Накануне съезда в прессе была развернута дискуссия по вопросам выработки генеральной линии НКС в сфере политики, экономики, международных отношений, местного самоуправления и установления мира на Юге страны. Особое место в дебатах занимала проблема демократизации политической жизни. Выступивший по этому вопросу министр информации и культуры Амин Хасан Омар (член руководства НКС) заявил, что «главной проблемой, с которой сталкивается демократия в Судане, является слабость демократической культуры внутри самих политических партий, их неспособность к дисциплине в рамках партийной демократии». Острая борьба на съезде между представителями различных политических группировок развернулась вокруг вопроса о партийном строительстве и перспективах применения Закона о политических объединениях 1998 г. В частности, Амин Хасан Омар отметил, что этот закон не является чем-то новым в мировой или суданской политической практике. Указывая на действие аналогичных законодательных актов во многих государствах, он отметил схожесть предъявляемых к деятельности политических объединений условий: обязательность национальной принадлежности партий, отсутствие организационной связи с зарубежными филиалами иностранных партий, отказ от финансирования из-за рубежа, неприменение метода насилия или незаконной вооруженной деятельности, а также избранность руководства снизу демократическим путем. По словам А.X. Омара, оппозиционный Национальный демократический альянс (Ат-Таджаммуа аль-ватаний ад-димукратый) со своей стороны подготовил проект закона о политических партиях, который учитывает перечисленные условия, но добавляет к ним запрещение создания партий на религиозной основе. В этой связи министр информации и культуры отметил, что положенное в основу Закона понятие «политической принадлежности» – существенно и предполагает создание партий именно на основе политических отношений между их членами, а не лояльности к традиционным лидерам или религиозным общинам. Глава официально зарегистрированной партии «Аль-Умма» Ан-Нур Джадин в этой связи заявил, что «успех зарегистрированных партий означает успех нового опыта, поскольку этот опыт преодолевает пороки всех других исторических национальных партий, возникших до независимости».
В дискуссии по проблеме политических партий в Судане приняли участие представители суданской науки. В частности, политолог Исмаил Хадж Муса (член НКС) отметил, что «нынешний эксперимент введения многопартийности является четвертым по счету в истории Судана, а создававшиеся в ходе первых трех попыток объединения не отвечали научному определению «политическая партия»». Главным недостатком создаваемых сегодня в Судане политических организаций он считает отсутствие четкости в определении членства в партии и призывает их к большей поляризации. Принявший участие в продолженных на съезде дебатах заместитель генерального секретаря сирийской Партии арабского социалистического возрождения Абдалла аль-Ахмар поддержал руководство Судана, констатировав, что «оно оставляет открытой дверь для диалога со всеми другими оппозиционными силами». Со своей стороны, глава провинции Омдурман, член руководства НКС Мухаммед Мохи ад-Дин аль-Джамиаби критиковал поддержку, которой суданская оппозиция пользуется из-за рубежа со стороны сил, осуществляющих вмешательство во внутренние дела Судана. В этой связи он выступил за существование «сильной, но патриотически-настроенной оппозиции». При этом губернатор Омдурмана предложил активизировать движение в пользу национального консенсуса, чтобы оказать влияние на Ас-Садыка аль-Махди и Дж. Гаранга. Дискуссия по указанным вопросам была продолжена в выступлениях делегатов и кулуарах съезда.
На рассмотрение делегатов Национального конгресса был представлен ряд разработанных в ходе подготовки к съезду программных и уставных документов. В качестве программы их вниманию был предложен пакет документов под общим названием «Документы съезда». В политическом разделе рассматривалось все многообразие религиозных и политических отношений, существующих в суданском обществе, определялись основы политики партии по отношению к религии. В международном разделе декларировалась поддержка принципов добрососедства, диалога и добропорядочности. Пожалуй, наибольший интерес вызывает раздел, посвященный социальным вопросам – «Благополучие общества, его праведность, устои и справедливость». В этом разделе рассматриваются вопросы воспитания индивидуума, роли семьи, отношений между обществом и государством, подчеркивается, что конечной целью партия ставит «растворение» государства в обществе. Делегатам был также предложен на рассмотрение проект изменения уставных документов.
