Несомненно, что и этот дворец, воздвигнутый итальянскими мастерами под сильным влиянием супруги великого князя Софии Палеолог, не мог во всем подчиняться русским вкусам. Действительно, архитектура этого дворца носила характер итальянский, что же касается внутренних его украшений, то конечно следует думать, что вкус великой княгини, воспитанной в Италии, внес во дворец много новых вещей, которые были до тех пор неизвестны и которые более соответствовали новому значению московского князя как царя.
В конце XV века на территории посада, освобожденной от домов и деревянных церквей для торговли, возникла площадь, в настоящее время называемая Красной, в начале предназначенная для торговли ( отсюда первоначальное название площади - Торг).
Итак, при Иоанне III получено начало каменного дворца, строителем которого был Алевиз из Милана. Тогда же в Кремле стали строить, следуя примеру князя, каменные палаты и приближенные к князю бояре. Все это, понятно, изменило весь характер и вид прежнего Кремля, а при Василие Ивановиче, когда был окончен княжеский дворец, и того более, так как великий князь был достойным подражателем своего предшественника в деле строительном. Он украсил много свой дворец, переехал сам в него, воздвиг две каменные церкви: Спас на Бору и Рождества Богородицы на Сенях с пределом Лазаря, украсил живописью и позолотой Благовещенский собор. При нем с присоединением Пскова и последнего удела, Новгород-Северского, - Москва стала уже действительно столицей единой России. Тогда же в 1517 году в Кремле было принято посольство императора Максимилиана, один из участников которого, Герберштейн, оставил нам описание и рисунки тогдашней Москвы и Кремля, дошедшие до нашего времени. По свидетельству современников, окружавшая Кремль-город Москва уже стала громадным городом, а в Китай-городе близ самого Кремля упоминается Гостинный двор, поражающий обилием, богатством и разнообразием товаров азиатских и европейских, признак приобретения Москвой значения в деле торговли, благодаря обмену между востоком и западом.
Начало царствования Иоанна IV, коронованного в Успенском соборе и венчанного 17-летним в 1547 году, ознаменовалось страшнейшим пожаром, столь частым гостем тогдашней Москвы, пожаром, испепелившим не только деревянную Москву, но отчасти и каменный Кремль. В этот пожар, по словам И.Забелина, погибли многие сокровища во дворце и церквях, собранные за много лет Государь переехал в село Воробьево и приказал построить для себя деревянный дворец и восстановить церкви.
Небольшой промежуток времени от 1547 до 1560 года ознаменован несколькими замечательными событиями в Кремле: издан судебник стоглавный устав; крестились два царевича казанских, принято несколько иноземных посольств и положено начало сношениям англичан с Москвой через Белое море.
Вскоре настают тяжелые времена, царь стал подозрителен и недоверчив, учредил опричину, взял себе в собственность некоторые города и, наконец, решился покинуть совершенно Кремль и приказал строить новый двор между Никитской и Арбатом. Все остальное было названо “земщиной” и отдано в управление боярам. Опричина же, окружавшая царя под видом телохранителей, стала пользоваться особой милостью и доверенностью царя; “затейливый ум Иоанна IV, - говорит Карамзин, - изобрел достойный символ для своих ревностных слуг: они ездили всегда с собачьими головами и метлами, привязанными к седлам в знак того, что грызут лиходеев царских и метут Россию”.
Преемник Иоанна царь Федор, любя уединение, предоставил фактически правление Борису Годунову, человеку замечательного ума и силы воли. В его царствование Кремль ознаменовался торжественным приемом патриарха Константина, польского Иеремию, и учрежден в России, через посвящение в Кремле митрополита Иова, в 1589 году - сан патриарха.
В 1586 году на Пушечном дворе мастером Андреем Чоховым из бронзы была отлита Царь-пушка. В настоящее время она помещается на специальном каменном постаменте близ собора Двенадцати апостолов в Кремле.
Дворец в Кремле, по словам историков, был в цветущем состоянии, а из новых сооружений замечательна постройка Малой Золотой палаты для царицы Ирины, существующей до сих пор в реставрированном виде. Вскоре, благодаря проискам Бориса Годунова угасла младшая отрасль Рюриковичей, так как царевич Дмитрий погиб от руки злодея, и для России приближаются снова тяжелые времена смут и междуцарствий, времена, которыми и без того так была богата многострадальная история России.
За отказом от престола царицы Ирины, после смерти царя Федора Иоанновича, волей или неволей, доподлинно неизвестно, был избран брат ее Борис Годунов, удалившийся с царицей в Новодевичий монастырь. После долгих уговоров Борис согласился принять на себя царский венец и 26 февраля въехал в столицу.
