При новом министре И.Д.Делянове усилилась сословная направленность политики министерства народного просвещения. В циркуляре 1887 г. («о кухаркиных детях») рекомендовалось не принимать в гимназию «детей кучеров, лакеев, поваров, прачек, мелких лавочников и т.п. людей… за исключением разве одаренных необыкновенными способностями».
Вместе с проведением военных реформ были преобразованы и военно-учебные заведения. Вместо бывших николаевских кадетских корпусов создавались общеобразовательные военные гимназии, а для военной подготовки – военные училища. Они возникли уже в 1860-х гг.: военные гимназии в Головинском (в Лефортовском) дворце, Александровское военное училище, позже прибавилось прибавилось Московское военное училище. Свой реальный профиль военные гимназии сохранили и после реформы 70-х гг. После ухода в отставку Д.А.Милютина, возглавлявшего военное министерство, положение военных гимназий изменилось, их снова заменили кадетскими корпусами.
Возникла необходимость в устройстве женских гимназий и училищ. В 1858 г. было принято «Положение о женских училищах, подведомственных министерству народного просвещения». Ими управляло и ведомство императрицы Марии Федоровны. Помимо мариинских, возникали частные женские гимназии. Они так же подчинялись Министерству народного просвещения, как и основанные благотворительными организациями (Елисаветинская и Усачевско-Чернявская) женские гимназии. В 60-х гг. устройством начальных женских училищ занялась Московская городская дума. В Москве был предпринят первый опыт создания и высшего женского учебного заведения. В 1869 г. открылись устроенные по общественной инициативе на частные пожертвования Лубянские женские курсы, располагавшиеся на Лубянке в помещении мужской гимназии. Преподавание там со временем стало приобретать университетский характер. В 1872 г. были открыты Высшие женские курсы профессора В.И.Герье. Сначала они действовали как общеобразовательные, а затем стали историко-филологического профиля. Как и на Лубянских, там преподавали лучшие университетские профессора. В 1886 г. правительство распорядилось прекратить прием на те и другие. Причиной послужило участие многих курсисток в революционном движении. Курсы Герье были вновь открыты лишь в начале следующего века.
Московская городская дума ходатайствовала за увеличение субсидий на начальные школы и за открытие новых. Развитие народного образования во второй половине века стало одной из главных задач городского общественного управления.
Количество школ быстро росло, увеличивался в них процент крестьянских детей. Среди числившихся крестьянами в Москве основную массу составляли выходцы из деревни, работавшие на фабриках, заводах, в мастерских, извозчики, обслуживающий персонал трактиров, ресторанов, гостиниц. Дети бедных родителей учились бесплатно.
Московские училища, как правило, вдвое и втрое превышали петербургские и прочие по числу учеников. Поскольку мест не хватало, устраивались параллельные классы – главным образом в младшем отделении, ибо многих детей родители забирали задолго до окончания обучения (которое длилось три года), чтобы отдать на работу.
Помимо школ, содержащихся казной и Думой, в Москве имелись десятки частных, церковно-приходских, фабричных, учрежденных благотворительными обществами. Расширялась специализация учебных заведений. Открывались новые училища – с ремесленным, торговым, коммерческим уклоном. Существенный сдвиг происходил в ремесленно-техническом образовании. В профессиональных учебных заведениях обучались различным ремеслам: столярному, слесарному, кузнечному, портняжному, сапожному делу, другим ремеслам, а также грамоте. С 70-х годов стали создаваться учебные заведения железнодорожного профиля.
Профессиональными учебными заведениями в городе были и Учительский институт, Московское театральное училище, Консерватория, Земледельческая школа, школа садоводства, несколько кулинарных школ, зубоврачебные школы, всевозможные курсы – бухгалтерии и счетоводства, каллиграфии, стенографии, иностранных языков, педагогические, классы рисования и живописи и проч.
