Залишкової мікрофлори тим більше, чим більше містилося мікроорганізмів в ковбасному фарші до теплової обробки. У ковбасах з високим вмістом жиру виживає більше бактерій, оскільки жир створює захисну зону навколо їх кліток.
Після варива ковбаси швидко охолоджують щоб уникнути размноження в їх залишкової мікрофлори.
В процесі копчення ковбас число бактерій в них знижується.
При зберіганні ковбас відбувається вторинне інфікування поверхні і поступове збільшення числа бактерій. Чисельність мікрофлори зростає тим швидше, чим вище температура зберігання і відносна вологість повітря, що підтверджується даними табл.6 (по А.М. Казакову).
Таблиця 6
| Тривалість зберігання, доби | Кількість бактерій в ковбасі Любительської, тис. на 1 г продукта | |
| при температурі зберігання 3 °С і відносній вологості повітря 85% | при температурі зберігання 14 - 17 °С і відносній вологості повітря 90% | |
| 1 | 40 | 480 |
| 2 | 100 | 9000 |
| 3 | 134 | 13000 |
| 7 | 673 | 68000 |
| 8 | 600 | 68000, слиз і посіріння фаршу |
| 10 | 680, ковбаса не зіпсувалася | 100000, слиз і посіріння фаршу |
При виготовленні копчених (сирокопчених) ковбас підготовлений фарш після набивання в оболонки піддають дозріванню. Для цього батони протягом декількох діб витримують при низьких позитивних температурах, після чого тривало коптять і сушать до досягнення необхідної вологості продукту (25-35%).
При дозріванні фаршу в ньому протікають складні фізико-хімічні, біохімічні і мікробіологічні процеси, в результаті яких утворюються характерні смак, аромат і консистенція продукту. В процесі дозрівання фаршу беруть участь стійкі до солі і зниження аw в середовищі деякі мікроорганізми початкової мікрофлори фаршу. Це головним чином мікрококи, гомо - і гетероферментативні молочно-кислі бактерії; кількість їх до кінця дозрівання фаршу досягає мільйонів кліток в 1 р. Розвиток молочнокислих бактерій призводить до зниження рН і окислювально-відновного потенціалу (rН2) середовища, що запобігає розвитку гнильних бактерій і активує тканинні ферменти м'яса. Побічні продукти бродіння цукру, що вводиться у фарш, беруть участь в створенні специфічного аромату і смаку ковбас.
Витіснення багатьох бактерій початкової мікрофлори фаршу (псевдомонад, кишкової палички, деяких аеробних спорових бактерій), мабуть, відбувається і в результаті виділення молочнокислими бактеріями антибіотичних речовин.
Встановлено, що для направленого протікання процесу дозрівання перспективно вводити у фарш (при виготовленні сировялених і сирокопчених ковбас) і в заливальний розсіл при засолі окостів закваски молочнокислих бактерій з бажаними властивостями. При цьому продукт виходить з високими органолептичними показниками і в коротший термін. Розроблена технологія виготовлення напівсухих копчених ковбас з використанням чистих культур молочнокислих бактерій - Lactobacillus plantarum.
Для підтримки необхідного кольору ковбас разом з молочнокислими бактеріями рекомендується вводити денітрифікуючих мікрококів (Micrococcus cascelyticus).
В даний час випускають сухі бактерійні препарати "АЦИД-СЬК" з ацидофільних молочнокислих бактерій і "БП-СЬК", що містить суміш молочнокислих паличок і денітрифікуючих мікрококів. Бактерії цих препаратів володіють високою кислотоутворюючою здатністю; вони продукують велику кількість органічних кислот, вільних амінокислот, карбонільних і чотирьохвуглецевих з'єднань, що надає продукту вираженому смаку і аромату. Препарати володіють, крім того, антибіотичною активністю відносно бактерій, групи кишкової палички.
За кордоном виробляють сирокопчені ковбаси, використовуючи цвіль (Penicillium candidum, P. roqueforti), наносячи їх на поверхню батона. Цвіль, що розвивається, покриває батон ковбаси; тонким шаром, оберігаючи його від надмірного висихання, дії світла і кисню повітря, а також запобігає розвитку шкідливих бактерій і дріжджів. Продукти обміну і ферменти цвілі проникають у фарш і сприяють утворенню специфічного аромату і смаку ковбаси.
Допустимий ступінь обсіменіння ковбасних виробів мікроорганізмами не нормується. При сумніві (за органолептичними показниками) в доброякісності ковбасні вироби піддають бактеріологічним дослідженням відповідно до ГОСТ 9958-74. При дотриманні в ковбасному виробництві санітарно-гігієнічних вимог і використанні доброякісної сировини бактерійна обсемененість свіжовироблених готових виробів, як показують багато досліджень, складає: варених ковбас-103 в 1 г, напівкопчених-102, ливерных - 104-105 в 1 г продукту. Мікрофлора в основному складається із спороносних бактерій і кокових форм.
