Румунському зовнішньополітичному відомству вдалося винести за рамки договору питання про державний кордон та його режим. Так, в другій статті Договору про відносини добросусідства і співробітництва між Україною і Румунією зазначається, що “Договірні Сторони підтверджують як непорушний існуючий між ними кордон і тому утримуватимуться від тепер і в майбутньому від будь-яких вимог чи дій, спрямованих на загарбання і узурпацію частини чи всієї території іншої Договірної Сторони”. Проте в другій частині цієї статті підкреслюється, що “Договірні Сторони укладуть договір про режим кордону між двома державами та вирішать питання про делімітацію їхнього континентального шельфу та виключних економічних зон в Чорному морі” [15] . Отже, Румунія формально підтвердила принцип “недоторканості” існуючих кордонів з Україною, але ці кордони залишалися без юридичного закріплення (згодом така ситуація повторилася при підписанні відповідного договору між Румунією та Республікою Молдова) [12] .
Окрім питання навколо острова Зміїного ще однією проблемою кордону між Україною та Румунією була його модифікація через зміну природного ландшафту. Мова йде про ділянку Рахівського та Тячівського районів (Закарпатської області) українсько-румунського державного кордону. Відповідно до Договору про режим радянсько-румунського кордону, співробітництво і взаємну допомогу з прикордонних питань 1961 р. лінія кордону тут проходить по середині русла Тиси. Однак це русло, як і будь-якої іншої річки, з часом змінюється. Головною причиною зміни русла ріки паводки, що відбуваються тут декілька разів на рік і розмивають берег. Оскільки географічно так склалося, що нижчий берег - український, він поступово і відходить углиб нашої території, вивільняючи від води румунський берег. З 1961 р. українська сторона втратила у такий спосіб 270 гектарів землі [17] .
Оскільки зміна русла ріки викликана переважно природними причинами, повністю запобігти цьому процесу неможливо, проте значно послабити і зробити його керованим – цілком під силу, встановлюючи надійні берегові укріплення. Втрата Україною своєї території може припинитися, підписанням з Румунією демаркаційних документів, якими б державний кордон став би постійним, за прикладом відповідних домовленостей України з Угорщиною, Словаччиною і Польщею.
Проблемним є також питання п’ятьох островів у гирлі Дунаю. Румунські дипломати вважають, що до ділянки, на яких розташовані ці острови, необхідно застосувати принцип головного судноплавного фарватеру річки, а відповідно з цим всі п’ять островів мають стати румунськими [16] . Українська сторона дотримується іншої точки зору і має наступні міркування. За згаданим радянсько-румунським договором 1961 р. всі п’ять островів з самого початку належать Україні.
Передача ж їх під юрисдикцію Румунії суперечитиме принципу непорушності кордонів, зафіксованому в українсько-румунському базовому договорі. Крім того, на цій ділянці Дунаю (це зафіксовано делімітаційними і демаркаційними документами) принцип головного судноплавного фарватеру річки не застосований, оскільки кордон встановлювався за іншими правилами.
З відновленням в українській частині Нижнього Дунаю судноплавства по глибоководному судновому ході (ГСХ) “Дунай – Чорне море” перелік україно-румунських прикордонних проблем збільшився ще на один невеличкий, але прикрий пункт - нової якості набула проблема визначення лінії державного кордону в дельті Дунаю.
У всьому світі річкові кордони між державами в більшості випадків проходять по середині головного навігаційного фарватеру (принцип головного навігаційного фарватеру). Проте на нижній дільниці Дунаю кордони було встановлено за іншими принципами, а саме за принципом триметрової ізобари. Відновлення ГСХ на Кілійському гирлі Дунаю викликало різні тлумачення питання де саме проходить державний кордон. Українська сторона притримується думки, що територіальні води починаються на глибині 3 метри. Акваторія, що має глибини більше ніж 3 метри вважається судноплавною частиною загального користування.
Після прокладення ГСХ українська сторона змушена була позначити межі ГСХ відповідними навігаційними знаками. В свою чергу румунська сторона межі ГСХ де-факто визнала кордоном міжнародних вод. Ситуація наразі регулюється на рівні прикордонних відділків, проте це не заважає виникненню конфліктних ситуацій під час виконання виробничих завдань на Дунаї.
