Однією з найбільших проблем на сьогодні залишається питання делімітації континентального шельфу і виключної економічної зони в районі згаданого острова Зміїний. Суперечка полягає в тому, що румунська сторона вважає Зміїний скелею, а не островом непридатною ні для проживання, ні для ведення сільського господарства. Будучи розташованим неподалік берегів Румунії, його континентальний шельф збігається з румунським. При цьому слід зазначити, що міжнародним законодавством передбачено право островів (але не скель) на континентальний шельф. Крім цього, геологи цілком обгрунтовано вважають цей район Чорного моря багатим на поклади нафти й газу. Останнє твердження настільки ускладнює ситуацію навколо угоди про делімітацію континентального шельфу і виняткової економічної зони, що сторони не виключили можливості звернення в Міжнародний суд у Гаазі.
Як вже зазначалося, 17 червня 2003 р., тобто через шість років після укладання базового Договору та після 19 раундів переговорів, Україна і Румунія підписали у Чернівцях Договір між Україною і Румунією про режим українсько-румунського державного кордону, співробітництво та взаємну допомогу з прикордонних питань. Підписаний договір підтверджує лінію радянсько-румунського державного кордону, визначену в 1961 році, окрім молдовсько-румунської ділянки. В договорі зазначено, що лінія державного кордону є незмінною (якщо Україна та Румунія не домовляться про інше). Більш того, у статті 39 підкреслено, що розділи І та IV, в яких зафіксовані положення про те, що існуюча зараз лінія кордону є незмінною, “будуть автоматично продовжені на нові п’ятирічні періоди і не підлягають денонсації [14] .
Договором встановлюється кінцева точка (1439) сухопутного кордону між Україною і Румунією, яка відповідно до документа є початковою точкою для делімітації кордону, що проходить по континентальному шельфу і виняткових економічних зонах у Чорному морі. Документ також регламентує використання прикордонних вод, залізничного транспорту, шосейних доріг та інших комунікацій.
Додатковою угодою, зокрема, встановлено, що договір про режим кордону між Україною і Румунією зафіксує лінію кордону у такому вигляді, як вона визначена і записана в договорі 1961 року щодо радянсько-румунського державного кордону, а також у відповідних документах демаркації, діючих станом на 16 липня 1990 року [15, с.6].
Дискусійною для аналітиків, при цьому, залишається мотивація румунської позиції. Можливо, і це виходить з коментарів румунських дипломатів, головною мотивацією є євроінтеграційна політика Бухаресту. Враховуючи те, що під час тієї ж прес-конференції в Чернівцях І.Ілієску обмовився про свою переконаність у тому, що “задля вирішення проблеми розподілу континентального шельфу Румунії не доведеться звертатися до міжнародного судовладдя”, можна зробити припущення, що найвагомішою причиною, яка змусила сусідню країну підписати цей договір є вимоги основоположних документів НАТО щодо відсутності територіальних претензій його нових членів до своїх сусідів. Фактично підтвердив цю думку сам І. Ілієску, зазначивши, що договір відповідає європейським стандартам та дозволяє Румунії “виконати умови західноєвропейських партнерів щодо забезпечення безпеки східного кордону…” [16, с.331]
Не виключений правда й варіант того, що румунська сторона перенесла акцент на інший документ – Угоду про делімітацію континентального шельфу та виключних економічних зон.
Після підписання договору про режим державного кордону на порядку денному залишилися два проблемних питання, а саме делімітація континентального шельфу та виключних економічних зон і пов’язана з ними проблема юридичного статусу острова Зміїного. В залежності від того, яким буде статус Зміїного – острів чи скеля – визначатиметься і наявність навколо нього континентального шельфу.
В українсько-румунських відносинах, однією з найскладніших проблем є проблеми кордонів. Темпи вирішення цих проблем значно відстають від сучасних інтеграційних потреб. На наш погляд, серед найбільш сучасних, хоча, на жаль, ще мало досліджених, засобів вирішення всього комплексу прикордонних проблем між двома державами є регіональне співробітництво, яке у всій багатоманітності форм прояву служить як європейській інтеграції в цілому, так і економічному розвитку окремих регіонів країни, в т. ч. депресивних в силу географічного розташування територій. У свою чергу, для України, в якій 19 адміністративно-територіальних одиниць є прикордонними, поряд з іншими основними напрямками регіональної співпраці особливої актуальності набуває транскордонне співробітництво прикордонних територій.
Одним із ключових моментів став острів Зміїний. Він був "каменем спотикання" ще до підписання основного договору. Бухарест переконував, що він має відійти румунській стороні, оскільки Україні дістався у спадок від СРСР, який колись забрав острів у Румунії за пактом Ріббентропа-Молотова [9, с.475]. Його статус як острова, придатного для проживання і використання в народногосподарських цілях (а саме це твердження обстоює Київ) викликав заперечення Бухареста, де вважають острів Зміїний скелею, непридатною для проживання та ведення сільського господарства. Суперечка не привертала б уваги, якби не дві причини. По-перше, міжнародним законодавством передбачено право островів на континентальний шельф. Оскільки Зміїний розташовано неподалік берегів Румунії, його континентальний шельф перетинається з румунським. По-друге, геологи цілком обґрунтовано вважають цей район Чорного моря багатим на поклади газу і нафти високої якості. Їх обсяги оцінюються в 10 млрд м3 та 10 млрд т відповідно.