Стійкість ковбасних виробів при зберіганні залежить не тільки від вмісту вологи і куховарської солі, ступеня просочення антисептичними речовинами диму, але і від мікробного їх забруднення. Чим більше вони обсіменені, чим вище вологість (чим більше аw) і нижче вміст солі, чим менше піддавалася ковбаса копченню, тим швидше наступає псування.
Варені, ліверні ковбаси, сосиски і зельці - продукти особливо швидкопсувні. Ліверні ковбаси і сальтисони в порівнянні з іншими ковбасними виробами містять значно більше мікроорганізмів. Вони мають відносно високу вологість і, крім того, готуються з сировини, яка звичайно сильно обсіменена мікроорганізмами. Хоча термічна обробка і знищує багато з них, але все таки їх залишається достатня кількість. Тому терміни зберігання і реалізації цієї продукції в торговій мережі і на підприємствах громадського харчування строго обмежені (табл.7).
Відносно стійкіші в зберіганні напівкопчені і особливо копчені ковбаси, що відрізняються малим вмістом води, підвищеним вмістом солі і значною обробкою антисептичними речовинами диму (при копченні).
Таблиця 7
| Назва продукту | Сроки зберігання та реалізації при температурі 4 - 8 °С |
| Ковбаси варені:вищого сорту1-го і 2-го сортів | 7248 |
| Ковбаси ліверні, кров'яні, зельці:1-го і 2-го сортів3-го сорту | 4812 |
| Сосиски і сардельки | 48 |
Види псування ковбасних виробів в основному схожі з псуванням м'яса. Частіше це прокисання, ослизніння, пліснявіння, згірклість, пігментація.
Прокисання у варених і ліверних ковбасах викликають зброджуючі вуглеводи, що вводяться у фарш у вигляді муки і інших рослинних добавок, молочнокислі бактерії, а також Clostridiun perfringens.
Те, що ослизнуло оболонок зазвичай обумовлене зростанням неспороносних паличкоподібних бактерій і мікрококів.
Пліснявіння ковбас з'являється під час зберігання їх при підвищеній вологості повітря. Цвіль розвивається на оболонці ковбас, а при нещільному набиванні можуть знаходитися і усередині батона. Пліснявіють переважно копчені ковбаси. Для запобігання розвитку цвілі рекомендується обробка батонів сорбатом калія.
Згірклість ковбас обумовлюється розкладанням жиру мікробами. Окислення продуктів гідролізу жиру супроводжується утворенням альдегідів, кетону. Ковбаси набувають згірклого смаку, неприємного запаху, жир жовтіє. Збудниками частіше є бактерії роду Pseudomonas.
Пігментація - поява на оболонках варених і напівкопчених ковбас нальотів різного забарвлення за рахунок розвитку пігментних бактерій. На оболонках копчених ковбас нерідко розвиваються кокові форми бактерій і дріжджі, утворюючи сіро-білий сухий наліт у вигляді інею.
Яйця є хорошим живильним субстратом для мікроорганізмів. Проте вміст яйця (білок і жовток) захищений від їх проникнення шкаралупою і підшкарлупними оболонками. Свіжознесене здоровим птахом яйце, як правило, не містить мікробів або містить їх дуже мало.
Стерильність яйця може якийсь час зберігатися, оскільки воно володіє природним імунітетом. Значну роль в імунітеті грають бактерицидні речовини, що містяться в яйці (лизоним, овидин і ін.). При зберіганні яйце старіє і тим швидше, чим вище температура зберігання. Імунітет його знижується і створюються умови для проникнення і розмноження в ньому мікроорганізмів. Одні мікроби механічно проникають через пори шкаралупи; інші, особливо цвіль, проростають через шкаралупу. Зволоження її сприяє проростанню спор цвілі. Гіфи гриба, пронизуючи шкаралупу і подскорлупную оболонку яйця, сприяють проникненню бактерій.
Мікрофлора, яєць буває головним чином екзогенного (після кладки), походження у зв'язку із забрудненням шкаралупи ззовні. Проте може бути і ендогенного (прижиттєвого) походження (у хворих птахів збудники хвороби потрапляють в яйце при його формуванні в яєчнику і яйцепроводі).
На 1 см2 поверхні свіжих чистих яєць знаходяться десятки і сотні бактерій, а на забрудненій скорлупі - сотні тисяч і навіть мільйони кліток.
Бактерійна флора поверхні яєць різноманітна. У ній є бактерії кишечника птахів, з повітря, грунту і ін. Це переважно бактерії групи кишкової палички, протей, спорові бактерії (Bacillum subtilis та інші), різні види Pseudomonas, мікрококи, спори цвілі. Можуть зустрічатися і патогенні мікроорганізми (сальмонели, стафілококи). Відомі випадки отруєння при вживанні яєць і виробів з яєчних продуктів.
Мікроорганізми, що потрапили в яйце, розвиваються зазвичай біля місця проникнення; скупчення, що утворюються, їх (колонії) помітні при овоскопії (просвічуванні) у вигляді плям. Подальше розмноження веде до різних змін білків і ліпідів яйця, до його псування.