Развитию хирургической науки способствовало учреждение медико-хирургических академий в Петербурге и Москве (1798), университетов и медицинских факультетов при них: в Москве - в 1765 г., Казани — в 1804 г., Харькове — в 1805 г., Киеве — в 1834 г.
Трудности и сложности в обучении были обусловлены отсутствием учебников на русском языке. Первые такие учебники были написаны П.А Загорским (1764—1846) — по анатомии и И.Ф. Бушем (1771—1843) — по хирургии. Для преподавания хирургии в Петербургской медико-хирургической академии очень много сделано профессором И. Ф. Бушем, а его учебник «Руководство к преподаванию хирургии» (1807) долгие годы был настольной книгой для студентов и хирургов. Им же создана большая хирургическая школа, наиболее ярким представителем которой является И.В. Буяльский (1789—1866). И.В. Буяльский был талантливым анатомом, хирургом, художником, руководителем. Блестящий техник хирургии, он выполнял сложнейшие по тем временам операции — резекцию верхней челюсти, удаление аневризм. Созданные им оригинальные «Анатомо-хирургические таблицы» играли важную роль в изучении техники хирургических операций, были переведены на европейские языки и использовались для обучения хирургов в Европе и Америке. Руководимый И.В. Буяльским завод медицинских инструментов наладил выпуск многих оригинальных инструментов, которые (например, лопатка Буяльского) применяются и сейчас, спустя 150 лет. Как художника И.В. Буяльского художественной академии, консультантом которой он был длительное время. Разносторонний талант и авторитет И. В. Буяльского способствовали становлению и признанию отечественной хирургии, определили дальнейшее направление ее развития в России.
В Петербурге основоположником хирургической школы явился И.Ф. Буш, ученики которого работали в университетах Вильнюса, Москвы, Петербурга. Одновременно с И.Ф. Бушем в Москве работал анатом и хирург Е.О. Мухин (1766—1850). Профессор Московского университета Е.О. Мухин создал школу русских врачей и анатомов, ему мы обязаны открытием Н. И. Пирогова, гениального ученого и хирурга.
Н.И. Пирогов (1810—1881) — гений русской науки. Он был лучшим учеником Е.О. Мухина. В 18 лет он закончил медицинский факультет Московского университета и по рекомендации своего учителя был направлен для продолжения образования вначале в профессорский институт в Дерпт, а затем в Германию. В XIX в. самой сильной хирургической школой считалась немецкая. Начав профессорскую деятельность в Дерптском университете, где Н.И. Пирогов проработал 6 лет, он уделил большое внимание анатомии, создал прикладную (топографическую) анатомию. Используя метод замораживания и распила трупов, изучил на срезах взаимоотношение органов в 3 измерениях. В эти годы он написал классический труд «Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций». Н.И. Пирогов говорил, что хирург должен заниматься анатомией, так как без знания анатомии человеческого тела хирургия не может развиваться, но знания анатомии должны сочетаться с хирургической техникой. Сам Н.И. Пирогов был виртуозом хирургической техники благодаря, как он говорил, знаниям анатомии и хирургии. Не менее важно для хирурга знание клинических проявлений заболевания. В своих рассуждениях «О трудностях хирургической диагностики и о счастье хирурга» Н.И. Пирогов отмечал: «Случай по-прежнему подкарауливает нас, по-прежнему достаточно ошибки в диагностике в зависимости от несовершенства знаний или от случайной причины, ослабившей внимание, — и роковой исход налицо». Сам Н.И. Пирогов был не только виртуозным хирургом, но и прекрасным диагностом. Известен такой исторический факт. Раненому Гарибальди, которого консультировали знаменитые английские, французские, итальянские и немецкие (в том числе и Бильрот) хирурги, не могли установить диагноз. Н.И. Пирогов определил наличие пули в пяточной кости. Конечно, в современных условиях по рентгеновскому снимку это не составило бы труда, но Пирогов установил точный диагноз по клиническим проявлениям болезни. В 1841 г. 31-летний Н.И. Пирогов, уже известный в мире хирург, получил приглашение в Петербургскую медико-хирургическую академию, где и проявился его многосторонний талант.
Вклад Н.И. Пирогова в хирургическую науку огромен. Как известно, основу, определившую развитие хирургии, составляют создание прикладной анатомии, внедрение обезболивания, асептики и антисептики, методов остановки кровотечения, и во все эти разделы Н.И. Пирогов внес свой вклад. Он создал современную прикладную (топографическую) анатомию, широко внедрил эфирный наркоз (им впервые применен наркоз в военно-полевых условиях и с его использованием выполнено 10 ООО операций раненым), разработал новые методы наркоза — ректальный и эндотрахеальньгй. Им изучены анатомические предпосылки остановки кровотечения (топография сосудов), разработаны методы перевязки аорты, язычной артерии, хирургический внебрюшинный доступ к подвздошным сосудам. Н.И. Пирогов предвосхитил исследования Листера и Земмельвейса, считая, что причиной гнойных послеоперационных осложнений является заразное начало («миазмы»), которое передается от одного больного другому, и переносчиком «миазмов» может быть медицинский персонал. Для борьбы с «миазмами» он использовал антисептики: настойку йода, спирт, раствор нитрата серебра и др.