Во второй половине века заметно активизировалась деятельность многих прежних ученых обществ, стали возникать и новые. Возобновило издание своих «Чтений» Общество истории и древностей российских. Благодаря усилиям М.П.Погодина, А.С.Хомякова, К.С.Аксакова, М.А.Максимовича возобновилась в конце 50-х гг. деятельность Общества любителей российской словесности при Московском университете, ставшего фактически всероссийским центром литераторов. В него вошли виднейшие русские писатели – Толстой, Тургенев, Островский, Тютчев, Фет, Писемский, А.К.Толстой. Участвовали в деятельности обществе и ученые – словесники, историки, правоведы, естествоиспытатели. Общество принялось за издание «Словаря великорусского языка» В.И.Даля, народных песен, собранных П.В.Киреевским, других произведений народного творчества. На публичных заседаниях читались новые художественные произведения, переводы сочинений европейских писателей, доклады , посвященные памятникам фольклора, материалам по истории литературы и общественной мысли, проблемам просвещения , историческим деятелям. Видная роль в Обществе принадлежала славянофилам, которые стремились превратить его в «Важный орган общественного сознания».
Вновь учрежденными объединениями были Общество любителей естествознания (позже естествознания, антропологии и этнографии), основанное группой молодых ученых и студентов во главе с А.П.Богдановым. Большой общественный резонанс получила организованная этим Обществом в 1867 году Всероссийская выставка в Манеже, на которую съехались более 80 гостей из славянских земель. Общество любителей естествознания устраивало научные экспедиции в Среднюю Азию, к Черному, Белому, Балтийскому морям, их результатами явились богатейшие коллекции, солидные научные издания. Крупное значение имело устройство в 1872 году Выставки прикладного естествознания, на основе которого был создан Политехнический музей. Благодаря организованным Обществом выставкам в Московском университете появились Антропологический и Зоологический музеи, в Московском публичном и Румянцевском музее – богатый этнографический отдел.
Возникали одно за другим и медицинские общества. В 1861 г. по инициативе Ф.И.Иноземцева и других медиков открылось Общество русских врачей. Оно выпускало «Московскую медицинскую газету», а позже – свои «Труды». Позже возникли Хирургическое, Акушерско-гинекологическое, терапевтическое общества и многие другие. Ядро их составляли университетские профессора и преподаватели; вместе с ними действовали врачи-практики.
К усилению и расширению влияния православия на население была направлена деятельность основанного в 1863 г. в Москве Общества любителей духовного просвещения. Возникло оно по инициативе московского митрополита Филарета и пользовалось поддержкой епархиальных властей. На первых порах Общество состояло из духовных лиц, но со временем к ним стали присоединяться миряне. Общество развернуло активную деятельность. Усилиями его членов удалось создать богатую епархиальную библиотеку, составлявшую к концу века более 15 тыс. книг (в том числе старопечатных) и рукописей. Большое внимание уделялось издательской деятельности. Выходившие «Чтения в Обществе любителей духовного просвещения» превратились позже в ежемесячный журнал. С конца 60-х гг. общество издавало «Московские епархиальные ведомости». Затем появился еще один – «Воскресные беседы». В целях популяризации православия издавались и распространялись также книги и брошюры религиозно-нравственного содержания, нередко их раздавали бесплатно, устраивались собеседования с народом – в библиотеке общества и в московских храмах, – на которые собиралось множество людей. Одним из аспектов деятельности общества явилась иконография; образовался отдел иконописания и церковной живописи, открылась школа иконописания, в которой детей бедного духовенства обучали древнему забытому ремеслу. Возник историко-археологический отдел.
В Москве образовывались также математические, научно-технические, архитектурные, промышленно-торговые и другие общества. При их участии устраивались всевозможные выставки, музеи, публичные лекции, издавались журналы, учебные пособия. Многие общества являлись центрами педагогической мысли, выступали как популяризаторы научных знаний, расширяли кругозор и повышали культурный уровень читающей и посещающей выставки публики.
Энергичную работу развернуло Московское археологическое общество, возникшее в 1864 году по инициативе графа А.С.Уварова. На созываемые обществом археологические съезды приезжали ученые и любители отечественной старины со всей России. Общество поднимало также проблемы отечественной истории, источниковедения, архивного дела. Периодически издавались «Труды» археологических съездов.