Углублению взаимопонимания между двумя народами способствовало осуществление безвизовых обменов между жителями островов Итуруп, Кунашир, Шикотан и Хабомаи (далее именуемые «острова») и японскими гражданами, т.н. свободных посещений островов, а также других контактов. С 1991 года в таких обменах приняли участие около 10 тыс. граждан России и Японии.
Обеспечивается успешный промысел рыболовными судами Японии в районе островов на основе подписанного в 1998 году Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Японии о некоторых вопросах сотрудничества в области промысла морских живых ресурсов.
Правительством Японии по линии Комиссии по содействию в течение последних 10 лет оказывалось содействие жителям островов.
В последние годы активно развивалось российско-японское взаимодействие в решении актуальных международных проблем в рамках ООН, «восьмерки», а также механизмов Азиатско-Тихоокеанского региона, таких как форум Азиатско-Тихоокеанское экономическое сотрудничество (АТЭС), Асеановский региональный форум (АРФ) и др.
Россия и Япония укрепляли взаимодействие в интересах эффективной борьбы с международным терроризмом, актуальность которой существенно возросла после событий сентября 2001 года в США. В ноябре 2002 года состоялись первые российско-японские консультации по противодействию международному терроризму.
Расширялось сотрудничество в области контроля за вооружениями, разоружения и нераспространения. Россия и Япония координировали действия в рамках международных нераспространенческих режимов и способствовали продвижению многостороннего диалога по разоруженческой проблематике.
Осуществлялось взаимодействие в рамках созданного в 1993 году Комитета по сотрудничеству в целях содействия в области ликвидации подлежащего сокращению в Российской Федерации ядерного оружия. При содействии Японии был создан и начал функционировать комплекс по переработке жидких радиоактивных отходов «Ландыш» на Дальнем Востоке России. Между соответствующими организациями двух стран последовательно развивалось сотрудничество в области изучения способов утилизации избыточного оружейного плутония с использованием российских реакторов на быстрых нейтронах, и уже проведена предварительная утилизация. Кроме того, Россия и Япония взаимодействовали по линии Международного научно-технического центра (МНТЦ).
В последние годы кардинально расширился круг обсуждаемых в ходе консультаций по линии МИД России и МИД Японии региональных вопросов, укрепилась координация действий в решении актуальных международных проблем. По линии соответствующих подразделений МИДов проводятся консультации по внешнеполитическому планированию, полезные с точки зрения определения средне- и долгосрочных перспектив развития международной обстановки.
Сотрудничество в торгово-экономической и научно-технической сферах относится к числу стратегических приоритетов российско-японских отношений. В последнее время обеими странами предприняты шаги по развитию взаимодействия в этих областях, в том числе созданы и функционируют диалоговые механизмы как на правительственном уровне, так и с участием представителей деловых кругов.
Важную роль в развитии двусторонних торгово-экономических отношений сыграла принятая в сентябре 2000 года «Программа углубления сотрудничества в торгово-экономической области», в которой были определены основные ориентиры соответствующего взаимодействия России и Японии. Развитию экономических связей и урегулированию нерешенных проблем способствовала деятельность Российско-Японской межправительственной комиссии по торгово-экономическим вопросам.
Наряду с этим, регулярно осуществлялись двусторонние контакты между представителями деловых кругов, в частности, регулярно проводились совместные заседания Российско-японского и Японо-российского комитетов по экономическому сотрудничеству. Кроме того, в июне 2001 года состоялся визит в Россию делегации Федерации экономических организаций Японии (Кэйданрэн).
Россия приветствует применение с марта 2002 года Банком международного сотрудничества Японии в отношении Внешторгбанка России новой формы банковского кредита, не требующего гарантий со стороны Правительства Российской Федерации, а также предпринятые Японией меры по смягчению условий внешнеторгового страхования сделок с Россией.
Переходу России к рыночной экономике способствовало техническое и интеллектуальное содействие со стороны Японии, направленное на ускорение реформ в Российской Федерации, оказывавшееся в том числе по линии Японских центров, Центров малого и среднего предпринимательства, учрежденных на Дальнем Востоке России Японской ассоциацией содействия торговле с Россией и странами Восточной Европы («РОТОБО»), а также Японской организации содействия развитию внешней торговли («ДЖЕТРО»). До настоящего времени около 18 тыс. россиян приняли участие в различных семинарах, организованных в семи созданных на территории Российской Федерации Японских центрах, и около 2200 человек прошли стажировку в Японии.
Развивалось сотрудничество в области энергетики. Проведены российско-японские межправительственные консультации по вопросам энергетики, и проведено ТЭО с целью отобрать проекты в рамках «совместного осуществления», предусмотренного Киотским протоколом.
