Голод
Расправа с боярскими родами произвела большое впечатление на общество. Впоследствии, многие видели в ней одну из причин постигших Годунова несчастий. Так считал, например, автор сочинения о Смуте келарь Троице-Сергиева монастыря Авраамий Палицын. Он писал: «И яко сих ради Никитичем, паче же всего мира за премногиа и тмочисленные грехи наши и беззкония вскоре того лета 7109 (1601) излияние гневобыстрое бысть от Бога». В 1601—1603 годы на Россию обрушился недород и страшный голод. Смертность достигала огромных размеров, начиналось людоедство. Другой современник Смуты немец К.Буссов пишет: «...Я собственными глазами видел, как люди лежали на улицах, и подобно скоту пожирали летом траву, а зимой сено. Некоторые были уже мертвы, у них изо рта торчали сено и навоз, а некоторые пожирали человеческий кал и сено. Не сосчитать сколько детей было убито, зарезано, сварено родителями, родителей – детьми, гостей хозяевами. Человеческое мясо, мелко-мелко нарубленное и запеченое в пирогах, т.е. паштетах, продавалось на рынке за мясо животных и пожиралось, так что путешественник в то время должен был остерегаться того, у кого он останавливался на ночлег... Ежедневно повсюду на улицах по приказу царя подбирали сотни мертвецов и увозили их в таком множестве телег, что смотреть было страшно и жутко». Авраамий Палицын пишет, что под Москвой в трех скудельницах (братских могилах) было похоронено 127 тысяч человек.
Царь Борис как мог боролся с бедствием. Он повелел раздавать деньги и хлеб нуждающимся, организовал масштабные строительные работы в Москве с тем чтобы прокормить население. Именно в это время был возведен верхний ярус колокольни Иван Великий, увенчанный торжественной надписью, повествующей о том, что колокольня надстроена «Изволениемъ Святыя Троицы, повелениемъ Великаго Государя Царя и Великаго Кнзя Бориса Феодоровича всея Руссии Самодержца и сына его, благовернаго Великаго Государ# Царевича Князя Феодора Борисовича всея Руссии сий храмъ совершенъ и позлащенъ во второе лето царства их: РИ». Борисом был задуман, но не воплощен и другой грандиозный проект – церковь Святая Святых, который должен был явиться, вероятнее всего, копией иерусалимского храма Гроба Господня. Согласно сочинению голландца Э.Геркмана царь собирался не только воздвигнуть столь необычный храм, но и украсить его невиданной ранее скульптурой – изображением ангела из чистого золота: «Когда оно было сделано немецким мастером, царь пришел посмотреть на его работу. Некоторые формы в изваянии не понравились царю и он указал на них мастеру. Последний пострался исправить их насколько это было возможно... Так это продолжалось несколько раз. Наконец Борис... дал довольно ясно понять, что лицо ангела должно походить на лицо царя».
Энергичные меры царя по оказанию помощи голодающим не давали своего результата – приток голодающих, устремившийся в столицу, привел к быстрому истощению казенных запасов. В то же время, монастыри, бояре, и даже сам патриарх предпочитали придерживать свои запасы зерна, наживаясь на бедствии. Результатом голода стало широкое распространение разбойничьих шаек, в которые собирались боярские холопы, из опальных дворов а также распущенные господами, которые не могли их кормить, и обнищавшие крестьяне. Сражение между отрядом воеводы И.Ф.Басманова и целой армией мятежников, под началом атамана Хлопка, произошло под самой столицей. Басманов был убит, но разбойники потерпели поражение, а их атаман был взят в плен и повешен. Остатки армии Хлопка бежали на русско-литовское пограничье – Северскую украйну и Кромскую волость. Воеводы Годунова ловили и вешали мятежников, но волнение улеглось лишь ненадолго. Надвигались грозные события…