Останнє твердження настільки ускладнює ситуацію навколо угоди про делімітацію континентального шельфу та виняткові економічні зони, що країни не знайшли іншого виходу, як звернення в Міжнародний суд у Гаазі. [10]
В українській пресі часто йде мова про те, що тільки бажання вступити в НАТО та ЄС заставило Румунію піти на тимчасову відмову від територіальних претензій до своїх сусідів, в тому числі і до України. Румунія звертає увагу на проміжний характер договору: попереду переговори з делімітації континентального шельфу та виключних економічних зон. Проміжний характер договору може торкатися й лінії кордону в пониззі Дунаю. Довгий час це питання взагалі не обговорювалося, хоча конфліктні ситуації з’являлися знову і знову. Тільки 2-3 лютого 2005 р. на україно-румунській зустрічі експертів та фахівців було підтверджено, що судноплавний шлях по Кілійському гирлу, там де проходить державний кордон, є спільним шляхом судноплавства обох держав, де правила судноплавства визначаються спільно. На зустрічі було прийнято рішення про початок робіт по підготовці спільних правил судноплавства на Кілійському гирлі [45].
Питання делімітації залишалося невирішеним з 1997 року, коли був підписаний базовий політичний договір між Румунією та Україною. З 6 вересня 2004 року Румунією було передано питання про делімітацію континентального шельфу та виняткових економічних зон між двома країнами на розгляд Міжнародного суду ООН.
Міжнародний суд ООН у Гаазі (Нідерланди) виніс рішення щодо територіальної суперечності України та Румунії з делімітації континентального шельфу та виключних економічних зон цих країн у Чорному морі, а такождвосторонніми претензіями на острів Зміїний, де за прогнозами знаходяться чималі запаси нафти та газу.
Суд одностайним рішенням не погодився з доводами жодної зі сторін та самостійно провів кордон економічних зон вищеназваних держав. При цьому була врахована позиція України, що Зміїний є островом, але це не враховувалося при делімітації морського шельфу, оскільки він дуже віддалений від берегу. Нова лінія враховує невелику територію навколо Зміїного, а далі проходе між берегом Румунії протягом 248 км та українським узбережжям довжиною 705 км.
В Румунії вважають, що суд прийняв справедливе рішення, яке може сприяти налагодженню стосунків між країнами, в тому числі в сфері співробітництва в організації видобутку нафти та газу на Чорноморському шельфі [11].
В результаті рішення Міжнародного суду ООН в справі про делімітацію континентального шельфу та виключні економічні права України і Румунії на боці Києва залишилася переважна більшість нафтогазових покладів, що вже розвідані, про що було заявлено в Секретаріаті Президента, де вважають, що встановлення чіткого кордону сприятиме залученню іноземних інвестицій для розвідки та експлуатації природних ресурсів в цій частині Чорного моря. Було відмічено, що більшість аргументів румунської сторони, на яких вона будувала свою позицію, були відхилені судом.
Завершення судового спору та рішення Міжнародного суду ООН відносно острова Зміїний дає широкі можливості для розвитку та поглиблення українсько-румунського співробітництва, про що було зазначено в Міністерстві закордонних справ України.
З іншого боку, опозиційні політичні сили вважають, що рішення Гаагського суду є програшем України, оскільки вона втратила 14 тис.кв.м території, де розвідано лише 10 млн тон нафти та 10 млрд кубометрів газу. Не виключно, що в територіальнії суперечності двох країн з цього питання лежать чиїсь особисті інтереси, які реалізуються за рахунок національних, або ж таким чином заінтересовані особи намагаються залучити Румунію у якості нового лоббіста України в ЄС та НАТО.
Міжнародний інститут політичної експертизи оцінив рішення з питання острову Зміїний як провал української дипломатії. Українська сторона мала всі передумови не приймати участь в цьому арбітражу, оскільки всі питання вже врегульовані міжнародними договорами. Однак МЗС України пішло на поводу в румунської сторони. Слід також зазначити, що всі юридичні питання були вирішені шляхом підписання ще в 1947 році Паризької мирної угоди між країнами-учасницями антигітлерівської коаліції, в тому числі Української РСР з однієї сторони та Румунії – з іншої. В 1948 році між урядами СРСР та Румунії був підписаний протокол уточнення проходження лінії держкордону, який чітко визначив основні точки та опорні пункти, де вона має проходити, та дав письмовий опис її проходження. В кінці 1949 року був підписаний договір про режим радянсько-румунського кордону, який визначив, що кордон проходе так, як визначено в документах про демаркацію, включаючи кордон в Чорному морі, який був визнаний обома сторонами. Наступний договір про режим радянсько-румунського кордону від 1961 року та протоколи про опис проходження лінії державного кордону, підписані в 1962 та 1974 роках, тільки підтвердили домовленість 1949 року. Всі договори були ратифіковані урядами обох країн. Тому можна припустити, що коли українська влада давала згоду на розгляд справи в Гаагському суді, вона сподівалася на те, що Румунія буде лоббіювати інтереси України при вступі в НАТО, однак тема НАТО була знята на невизначений термін, а частину української території вже віддали.