивановскую колокольню и не удалось.
Во времена Анны Иоановны страшный пожар 29 мая 1737 года опустошил Кремль и Москву. С колокольни Ивана Великого рухнули многие колокола, а у царь-колокола, как говорят, горящее бревно, отбило край. Все деревянные здания, находившиеся в Кремле, были обращены в пепел, и сильно повреждено много каменных. не уцелели и сами кремлевские башни и стены: деревянные всходы, мосты и кровли на многих из них оказались уничтоженными. Опустошив Кремль, пожар истребил множество строений также в Китай-городе и Белом городе. Указом 22 июня 1737 года Анна Иоановна велела восстановить за счет казны сгоревшие дворцовые и соборные церкви. Еще через несколько лет после пожара, уже в царствование Елизаветы, Кремль являл в себе неизладившиеся еще следы этого страшного пожара 1737 года.
После Анны Иоановны императором был Иоанн Антонович, затем Елизавета Петровна.
В 1748 году разобраны были синодальные палаты от церкви Трех Святителей ко дворцу и посреди Синодального двора, где помещались Казенный приказ и казенные палаты. Вместо разобранных были построены новые, двухэтажные палаты. После истребления пожаром деревянного кремлевского дворца за Благовещенским собором императрица Елизавета временно проживала в синодальных присутственных апартаментах и повелела заложить новый каменный дворец, оконченный уже при Екатерине.
Екатерина II вновь учредила Каменный приказ и повелела строить разные городовые здания в Кремле.
В Кремле при Екатерине были построены: наместничий дом для присутственных мест, где теперь здания Судебных установлений (окружной суд и судебная палата), Конюшенный двор и каменный шатер, где помещались четыре большие пушки и набатный колокол. В эту эпоху некоторые древние здания и постройки в Кремле были сломаны, а места были отведены под площади и улицы. Митрополит Платон к главному входу Чудова монастыря пристроил готический
портал и обширный каменный архиерейский дом, позднее обращенный в Николаевский дворец.
С 1780 года сама кремлевская гора несколько раз обделывалась, причем уничтожены были остатки Благовещенских ворот, Набережного сада и Расписной палаты, стоявшей на скате этой горы. Место снесенных построек заняли улицы и площади. При перестройках и поправках церквей древние длинные и узкие окна и малые входные двери были значительно расширены.
В ряду достопамятных для Кремля событий Екатерининского царствования необходимо помянуть о происходившей в 1773 году, в присутствии самой императрицы и ее наследника, закладки громадных царских палат в Кремле. Начальный пункт закладки палат находился у башни Тайницких ворот. На медной доске, положенной при закладке в фундамент здания, находится следующая надпись: “Императорский дворец, повелением благочестивейшей, великой государыни Екатерины II, императрицы и самодержцы всероссийской, избывительницы Москвы от смертоносной язвы, победительницы Оттоманской гордой Порты, сохранительницы каждого своего подданного безопасности, законодательницы всероссийской, к славе Российской империи, к чести своего века, к бессмертной памяти будущих времен, к укреплению столичного города, к утехе и удовольствие своего народа, положено сих великолепных императорских чертогов основание, в лето от сотворения мира 7281, от воплощения сына Божия 1773, месяца июня 1 дня, царствование ее величества одиннадцатый год, строение производилось под главным смотрением армии генерал-поручика и кавалера Михаила Михайловича Измайлова”. План этих палат сочинил известный в то время архитектор Василий Бажанов, а помощником у него был Казаков. Различные препятствия, однако, помещали постройке предположенных палат, деревянная модель которых, сделанная архитектором Елевзоем Назаровым, сохранилась до нашего времени. Многие здания для очистки места под постройки этого дворца были снесены. Когда же оказались расселины в стенах Архангельского собора, тогда императрица повелела прекратить постройку этого дворца. При расчистке места были уничтожены остатки Набережного сада, возобновленного Елизаветой, но при Екатерине еще оставались при подошве кремлевского холма каменные своды садовых палат с выходами.