После гибели сына царь прожил еще три года. Они были наполнены для тирана страхом за свою жизнь и судьбу своей души после смерти. Покаянный настрой, охвативший царя, вызвал к жизни создание по его приказу синодиков опальных, в которые записывались для церковного поминания имена казненных. Пойти на эту меру по отношению к душам покойных изменников вынудило царя средневековое представление о том, что грехи умерших без покаяния падут на того, что был причиной их смерти. В то же время, царь, опасаясь новых козней своих приближенных, готовился к бегству в Англию и строил планы своей женитьбы на племяннице английской королевы Елизаветы I Марии Гастингс. В эти годы здоровье царя было подорвано длительными оргиями, он уже с трудом передвигался и его приходилось носить. Антропологическое исследование скелета Ивана Грозного, проведенное в начале 1960-х гг. выдающимся советским антропологом М.М.Герасимовым показало, что в последние шесть лет жизни царя у него развились мощные соляные отложения в позвоночнике, которые причиняли острые и мучительные боли при каждом движении. В конце февраля 1584 г. здоровье царя резко ухудшилось. По монастырям были посланы царские наказы молиться об избавлении государя «настоящие смертные болезни». 18 марта 1584 г. царь был в бане, после чего сел играть в шахматы, внезапно он повалился навзничь. Поднялась суматоха, одни побежали за лекарем, другие – за духовенством для совершения обряда предсмертного пострижения. В это время Иван Грозный скончался; над его мертвым телом был совершен обряд пострижения и царь был наречен Ионой.
Сразу же после смерти Грозного возникли слухи, что царь был отравлен своими приближенными Богданом Бельским и Борисом Годуновым. Английский посол Д.Горсей сообщает, что Иван Грозный был удушен в то время, когда с ним случился приступ. Эти слухи мгновенно распространились среди москвичей и вызвали сильное волнение. Горожане подступили к Кремлю, требуя выдачи Богдана Бельского. На Красной площади восставшие развернули царь-пушки и намеревались стрелять по Спасским (Фроловским) воротам, чтобы выбить их. В это время из Кремля вышли думный дворянин Михаил Безнин и дьяк Андрей Щелкалов с уговорами к толпе разойтись и успокоиться, а вслед за ними делегация бояр, которые сообщили, что Бельский сослан в Нижний Новгород и никакой опасности для нового государя – Федора Ивановича – не существует. Эти заявления успокоили толпу – «и разыдошася койждо восвояси».