Напрасно Шуйский стремился предотвратить самозванщину: это не успокоило смуты. Сперва зашевелились области, не участвовавшие в избрании его и подвергшиеся интриге бояр: князь Шаховской возмутил против Шуйского Северскую Украину, а Ляпунов и Сумбулов - Рязанскую область. Но наиболее смуты производили народные подонки, выразителем коих явился беглый холоп князя Телятевского Иван Болотников. Однако эта смута и слякоть не вдруг могла выставить из своей среды самозванца, хотя деятельно повсюду распускались слухи, что Димитрий Иванович не был убит в Москве, как раньше и в Угличе, а что вместо него убили другого и, чтобы обмануть де народ, лицо убитого покрыли маской.
Первая волна смуты, под предводительством Ивана Болотникова, Шаховского и Ляпунова, докатилась до Москвы, и войскам Шуйского приходилось биться с мятежниками и под самой Москвой, и у речки Пахры, в селе Троицком, и близ деревни Котлы. Однако положение Василия Шуйского еще не расшаталось, особенно благодаря поддержке новопоставленного патриарха Гермогена; и смутьяны - одни принесли, как Ляпунов, повинную царю, другие отброшены были от Москвы и, после осады в Туле, должны были сдаться Шуйскому.
Но за первой волной смуты катился второй вал ее: в Стародубе объявился Лжедимитрий II, которого одни называли поповичем от Знаменья на Арбате, другие - сыном Курбского, а некоторые - даже жидовином. Между тем Шуйский не проявлял и в самой Москве царственной силы. Москвичи в это время видели, как выкопали из земли тело первых жертв самозванства - Годуновых и как повезли их для новых похорон у Троицы; неутешный плач дочери Годуновых Ксении, теперь инокини Ольги, глубоко трогал народ. Вызван был в Москву низложенный самозванцем патриарх Иов, и вместе с новым патриархом Гермогеном дал в Успенском соборе разрешение народу от клятвопреступления при первом самозванце Феодору Борисовичу. По этому поводу обнародована была от имени двух патриархов грамота с изложением событий от смерти Грозного до воцарения Шуйского включительно. Но все же власть не обнаруживала энергии, несмотря на то, что Москва была встревожена видением одного старца, коему во сне явился Христос и в Успенском соборе грозил московскому народу страшной казнью за все его неправды. Патриарх Гермоген приказал объявить народу об этом видении и назначил по этому поводу пост от 14 до 19 октября. Между тем, зимой ничего не предпринималось против самозванца; пользуясь бездейственным затишьем, Василий Иванович отпраздновал свою свадьбу с княжной Буйносовой-Ростовской.
Между тем второй самозванец окреп: к нему пристали польские отряды под начальством панов Меховецкого и Рожинского, донские казаки с атаманом Заруцким и немало русских людей, успевших порядочно испортиться или, как говорили тогда, "измалодушествоваться" от смуты. Пропущен был момент нападения, и пришлось защищаться. Города стали сдаваться самозванцу, и даже войска изменяли Шуйскому... И вот самозванец, далеко уступавший первому Лжедимитрию и называемый народом просто вором, подошел к Москве и расположился станом в селе Тушине. Сюда привезена была перехваченная по дороге в Польшу панна Марина, и эта авантюристка не посовестилась признать своим мужем самозванца, нисколько не походившего на первого Лжедимитрия. Хотя тушинцы не чувствовали силы осадить Москву, но и полуцарь не имел энергии ударить на Тушинский стан. Происходившие между речками Ходынкой, Всходней и Химкой битвы не приводили ни к чему; поляки под начальством панов Лисовского и Сапеги осадили Троицкую лавру. Но ее иноки геройски защищали обитель преподобного Сергия. Великая лавра показывала, что Бог, по молитвам преподобного, не отступился от царя. Но все же поддерживаемая слабостью в нем власти смута все росла и росла. В самой Москве было ненадежно: в ней плодились так называемые перелеты: характерным проявлением смуты было появление людей, кои стали торговать своей верностью, изменяя то Шуйскому, то самозванцу. Торговый человек, желая стать дворянином, дворянин - получить поместье или боярство, бежали из Москвы в Тушинский стан и здесь присягали Лжедимитрию, а, получив от него жалованье, возвращались в Москву и здесь притворным покаянием вымогали себе новые награды. Но это не все: Москва видела не одну бунтовскую вспышку против Шуйского.
17 февраля 1609 года Сумбулов, Гагарин и Грязной, составив заговор, потребовали от бояр, чтобы они низложили царя, а когда те, выжидая, что будет дальше, разошлись по домам, бунтовщики грубо и насильственно вывели патриарха Гермогена из Успенского собора на Лобное место и стали кричать, что Шуйский незаконно избран одной Москвой и притом своими потаковниками. Патриарх сказал, что до сего времени ни Тверь, ни Псков, ни Новгород, ни другие города Москве не указывали, а им всем Москва указывала, и, напомнив им о присяге на верность царю, удалился с Красной площади в Кремль. Заговорщики бросились за ним. Народ не удерживал их, но и не помогал им. Василий Иванович на этот раз показал себя и твердым, и мужественным, хотя и не схватил бунтовщиков. Он спросил их, зачем они, клятвопреступники, дерзко врываются во дворец? Если они хотят убить его, то он не боится смерти; но низложить его без больших бояр не могут. Заговорщики оторопели и убежали в Тушино.