С докладом на съезде выступил председатель НКС, президент Судана Омар аль-Башир, который подчеркнул, что НКС является «политической организацией, созданной в рамках конституции и действующего законодательства, в соответствии с принципом свободной и ответственной конкуренции». Он заявил также, что НКС – «открытое объединение, в которое люди вступают добровольно, без какого-либо принуждения». В своей деятельности Конгресс руководствуется «принципами шариата, племенного права, конституции и законодательства страны». Организационное строительство НКС опирается на широкую базу низовых объединений в штатах страны и в более мелких административно-территориальных единицах Судана. При этом НКС «опирается в первую очередь на молодежь и студенчество, заботясь об их воспитании в духе миролюбия, патриотизма и морали, необходимых для создания здорового поколения, защищая их от эксплуатации и безработицы».
В своем выступлении президент также отметил, что одна из главных задач съезда – долгосрочное и краткосрочное (на четыре последующих года) планирование, отвечающее новым реалиям суданского общества. В этой связи было сказано: «Использование значительных земельных, животных и иных природных ресурсов Судана требует выработки планов, предусматривающих укрепление национальной экономики, рост производства, создание свободного рынка, запрещение монополий, ростовщического процента, мошенничества, поощрение притока инвестиций, а также учитывающих растущие возможности общественного сектора и предпринимательства частных лиц и компаний на условиях свободной и честной конкуренции, открытости для участия братских и дружественных стран в интересах получения национального дохода, подлежащего распределению между гражданами страны».
В международном разделе своего доклада Омар аль-Башир отметил: «Конгресс выступает за обеспечение безопасности страны, ее действительную независимость во внешней политике, за открытость соседним странам и всему миру в достижении высших интересов, взаимный обмен полезными достижениями (не допуская проникновения разлагающего влияния), равноправие и справедливость в международных отношениях, защиту от угнетения и мировой тирании, за создание мирового порядка на основе добрососедства, справедливости и диалога». В этой связи была высказана поддержка «усилиям угнетенных народов и наций, борющихся за освобождение от любого господства и агрессии», в первую очередь Ираку, Ливии, Сирии, Ливану, а также Палестинской национальной автономии.
Генеральный секретарь НКС Хасан ат-Тураби в своем выступлении на съезде уделил главное внимание роли мусульманской религии в современном мире. Лейтмотивом его эмоциональной речи стал призыв к обновлению ислама в нынешних условиях, основой которого в Судане должна стать общенациональная идея. В ходе последующей дискуссии на съезде и в кулуарах Хасан ат-Тураби, комментируя присутствие на съезде представителей партий из других стран, стоящих на позициях арабского национализма (БААС, «насеристы» из Йемена и др.), отвергающих идеологию исламского фундаментализма, ответил, что не видит в этом противоречия. НКС, подчеркнул он, открыт для любого позитивного иностранного идейно-политического опыта. По его мнению, проблема консолидации суданского общества требует использования самой широкой идейной и духовной основы. Кроме того, то, что называют «суданским фундаментализмом», на самом деле представляет собой «попытку возвращения к истокам ислама для его адаптации к новшествам современности». Суданцы, – отметил Xасан ат-Тураби, – не занимаются экспортом исламской революции. Для них ислам – это одна из составляющих национальной идеологии, наряду с патриотизмом, принадлежностью к арабскому и африканскому сообществу. В то же время суданцы осуждают любые проявления экстремизма, в том числе религиозного (исламского, христианского и т.п.)… «Религия призывает нас, чтобы мы исповедовали ее в доброжелательном диалоге, чтобы мы на равных взаимодействовали с теми, кто не согласен с нами, и убеждали их работать вместе». По мнению Хасана ат-Тураби, ислам как религия большинства населения призван сыграть роль морального заслона на пути распространения в стране таких пороков, как алкоголизм, наркомания, проституция. Комментируя реформу административного управления в Судане, он отметил, что на сегодня в стране создано 26 штатов со своими законодательными органами (маджалис ниябийя), министерствами, губернаторами штатов и министрами. В то же время он подчеркнул: «Религия учит нас, что власть принадлежит только одному Аллаху, а не правителю, капитал принадлежит Аллаху, а не капиталистам, знание принадлежит Аллаху, а не доцентам и поэтому необходимо, чтобы капитал, богатства и власть распределялись справедливо между людьми – такова наша революция, революция для людей».