Відмічено інгібуючу дію деяких гербіцидів на активність ґрунтових ферментів. Так, далапон і ТХА пригнічують активність протеази, амілази й фосфотази. Гумусові речовини виконують певну захисну функцію стосовно ґрунтових ферментів. У природі існують мікроорганізми, здатні утилізувати фактично будь-які сторонні сполуки. Саме завдяки мікроорганізмам залишки пестицидів знешкоджуються і включаються в нормальні біосферні цикли. Внесок мікроорганізмів у мінералізацію ксенобіотиков, за даними різних авторів, складає 10 -70%. Крім того, мікроорганізми відповідальні і за інший процес – нагромадження в природі продуктів перетворення ксенобіотиков, більш токсичних, ніж вихідний продукт. Пестициди піддаються в ґрунті біодеградации лише за умови, що не мають інгібуючої дії на активність ґрунтової біоти і не порушують її функцій. Хоча біологічні перетворення пестицидів у ґрунті як правило зв'язують тільки з активністю ґрунтової мікрофлори, роль у цих процесах найпростіших (мікрофауни) і ґрунтових безхребетних (мезофауна) для окремих сполук може бути досить значною.
Аналіз даних щодо залежності процесів деградації пестицидів і їхньої сорбції ґрунтом від таких показників, як гранулометричний склад ґрунту, вміст гумусу, а також антропогенних заходів, таких як внесення органічних і мінеральних добрив, вапнування дозволили зробити наступні узагальнення: при збільшенні вмісту фізичної глини в ґрунті частка зв'язаного пестициду, як правило, зростає. Сорбція нелетких сполук завжди зростає з підвищенням вмісту гумусу в ґрунті; при внесенні в ґрунт різних органічних добрив (або відходів рослинного і тваринного походження) розкладання сполук прискорюється. Між внесенням в окультурений ґрунт мінеральних добрив (або інших солей електролітів, хімічно і фізіологічно нейтральних), з одного боку, біодеградацією і сорбцією сполук – з іншого, яка-небудь визначена залежність не встановлена. Є дуже мало даних стосовно того, як нейтралізація ґрунтів при вапнуванні впливає на розкладання пестицидів. Вапнування ґрунту знижує його сорбційну здатність по відношенню до неіоногенних і аніоногенних пестицидів.
Вологість і температура ґрунту мають на біодеградацію пестицидів пряму і непряму дію. Рівень вологості ґрунту забезпечує не тільки оптимальні умови розвитку мікроорганізмів, але й багато в чому визначає його повітряний режим, тобто формування в ґрунті аеробного (бактеріального і грибного) або анаеробного (переважно бактеріального) мікробоценозів. З підвищенням вологості ґрунту частка зв'язаного пестициду завжди зменшується, а для більшості сполук – і з підвищенням його температури.
Оскільки лише деякі з основних і додаткових факторів в умовах відкритих агроекосистем можна віднести до керованих, методи активного регулювання швидкості розкладання пестицидів у ґрунті поки досить обмежені. При сучасному рівні знань керування розкладанням пестицидів в окультуреному ґрунті зводиться до створення оптимального гідротермічного і повітряного режимів. Важливе значення має внесення в бідні гумусом ґрунти органічних добрив. Важлива умова попередження забруднення ґрунту пестицидами – зменшення норми витрат і кратності обробок за умови збереження ефективності захисних заходів. Тому служба прогнозу чисельності шкідників повинна достовірно визначити очікувану загрозу для проведення тієї або іншої обробки проти них. Для кожної природно-кліматичної зони в залежності від виду шкідника і регіональних умов повинна встановлюватися регіональна критична чисельність. Для попередження утворення високих концентрацій пестицидів у ґрунті необхідно прагнути проводити кілька обробок, але меншими дозами.
Для зниження негативного впливу пестицидів на ґрунт практикується додавання в товарні форми препаратів речовин, що сприяють розпаду. Так, додавання солей цинку й алюмінію в оболонки гранул хлорорганічних пестицидів прискорює їх розкладання в ґрунті. Крім того застосування пестицидів у вигляді гранул дозволяє знизити рівень забруднення суміжних із ґрунтом середовищ (повітря, рослин, води). Внесення гранульованих препаратів під культуру шляхом розсіву їх на поверхні орного шару або безпосередньо в ґрунт збільшує час їх збереження в ґрунті до 2-4 місяців, а іноді і більше. При такій технології обробки ведуча роль у зникненні інсектицидів з ґрунту належить рослинам. Причому водорозчинні препарати виносяться рослинами швидше й у більших кількостях ніж малорозчинні. Так, хлорофос і фосфамід виявляється в рослинах, вирощених на обробленому гранульованим інсектицидом ґрунті, у кількості до 20 мг/кг, а дурсбан – до 0,3 мг/кг.
Застосування гранульованих форм хімічних засобів захисту рослин вважається однієї з перспективних можливостей утилізації пестицидів в сільському господарстві, оскільки воно дозволяє найбільш ефективно керувати їх надходженням в об'єкти навколишнього середовища і локалізувати їх дію. Інший шлях обмеження можливої негативної післядії пестицидів у ґрунті – додавання в товарні форми адсорбентів, що перешкоджають міграції пестицидів з поверхневим стоком і надходженню їх у рослини. Використання комбінованих препаратів значно підвищує виробничу ефективність і тим самим дозволяє знизити витрати пестициду. З метою більш тривалого утримання пестицидів на поверхні рослини в препарати додають спеціальні речовини, і тим самим зменшують забруднення ґрунту. В результаті підвищується ефективність застосовуваних засобів захисту рослин, з'являється можливість знизити кратність застосування пестициду. Шляхом науково обгрунтованого підбору складу пестицидів можна впливати на тривалість збереження їх залишків у ґрунті, міграцію в суміжні середовища. Це дозволяє, у свою чергу, збільшити час між обробками, знизити витрати препаратів, тобто зменшити потенційну і виключити реальну їх небезпеку. Заміна суцільної обробки площ стрічковою значно знижує витрати пестицидів. При переході від суцільної до стрічкової обробки витрата гранульованих препаратів зменшується в 3 рази. Для зменшення зносу гербіцидів за межі зони обробки спеціальними технологічними зособами збільшують розмір крапель за рахунок підвищення в'язкості розчину. Досить перспективним є застосування пестицидів у вигляді піни. При цьому практично повністю виключається втрати пестицидів і підвищується їх виробнича ефективність. При такій технології створюються сприятливі умови для їх деструкції, зменшується небезпека побічної дії. З метою попередження вторинного надходження пестицидів в атмосферне повітря в результаті випаровування з поверхні ґрунту і рослин у препарати вводять спеціальні добавки – антивипаровувачі, що знижують леткість отрутохімікатів.
При плануванні агротехнічних заходів у сівозмінах необхідно враховувати вміст пестицидів в орному шарі ґрунту. Навесні агрохімічні лабораторії і санепідемслужба визначає кількість пестицидів в цьому шарі ґрунту для складання рекомендацій з використання хімічних засобів. Коли необхідно інтенсифікувати зниження залишків пестицидів у ґрунті, рекомендується проводити повторну оранку, промивання, внесення адсорбентів (активоване вугілля), каталізаторів (порошкоподібний цинк й ін.). При виборі пестицидів для інтегрованого захисту рослин керуються класифікацією небезпеки пестицидів для ґрунту, відповідно до якої найбільш небезпечними пестицидами є гранозан, гексахлоран, гептахлор, тіодан, цирам, метафос, севин, ліндан, карбатіон й ін.