За проходження кордону між Україною та Румунією в нижній частині Дунаю саме на основі принципу ГНФ довгий час боролися румунські дипломати, адже це давало додаткові можливості для перегляду лінії кордону. Ще до будівництва ГСХ “Дунай – Чорне море” глибини в прикордонному Кілійському рукаві дельти Дунаю періодично змінювалися, що слугувало приводом для дискусій щодо проходження лінії україно-румунського кордону. В результаті Румунія довгий час претендувала на низку українських островів на Дунаї.
Певні корективи в цьому питанні вносила господарча діяльність людини в дельті Дунаю. Як свідчать дослідження, втручання людини в гідрологічні процеси в дельті Дунаю призводили та призводять до істотних змін. Природні та антропогенні зміни в одній частині передаються на всю систему. Дельта Дунаю є надзвичайно динамічною системою – втручання людини в окремих ділянках призводить до змін в системі взагалі. Рівновагу в дельті Дунаю порушено, це може створити нові прикордонні проблеми на Нижньому Дунаї.
Будівництво судноплавних каналів ті інших гідротехнічних споруд по обидва боки Дунаю призводить до перерозподілу води між головними гирлами і, відповідно, до територіальних змін в дельті – утворюються нові острови, змінюється берегова смуга. Такий перерозподіл вже спостерігався після побудови Сулинського каналу. На думку фахівців, й після побудови Георгієвського каналу в румунські гирла буде уходити значно більше води. Свій внесок в гідрологічні процеси в дельті Дунаю внесе й український ГСХ.
В цьому сенсі набувають нового значення деякі положення договору про режим українсько-румунського кордону. Хоча договір було прийнято, проблемні питання залишилися. Деякі експерти дали негативну оцінку договору про режим держкордону, оскільки деякі його статті стосовно лінії кордону, прикордонних вод і діяльності змішаної комісії не відповідають національним інтересам України. Мова йде про те, що в проекті договору закладені юридичні умови, з яких Румунія може розпочати дискусію навколо можливих варіантів уточнення проходження держкордону.
В договорі остаточно не зафіксовано координати кордону, вважається, що в майбутньому може виникнути необхідність їх зміни внаслідок природних змін берегової смуги. В договорі вказується, що “якщо буде констатовано наявність певних об’єктивних ознак внаслідок природних явищ, не пов’язаних з людською діяльністю, які спричиняють необхідність зміни цих координат, Змішана прикордонна комісія укладе нові Протоколи”.
Проте визначити “природність” цих змін довести буде доволі важко. На подібний камінь спотикання потратили сторони під час обговорення екологічних проблем, що можуть виникти внаслідок будівництва ГСХ. Звичайно, припустити, що румунська сторона повністю тримає під контролем природні зміни в дельті Дунаю, було б перебільшення, але існуючі тенденції свідчать, що підстав для цього у румун все ж таки більше. Принаймні було більше до початку відбудови українського ГСХ.
Погоджуючись з тим, що в даний час в нижній частині Дунаю кордони залишаються незмінними, деякі українські експерти вважають, що Бухарест добивається того, щоб в майбутньому при зміні берегових ліній прикордоннихрік можна було б переглянути існуючу лінію кордону. В цьому сенсі відновлення ГСХ якщо не зменшує шанси Румунію на зміни берегової лінії на її користь, то вносить додаткові, непідконтрольні Румунії фактори. Тому дії Бухаресту, скеровані на перешкоди в будівництві каналу можна аргументувати не тільки загрозою диверсифікації транспортних шляхів на Дунаї і, відповідно, загрозою для транспортної монополії Румунії, але й можливими прикордонними ускладненнями та змінами на Нижньому Дунаї не на користь Румунії[27] .
В українській пресі часто йде мова про те, що тільки бажання вступити в НАТО та ЄС заставило Румунію піти на тимчасову відмову від територіальних претензій до своїх сусідів, в тому числі і до України. Румунія звертає увагу на проміжний характер договору: попереду переговори з делімітації континентального шельфу та виключних економічних зон. Проміжний характер договору може торкатися й лінії кордону в пониззі Дунаю.
Довгий час це питання взагалі не обговорювалося, хоча конфліктні ситуації з’являлися знову і знову. Тільки 2-3 лютого 2005 р. на україно-румунській зустрічі експертів та фахівців було підтверджено, що судноплавний шлях по Кілійському гирлу, там де проходить державний кордон, є спільним шляхом судноплавства обох держав, де правила судноплавства визначаються спільно. На зустрічі було прийнято рішення про початок робіт по підготовці спільних правил судноплавства на Кілійському гирлі.