Особое место занимают работы Н.И. Пирогова по военно-полевой хирургии; его классический труд «Начало обшей военно-полевой хирургии» не утратил своего значения и до наших дней. Им разработаны основные принципы военно-полевой хирургии: приближение медицинской помоши к полю боя, сортировка раненых, преемственность в оказании помощи на этапах эвакуации, создание подвижных госпиталей. Эти принципы организации помощи раненым стали фундаментом доктрины военно-полевой хирургии, на них было основано оказание медицинской помощи в период Великой Отечественной войны 1941—1945 гг.
Н.И. Пироговым была применена в военное время гипсовая повязка при лечении переломов, разработаны основные положения антисептики. Ему принадлежит классическое описание травматического шока.
В возрасте 45 лет Н.И. Пирогов покинул Медико-хирургическую академию и посвятил себя литературной и общественной деятельности, внеся большой вклад в организацию образования на посту инспектора народного просвещения Одесской и Киевской губерний. После смерти Н.И. Пирогова в 1881 г. перед зданием факультетской хирургической клиники Московского университета на Б. Пироговской улице самоотверженному врачу, патриоту и ученому был установлен памятник. При открытии памятника Н.В. Склифосовский сказал: «...Народ, имевший своего Пирогова, имеет право гордиться...»
Современником Н.И. Пирогова был Ф.И. Иноземцев (1802-1869). Они вместе закончили Московский университет и проходили дальнейшее совершенствование по хирургии в Германии. Ф. И. Иноземцев занял кафедру хирургии Московского университета. Заслуги Ф.И. Иноземцева перед хирургией состоят в том, что он осветил рать симпатической нервной системы в развитии ряда заболеваний, широко применил инструментальные методы для установления диагноза. Он внес большой вклад в распространение эфирного и хлороформного наркоза в России.
Широким пропагандистом антисептики в России был К.К. Рейер (1846—1890), который изучал антисептику в клинике Джозефа Листера и освоил его методы. В период русско-турецкой войны (1877-1878) он совместно с НА. Вельяминовым применил антисептический метод для лечения раненых. На основании опыта военной хирургии К. К. Рейер предложил и широко применил первичную хирургическую обработку ран; его огромный опыт был обобщен и доложен на Всемирном конгрессе хирургов в 1881 г. Хирурги дали его методу высокую оценку с рекомендацией широкого использования для лечения раненых.
Совершенствование антисептического метода Листера привело к отказу от использования карболовой кислоты как антисептического средства. Так, ученик Н.И. Пирогова СП. Коломнин (1842-1886) применил салициловую кислоту, заменив простой повязкой многослойную окклюзионную. Известны работы СП. Коломнина по переливанию крови, в чем он имел самый большой опыт в России.
Разработка и внедрение в практику методов физической антисептики связаны с именем М.Я. Преображенского (родился в 1861 г., год смерти неизвестен). Асептический метод в клинике применял М. С. Субботин (1848-1913), а военным врачом Л Л. Гейденрехом (1846-1920) в 1884 г. совместно с К Вейгертом был улучшен автоклав для стерилизации перевязочного материала, операционного белья и инструментов, что позволило внедрить асептический метод в хирургию.
После Н.И. Пирогова развитие отечественной хирургии во многом связано с именем Н.В. Склифосовского (1836—1904). Он работал в Киеве, Петербурге, Москве, в Московском университете заведовал кафедрой факультетской хирургии. Н.В. Скли-фосовский одним из первых в России начал развивать антисептический метод, видоизменил метод Листера, используя в качестве антисептических средств сулему, йодоформ. Он был разносторонним хирургом: оперировал на желудке, костях, головном мозге. Разработанная им костная операция по сопоставлению и фиксации костей известна как «русский замок». Н.В. Склифосовский уделял большое внимание подготовке кадров хирургов; им был организован Институт усовершенствования врачей в Петербурге.
Из русских хирургов второй половины XIX в. известен А.А Бобров (1850—1904) — автор хирургических операций при мозговой грыже; его работы по костному туберкулезу сыграли большую роль в дифференциальном подходе к выбору метода лечения и хирургической тактики; им разработаны вопросы инфузионной терапии для лечения хирургических больных, создан специальный аппарат, используемый и в наше время (аппарат Боброва). Он является основоположником большой школы хирургов, среди которых такие блестящие хирурги, как П.И. Дьяконов и СП. Федоров.
П.И. Дьяконов (1855—1908) прошел путь от врача земской больницы до руководителя госпитальной хирургической клиники Московского университета. Его имя называют среди основоположников легочной хирургии. Он одним из первых выполнил операцию на легком, произвел резекцию пищевода. Уделяя большое внимание подготовке хирургов в России, П.И. Дьяконов считал необходимым создание печатного органа для хирургов. Так появился журнал «Хирургия», и он был первым его редактором.