5 сентября пожары начали утихать, а в ночь на 6 пошел сильный дождь, который продолжался еще с большей силой и весь день в воскресенье, 8 сентября, Наполеон возвратился в Кремль и опять поселился во дворце.
Во время пребывания французов в Москве храмы Кремля не избежали поругания. Все церкви были ограблены; в Успенском соборе вместо паникадила висели большие весы, на которых французы взвешивали выплавленное золото и серебро из награбленных церковных сокровищ, риз, окладов, чаш и проч. Тут стояли плавильные горны и были устроены стойла для лошадей самого Наполеона. В Верхоспасском соборе стояли кровати, а престол его служил обеденным столом. Маршал Даву не раз устраивал себе спальню в алтаре главного храма в Чудовом монастыре.
Между тем, ввиду наступающей зимы, Наполеон делал некоторые приготовления, чтобы покинуть Москву. В это время с колокольни Ивана Великого в Кремле сняли крест, предполагая, что он золотой, чтобы увезти его в числе трофеев, точно также Наполеон велел обобрать все серебряные и золотые украшения кремлевских соборов.
В первых числах октября больные и раненые французы были вывезены из Москвы по Смоленской дороге. Но Наполеон все еще не желал, чтобы все знали о его намерении оставить Москву. Так Наполеон поручал Мюрату укреплять Кремль. Решившись покинуть Москву, Наполеон задумал сжечь в ней все уцелевшие от пожара здания и взорвать Кремль с его древними стенами и башнями, с его дворцами и соборами. Исполнение этого намерения было поручено оставшемуся с арьегардом отступавшей из Москвы французской армии маршалу Мортье. За час до оставления Кремля Наполеон писал герцогу Бассону в Вильну: “С выступлением армии в поход завтра я решу взорвать Кремль”. Поражение Мюрата под Тарутиным заставило, как известно, Наполеона поспешно оставить Москву. С высоты знаменитых Воробьевых гор начальнику артиллерии генералу Ларибуассьеру велено было все оставшиеся в Москве по выходе из нее французов боевые снаряды, свинец, порох и заряды сосредоточить в Кремле. “Может быть, я еще возвращусь в Москву”, - писал Наполеон, но конечно он сам менее всех мог поверить этому возвращению в Кремль, наполненный порохом с подведенными под него минами.
Наполеон покинул Кремль и Москву рано утром 7 октября и отправился по старой Калужской дороге. Маршал Мортье, оставшийся с небольшим отрядом в Кремле, делал там необходимые приготовления для его взрыва. В Кремле деятельно рыли рвы и канавы, устраивали мины и наполняли их порохом. В ночь с 11 на 12 октября Мортье покинул Москву и, отойдя на незначительное расстояние от нее, пушечным выстрелом подал сигнал к взрыву Кремля. Земля заколебалась, дрогнули все здания, даже на большом расстоянии от Кремля полопались стекла в окнах, во многих домах города обрушились потолки и стены домов и внутри их ничего не осталось на своем месте, обывателей сбросило с постелей. Жители бросились на улицы и площади, полуодетые, а некоторые израненные осколками стекол и камней. Ужас овладел всеми. В ночной темноте, освещаемой пожаром Кремля и других зажженных в городе покинувшими его французами зданий, слышались плач и стоны. Новые взрывы последовали один за другими, но уж не настолько сильные, как первый.
Последствия взрывов были, однако, для Кремля не так опустошительны, как можно было ожидать. Разрушены были часть Арсенала и примыкавшей к нему восточной кремлевской стены и верх башни у Никольских ворот, но здесь уцелел не только надворотный образ Чудотворца Николая, но даже и само стекл о киоты и висевшая перед ней лампада. Взорванной оказалась часть южной стены Кремля с тремя башнями: Петровской с упразденной на ней церковью Московского Святителя Петра Митрополита, Рождественской с бывшей при ней церковью и Филаретовской, что близ колокольни Ивана Великого. Сама же колокольня Ивана Великого треснула сверху донизу и заколебалась в своем основании, но устояла. Угольная водоотводная башня взлетела на воздух и своими остатками завалила набережную и реку, на ее месте взвился высоко вверх столб пыли и дыма. К общему удивлению и радости, в Кремле уцелели все дворцы, соборы, церкви и монастыри. Хлынувший во время взрывов дождь залил несколько мин и подкопов в Кремле, откуда было вынуто до 60 бочек пороха, другие же подкопы были засыпаны камнями и землей от первого взрыва, почему и остались безвредными. Дождь, конечно, много содействовал к ослаблению разрушительной силы подкопов, но, кроме того, существует еще весьма правдоподобное показание одного французского офицера Фезанзака (“Souvenirs militares”) о том, что маршал Мортье нарочно отпустил для взрывов негодный порох, не желая строго выполнить варварское распоряжение Наполеона о взрыве древнего Кремля.
