Начинается повесть описанием быта бурсы. "Грамматики, риторы, философы и богословы, с тетрадями под мышкой" брели в класс. Грамматики были еще очень малы; идя, толкали друг друга и бранились между собою самым тоненьким дискантом; они были все почти в изодранных или запачканных платьях, и карманы их вечно были наполнены всякою дрянью, как то: бабками, свистелками, сделанными из перышек, недоеденным пирогом, а иногда даже и маленькими воробьенками...
Риторы шли солиднее: платья у них были частично совершенно целы, но зато на лице всегда почти бывало какое-нибудь украшение в виде риторического тропа: или один глаз уходил под самый лоб, или вместо губы целый пузырь, или какая-нибудь другая примета; эти говорили и божились между собою тенором. Философы целою октавою брали ниже; в карманах их, кроме крепких табачных корешков, ничего не было. Запасов они не делали никаких, и все, что попадалось, съедали тогда же; от них слышалась трубка и горелка иногда так далеко, что проходивший мимо ремесленник долго еще, остановившись, нюхал, как гончая собака, воздух". На рынке философов и богословов боятся задевать, потому что "философы и богословы всегда любили брать только на пробу и притом целою горстью". "Весь этот ученый народ, как семинария, так и бурса, которые питали какую-то наследственную неприязнь между собою, был чрезвычайно беден на средства к прокормлению и притом необыкновенно прожорлив... и потому доброхотные пожертвования зажиточных владельцев не могли быть достаточны.
Тогда сенат, состоящий из богословов и философов, отправлял грамматиков и риторов под предводительством одного философа, а иногда присоединялся и сам, с мешками на плечах опустошать чужие огороды. И в бурсе появлялась каша из тыкв. Сенаторы столько объедались арбузов и дынь, что на другой день авдиторы слышали от них вместо одного два урока: один происходил из уст. другой ворчат в сенаторском желудке..." В июне в киевской бурсе начинаются каникулы, и бурсаки расходятся пешком по домам. Они идут по дороге, по очереди сворачивая с нее, чтобы перед домами селян петь канты и получать за это что-нибудь из еды. Среди прочих сворачивают вместе в сторону богослов Халява, философ Хома Брут и ритор Тиберий Горобецъ. "Богослов был рослый, плечистый мужчина и имел чрезвычайно странный нрав: все, что ни лежало, бывало, возле него, он непременно украдет. В другом случае характер его был чрезвычайно мрачен, и когда напивался он пьян, то прятался в бурьяне, и семинарии стоило большого труда его сыскать там". "Философ Хома Брут был нрава веселого. Любил очень лежать и курить люльку. Если же пил, то непременно нанимал музыкантов и отплясывал.трепака. Он часто пробовал крупного гороху (наказание), но совершенно с философическим равнодушием, говоря, что чему быть, того не миновать".
"Ритор Тиберий Горобець еще не имел права носить усов, пить горелки и курить люльки. Он носил только оселедец, и потому характер его в то время еще мало развился; но, судя по большим шишкам на лбу, с которыми он часто являлся в класс, можно было предположить, что из него будет хороший воин. Богослов Халява и философ Хома часто дирали его за чуб в знак своего покровительства и употребляли в качестве депутата". Трое бурсаков направляются на хутор, чтобы переночевать и раздобыть продуктов. Ночь темная, бурсаки сбиваются с пути, набредают на небольшой хуторок, стучатся в хату. Дверь им отворяет несговорчивая старуха, которая ни за что не хочет пустить их переночевать, потому что у нее много постояльцев.
Наконец, поддавшись на настойчивые уговоры молодых людей, старуха пропускает всех троих во двор, но отказывается накормить юношей и настаивает, чтобы все они легли спать в разных местах. Хоме Бруту достается место в пустом овечьем хлеву. Вдруг дверь открывается, и входит старуха с распростертыми объятьями. Старуха вскакивает на Хому верхом, и он скачет вперед. Оглядываясь по сторонам, Хома замечает русалку в ручье, понимает, что попал в руки нечистой силы, принимается читать молитвы. Затем, изловчившись, сам вскакивает верхом на старуху, хватает с дороги полено и начинает бить им ведьму. Та кричит, голос ее постепенно становится все чище и приятнее. Наконец она падает, едва живая, на землю, и Хома видит перед собой не дряхлую старуху, а молодую красавицу. Хома бросается бежать без оглядки, возвращается вместо каникул в Киев. Распространяется слух, что дочь одного богатого ситника (который живет верстах в пятидесяти от Киева) вернулась однажды с прогулки избитая и находится при смерти. Неожиданностью для всех становится её последняя воля: она требует, чтобы после ее кончины три ночи читал над ней молитвы киевский бурсак Хома Брут.