Второй заговор был составлен Крюком-Колычевым, замыслившим убить Шуйского на Вербное воскресенье. Но заговор был открыт, его глава был казнен, а сообщники поплатились заточением. Началось волнение в народе от страшной дороговизны хлеба, происшедшей от того, что тушинцы, осадив Коломну, приостановили подвоз хлеба в Москву. Цена на него поднялась до 7 рублей за четверть. Но, по просьбе царя, келарь Троицкого монастыря Авраамий Палицын пустил в продажу монастырский хлеб по 2 рубля за четверть.
Скоро, однако, сквозь тучи смуты проглянуло было на Шуйского солнце: его молодой племянник, доблестный князь Михаил Васильевич Шуйский, собрал ополчение северо-восточных городов, получил от шведов вспомогательный отряд под начальством Делагарди и, двинувшись к Москве, разбил по дороге поляков и подходил к первопрестольной столице, когда Лисовский и Сапега уже сняли осаду Троицкой лавры, а самозванец бежал из Тушинского лагеря в Калугу, и самое это гнездо распалось. Король польский Сигизмунд III, подступив к Смоленску, потребовал к себе из Тушина поляков. Лжедимитрий, оскорбляемый своими приверженцами, не чувствовал себя в безопасности без поляков в Тушине и бежал, а его стан сам собой распался.
Народные надежды в это время покоились на Михаиле Скопине, в котором все хотели видеть наследника несчастливого и бездетного его дяди. Народ приписывал ему освобождение Троицкой лавры и распадение Тушинского лагеря. Прокопий Ляпунов на возвратном пути Скопина через своих посланных предложил ему престол, но тот с благородным гневом разорвал присланную ему грамоту.
Однако, среди общего расположения народа, царственного юношу стерегли в Москве зависть и ненависть. Брат Василия Димитрий Шуйский, питавший надежду после его смерти наследовать престол, не мог не видеть в Скопине-Шуйском помеху своим планам.
12 марта князь Михаил Васильевич торжественно, вместе с Делагарди, вступил в Москву. Народ тысячными толпами вышел встретить молодого героя, в коем видели все спасителя государства. У ворот "Скородома" по приказанию царя Василия князю Скопину была поднесена хлеб-соль. Народные толпы на пути его в Кремль земно кланялись ему и со слезами благодарили его за освобождение от врагов. Зная о затаенной вражде к князю Михаилу, Делагарди торопил его идти на поляков под Смоленск, и тот стал готовиться к походу. Но смерть неожиданно прервала жизнь народного любимца. 23 апреля, на крестинном пиру у князя Воротынского, хлынула у него кровь носом, и через две недели он умер. Народ с ужасом встретил эту весть и заговорил, что он отравлен. Пошли толки, что жена Димитрия Шуйского, дочь Малюты-Скуратова, поднесла ему яд в чаше с вином. Народ внес это в свою песню. Вот что князь Михаил говорит в ней "своей матушке" "о стопе зелья лютого".
Ох ты, гой еси, матушка родимая,
Сколько я по пирам не езжал,
А таково еще пьян не бывал;
Съела меня кума крестовая,
Дочь Малюты-Скуратова!
Об этом тяжком для народа времени псковский летописец говорит, что в Архангельском соборе слышны были шум, гласы и плач, предвещавшие разорение царства Московского. Князь Скопин-Шуйский был, - при общем плаче, подобном тому, который был по царе Феодоре Иоанновиче, - погребен в царской усыпальнице. Воспроизводим выше его иконописный портрет, стоявший в Архангельском соборе над гробом царственного юноши.
Со смертью его порвалась последняя народная связь с несчастным Василием Ивановичем; нужен был только повод, чтобы совершилось его падение, и он не замедлил. Бездарный, но честолюбивый Димитрий Шуйский, почти с пятидесятитысячным войском, был разбит паном Жолкевским под Клушиным: чаша несчастий полуцаря переполнилась. Захар Ляпунов поднял против Шуйского толпы народа, пошел во дворец и стал требовать от Василия, чтобы он отрекся от престола. Тот схватил нож и замахнулся им на Ляпунова, который хотел ответить тем же; но товарищи увели его из дворца. Они пошли на Лобное место, куда двинулись народные массы и приехал патриарх Гермоген. Толпы не умещались на Красной площади, и Ляпунов с Салтыковым и Хомутовым закричали народу, чтобы все шли к Серпуховским воротам, где больше места. Здесь решились просить Шуйского сойти с престола, так как и род его несчастен, и из-за него понапрасну льется кровь. Патриарх Гермоген противился этому, но совета святейшего на этот раз не послушали и послали в Кремль свояка Васильева, князя Воротынского, сказать обо всем Шуйскому. Тот, не видя нигде опоры, согласился и переехал с женою в свой боярский дом на Арбат. Чтобы сделать невозможным для него возврат на царство, Ляпунов с князьями Засекиным, Волконским и Гюфякиным потребовал, чтобы Шуйский постригся. Когда он не захотел сделать это, его насильно свезли в Чудов монастырь и там постригли в иноки. С падением этого государя, хотя он был только полуцарем, стало Москве еще смутнее, и наступал последний, самый тяжкий акт смуты - междуцарствие.