Из внешних изменений Кремля после войны необходимо заметить, что после занятия французами и опустошительного пожара Кремль едва ли мог восстановиться через несколько лет. При починке и восстановлении соборов и церквей Кремля неизменно держались прежнего архитектурного стиля. Точно также поступали и при реставрации и поправках иконной живописи в кремлевских соборах. Для последней цели с большими трудностями собраны были разные мастера, архитекторы и художники, которые и восстановили прежний вид внутренности соборов и дворцовых палат. Освящением Архангельского собора, происходившем 1 февраля 1813 года, торжественно был открыт для всех до того времени закрытый Кремль.
До 1818 года, как известно, в Кремле стоял памятник XV столетия - Гостунский собор на месте бывшего до того времени Ордынского подворья. Дьякон этого собора, Иван Федоров был первым типографщиком в Москве. В 1818 году Гостунский собор был снесен, а престол его был перенесен на колокольню Ивана Великого, где и устроена была церковь во имя этого святителя.
В 1818 году на Красной площади был установлен памятник Минину и Пожарскому (скульптор И.П. Мартос). Открытие памятника сопровождалось парадом войск.
В царствование Николая I Кремль заметно изменился. На месте старого, пришедшего в ветхость дворца был воздвигнут, как мы сказали, новый, существующий и теперь. Колоссальный дворец, владычествуя над Москвой, занял громадное пространство и включил в себя древний Теремной дворец, собор Спаса, что на Бору и многие другие церкви. Тогда же было воздвигнуто здание для Оружейной палаты, примкнувшее к дворцу и составившее одну из его многочисленных частей. В 1849 году было совершено торжественное освящение дворца, сопровождавшееся празднествами и балами.
Для постройки дворца в Кремле были сломаны некоторые постройки, местность спланирована, разведен сад по скату горы и престол древней церкви Иоанна Крестителя переведен в Боровицкую башню, а сооружение снесено. Тогда же покоившийся в земле царь-колокол поднят и поставлен на пъедестал.
В царствование Александра II внешний вид Кремля ничем не изменился; новых зданий не воздвигалось, исключая служебные корпуса, а все направлено было к тому, чтобы постоянной тщательной реставрацией существующих сохранить все в том виде, как было прежде.
В царствования Александра III и Николая II внешний вид Кремля также не изменился.
Во время переворота в Москве в октябре 1917 года Кремль, занятый юнкерами, был подвергнут бомбардировке, продолжавшейся и после его сдачи, когда юнкера покинули кремлевскую территорию. Вот что пишет об этом в вышедшей в том же году книге епископ Нестор Камчатский (Анисимов, впоследствии митрополит; 1883-1962) как член Всероссийского Поместного собора он был свидетелем событий и одним из первых вошел в Кремль после окончания боев: “Но что сталось с нашим Кремлем?! Замолк рев артиллерийской пальбы, затих шум братоубийственной бойни, и из праха и дыма гражданской войны глядит он на нас, зияя ранами, разбитый, оскверненный Кремль - немой свидетель прежней нашей славы и настоящего позора, сложенный по кирпичу трудами поколений, залитый в каждом камне кровью его защитников, стоявший свыше полтысячи лет, переживший всякие непогоды и бури и павший ныне от руки своего же народа, который через полтысячи лет стал разрушать свои вековые святыни, покрыв ураганным огнем кремлевские Соборы, это диво дивное, восьмое чудо мира... Русское оружие, в котором ощущался недостаток для обороны от сильно вооруженного противника на фронте вначале войны, ныне было заготовлено нами и нашими союзниками в огромном количестве, но, к ужасу нашей Родины, оно было обращено не на неприятеля, а в своих же русских братий, на расстрел своих родных городов и святынь. Чувство невыразимой тоски поистине неизглаголанного горя охватывает вас при виде этих разрушений и ужаса, и чем вы углубляетесь дальше в осмотр поруганной святыни, тем эта боль становится все сильнее и сильнее. С неподдающимся описанию волнением вы переступаете ограду на каменную площадь к великому Успенскому собору и видите огромные лужи крови с плавающими в них человеческими мозгами. Следы крови чьей-то дерзкой ногой разнесены по всей этой площади.