Ректор категорически не принимает отказ Хомы отправиться в путь, дает ему наставление не уронить престижа бурсы. За Хомой от сотника присылают экипаж. По пути сопровождающие напиваются, и Хома просит их отпустить его. Те уже совсем было соглашаются, только случайность заставляет их задержать бурсака (один из подвыпивших желает расспросить Хому о бурсе и сам собирается пойти туда поучиться). На другое утро по приезде Хомы в дом сотника выясняется, что ночью панночка умерла. Сотник зовет Хому к себе, спрашивает, откуда его дочь могла знать бурсака. Оба они не находят ответа на этот вопрос, и сотник заявляет, что Хома, что бы ни случилось, отчитает над покойницей три ночи, а иначе он будет иметь дело с самим сотником. Они идут в церковь, где стоит гроб, и Хома узнает в усопшей ту девушку, которая, обернувшись старухой, скакала на нем верхом, которую он смертельно избил поленом. Хома отправляется на кухню обедать. Там сидят дворовые люди сотника и наперебой обсуждают то, что покойная панночка была ведьмой (есть несколько свидетелей). Панночка скакала верхом на влюбленном в нее псаре Миките, который потом сгорел сам собой, извела, искусав насмерть и выпив кровь, жену и ребенка казака Шептуна и пр.
Хома идет "работать", думая, что уж как-нибудь отчитает, а сотник за это набьет ему карманы червонцами. В первую ночь Хома лепит повсюду в церкви свечи так, что все помещение озаряется яркими огнями. Хома начинает читать и все время оглядывается на гроб, ожидая, что мертвая встанет из недр. Ведьма действительно поднимается, идет по церкви, ищет его. Хома тараторит молитвы, очерчивает себя кругом, за пределы которого, как известно, нечистая сила проникнуть не может. Панночка ложится обратно в гроб, а гроб начинает летать по церкви. Хома все громче читает молитвы, и гроб никак не может проникнуть внутрь круга. Ведьма пытается вновь подняться, но тут слышится крик петуха. Гроб захлопывается. Днем люди обсуждают, правда ли панночка была ведьмой. Дорош утверждает, что ведьму никак нельзя узнать, отличить, "хоть все псалтыри перечитай".
Пожилой седой казак добавляет: "Когда стара баба, то и ведьма". Днем Хома тщательно продумывает, как ему отработать вторую ночь и остаться в живых. Он действует прежними методами. Труп стоит перед ним, но зайти внутрь круга не может. Ведьма начинает творить заклинания. Слышится скрежет когтей по стеклу и биение крыльев о стены и окна: это полчища нечистой силы пытаются ворваться в церковь. Поет петух, и все исчезает. Хома еле жив, он весь поседел. Он умоляет сотника отпустить его, но тот непреклонен, Хома предпринимает попытку бегства, но его ловят. Хома напивается, пускается в пляс, не дождавшись музыкантов, пристает к какой-то молодке, потом засыпает. Будят его уже на закате. Ночь страшная; вдали воют волки какими-то "неволчьими голосами". Хома начинает читать. От страха он читает, как попало, и порой совсем не то, что написано в книге. Гроб открывается, двери срываются с петель, множество чудовищ врывается в церковь. Ведьма приказывает привести Вия, который сможет разглядеть, где находится Хома.
"И вдруг настала тишина в церкви; послышалось, вдали волчье завыванье, и скоро раздались тяжелые шаги по церкви; взглянув искоса, увидел он, что ведут какого-то приземистого, дюжего, косолапого человека. Весь был он в черной земле. Как жилистые, крепкие корни, выдавались его засыпанные землею ноги и руки. Тяжело ступал он, поминутно оступаясь. Длинные веки опущены были до самой земли. С ужасом заметил, Хома, что лицо было на нем железное. Его привели под руки и прямо поставили к тому месту, где стоял Хома. Подымите мне веки: не вижу! сказал подземным голосом Вий, и все сонмище кинулось подымать ему веки". Хома чувствует, что на Вия нельзя смотреть, но, не удержавшись, бросает на него взгляд. Вий тут же обнаруживает Хому, все чудовища бросаются на юношу, "и тут же вылетел из него дух от страха". Раздается крик петуха, но Хома уже мертв, чудовища не успевают вылететь из церкви, так и остаются навеки висеть в дверных и оконных проемах. Дорога к церкви зарастает, место считается проклятым. Когда до Киева доходят слухи об участи Хомы, богослов Халява "предавался целый час раздумью". Разговаривая с Тиберием Горобцом, он излагает мнение, что "так ему бог дал" и предлагает пойти в шинок помянуть Хому. "Молодой философ, который с жаром энтузиаста начал пользоваться своими правами, так что на нем и шаровары, и сюртук, и даже шапка отзывались спиртом и табачными корешками, в ту же минуту изъявил готовность". Халява, который теперь стал звонарем, говорит, что Хома пропал ни за что. Горобець отвечает: "А я знаю, почему пропал он, оттого, что побоялся. А если бы не боялся, то бы ведьма ничего не могла с ним сделать. Нужно только, перекрестившись, плюнуть на самый хвост ей, и ничего не будет. Я знаю уже все это. Ведь у пас в Киеве все бабы, которые сидят на базаре, все ведьмы". Философ соглашается и, так как уже порядком напился, отправляется спать в бурьян, предварительно стащив старую подошву от сапога, валявшуюся на лавке.