Царь Борис, любя пышность и величие двора своего, много способствовал украшению Кремля. Им были воздвигнуты две новые каменные палаты, а также построена колокольня Ивана Великого, по своей высоте и стройности невиданное до того сооружение, почему и почиталось одним из чудес в России того времени.
21 июля 1605 года преемник Бориса, Лжедмитрий венчался на царство. Занимаясь государственными делами, Лжедмитрий все остальное время посвящал забавам, охоте, стрельбе, осадам искусственных крепостей; любил роскошь, богатство обстановки, пышность выездов, носил польский костюм и вообще не покидал своих привычек, вполне не свойственных его новому положению. “Он, - пишет Карамзин, - сыпал деньгами и награждал всех без ума; давал иноземным музыкантам жалованье, какого не имели и первые государственные люди; любя роскошь и великолепие, непрестанно покупал, заказывал всякие драгоценные вещи, и месяца в три издержал более семи миллионов рублей, а народ не любит расточительности в государях, ибо страшится налогов. Описывая тогдашний блеск московского двора, иноземцы с удивлением говорят о лжедмитриевском престоле, вылитом из чистого золота, обвешанном кистями алмазными и жемчужными, утвержденном внизу на двух серебряных львах и покрытом крестообразно четырьмя богатыми щитами, над коими сиял золотой шар и прекрасный орел из того же металла. Хотя расстрига ездил всегда верхом, даже в церковь, но имел множество колесниц и саней, окованных серебром, обитых бархатом и соболями; на гордых азиатских его конях седла, узды, стремена блистали золотом, изумрудами и яхонтами; возницы, конюхи царские одевались, как вельможи. Не любя стен в палатах кремлевских, находя их печальными, деревянный же дворец Борисов как памятник ненавистный, самозванец построил для себя ближе к Москве-реке новый дворец, также деревянный, украсил стены шелковыми персидскими тканям, цветные изразцовые печи - серебряными решетками, замки у дверей - яркой позолотой, и в удивление московитянам перед сим любимым своим жилищем поставил изваянный образ адского стража, медного огромного цербера, коего три челюсти от легкого прикосновения разверзались и бряцали: чем Лжедмитрий, как сказано в летописи, предвестил себе жилище в вечности: ад и тьму кромешную!”
К началу XVI столетия, по мере увеличения собственной силы Московского государства и его значения, по мере увеличения сношений с иноземными государствами, обстановка московского государя делалась все торжественнее и пышнее. В этой эпохе придворный этикет вылился уже в точно определенные формы. Государев дворец в Кремле служил, конечно, центром придворной и государственной жизни.
Лжедмитрий ни снискал особой симпатии бояр и духовенства. Сильные нарекания народа вызывали расточительность и безумные траты Лжедмитрия. Народ боялся новых тяжелых налогов. Всеми этими обстоятельствами сумел отлично воспользоваться Василий Иванович Шуйский. Он стал во главе заговора против Лжедмитрия. Лжедмитрий же, по отзыву историков, вел себя крайне неосторожно, несмотря на распространявшиеся слухи, что готовится что-то недоброе. Он не только не слушал доносчиков, сообщавших ему тревожные вести, но велел их даже наказывать. В это время приверженцы Шуйского распространяли самые чудовищные слухи о Лжедмитрие, вроде того, что он хочет с поляками избить всех бояр и ввести латинство.
В ночь с 17 на 18 мая новгородские и псковские полки заняли все 12 ворот города и не пускали никого ни в Кремль, ни из Кремля. Около 4-х часов утра московские колокола разом заговорили. Толпы народа хлынули на Красную площадь. Шуйский в сопровождении приближенных заговорщиков въехал в Кремль через нынешние Спасские ворота, держа в одной руке крест, в другой меч. Подъехав к Успенскому собору, он взошел в него, приложился к образу Владимирской Богородицы и сказал окружающим: “Во имя Божия идите на этого еретика”. Стрельцы выдали Дмитрия, и он был убит клевретами Шуйского. Целый день в Москве шла дикая бесчеловечная расправа...
19 мая произошло избрание на царство Шуйского. Немедленно после избрания новый царь вошел в Успенский собор и целовал крест на том, что ему “не осудя истинным судом с боярами, никого не казнить, не лишать имений, а также не слушать ложных доносчиков”. Шуйский не выждал, пока соберутся выборные земские люди всего Московского государства, которые, конечно его бы выбрали, так как серьезных претендентов на престол не было кроме него. Василий Шуйский был слишком нетерпелив. В избрании его не участвовали даже многие знатные бояре, которые тогда были в отсутствии. Недостаток такой законности в избрании, без сомнения, в значительной степени помог и усложнил те междоусобицы, которые вскоре начались. Кремль не видел ни празднеств, ни торжественных церемоний, которыми, по освященному веками обычаю, сопровождается коронование государей России.