Представители деловых кругов двух стран активно участвуют в международных проектах Сахалин-2, в рамках которого уже начата добыча нефти, и Сахалин-1, где ведется подготовка к началу выпуска продукции. Кроме того, частными компаниями проведено ТЭО строительства газопровода между Сахалином и Японией, по результатам которого сделан вывод о технологической и коммерческой перспективности данного проекта.
Проводились заседания Российско-Японского комитета по вопросам охраны окружающей среды, в рамках различных международных механизмов развивалось российско-японское сотрудничество по глобальным экологическим проблемам, прежде всего по проблемам изменения климата.
На основе имеющихся двусторонних соглашений осуществлялось взаимовыгодное сотрудничество в области рыболовства. С января 2002 года активно проводятся российско-японские консультации по проблемам борьбы с незаконным промыслом и контрабандой морепродуктов, по итогам которых достигнуты важные результаты с точки зрения сохранения морских живых ресурсов и поддержания порядка в ходе промысла.
Осуществлялось взаимодействие по линии Российско-Японской комиссии по научно-техническому сотрудничеству и Российско-Японской комиссии по сотрудничеству в космосе. Контактировали между собой, в том числе в рамках форума «Россия-Япония. Передовые науки и технологии», представители деловых кругов. Продвигалось сотрудничество на частном уровне в космической области.
Ведутся переговоры по выработке нового межправительственного Соглашения о воздушном сообщении. Развитию сотрудничества в области воздушного сообщения способствовали консультации между авиационными властями Российской Федерации и Японии.
В июле 2002 года состоялась Конференция по развитию сотрудничества в области туризма на Дальнем Востоке, растет интерес деловых кругов обеих стран к этой сфере.
В результате предпринятых Российской Федерацией и Японией усилий произошло заметное расширение связей между оборонными и правоохранительными ведомствами двух государств, что стало важным фактором укрепления взаимного доверия.
В области оборонных контактов дважды осуществлен обмен визитами Министра обороны Российской Федерации и Начальника Управления обороны Японии, регулярно проводились взаимные поездки делегаций высокопоставленных представителей оборонных ведомств, успешно осуществлялись межведомственные консультации, а также взаимные визиты боевых кораблей, утвердилась практика проведения совместных учений по поиску и спасанию на море и тренировок.
Между правоохранительными ведомствами России и Японии получило развитие сотрудничество в области противодействия международному терроризму, международной организованной преступности, включая незаконный оборот наркотиков и оружия и нелегальные пересечения границ, а также браконьерскому промыслу морепродуктов. В последние годы неоднократно проводились двусторонние и многосторонние консультации с участием представителей ведомств, обеспечивающих безопасность на море.
Россия и Япония, исходя из того, что расширение культурных и гуманитарных обменов способствует развитию межгосударственных связей, укреплению дружбы и взаимопонимания, последовательно развивали связи в этой области, основанные на глубоком интересе российского и японского народов к культуре друг друга. В июле 2002 года вступило в силу двустороннее Соглашение о культурных связях.
К настоящему времени 1396 человек приняли участие в программах молодежных обменов, что способствовало углублению взаимопонимания между народами России и Японии.
В мае 2001 года и в мае 2002 года проведены российско-японские форумы на тему «Российско-японские отношения в Азиатско-Тихоокеанском регионе в условиях глобализации».
В октябре 2002 года между консульскими властями России и Японии проведены консультации, итоги которых способствовали дальнейшему расширению обменов между гражданами двух стран.
150 лет назад 7 февраля 1855 года в Симоде был подписан Трактат о торговле и границах, в котором была определена граница между Россией и Японией (она прошла между Урупом и Итурупом). В настоящее же время территориальный вопрос уверенно стоит на повестке дня. В формулировке российско-японского Плана действий, принятого президентом В.В. Путиным и премьер-министром Дз. Коидзуми 10.01.2003, он звучит так: «активизировать переговоры в целях скорейшего выхода на решение еще остающихся проблем, исходя из понимания того, что Совместная декларация СССР и Японии 1956 года, Токийская декларация о российско-японских отношениях 1993 года, Иркутское заявление Президента Российской Федерации и Премьер-министра Японии о дальнейшем продолжении переговоров по проблеме мирного договора 2001 года и другие договоренности составляют базу для переговоров с целью заключения мирного договора путем решения вопроса о принадлежности островов и достижения таким образом полной нормализации двусторонних отношений. Обе страны подтверждают, что при проведении переговоров весьма важно поддержание в российско-японских отношениях атмосферы взаимопонимания, доверия и широкого взаимовыгодного сотрудничества по различным направлениям» (Раздел 2. Переговоры по мирному договору: «Преодолеть трудное наследие прошлого и открыть новые горизонты широкого российско-японского партнерства»). Наличие территориальной проблемы вряд ли позволяет говорить о «беспрецедентном в своей истории уровне» отношений между странами.