Известный историк начала XX в. Н.П. Лихачев опроверг эту версию, заявив, что Иван III никакого византийского герба позаимствовать не мог, поскольку в Византии, как и в Римской империи, существовали только личные печати император. Ни общегосударственной печати, ни тем более герба с орлом Византия не имела.
Западноевропейские монархи, современники Ивана III, считали себя прямыми потомками римских императоров. В связи с этим и стал символ императорской власти – двуглавый орел. Он отличался от символа королевской власти тем, что изображался в виде одноглавого орла.
Таким образом, появление на печати двуглавого орла можно объяснить желанием московского князя показать равенство с западными странами, особенно с императорами Священной Римской империи.
Какова же история происхождения и распространения двуглавого орла? Это один из древнейших символов и происходит он из стран Древнего Востока. Его первое изображение относится еще к VI в. до н.э. В XI в. двуглавый орел стал элементом восточного орнамента. В XIV в. он встречается на медных монетах золотоордынского хана Джанибека, но государственным гербом еще не становится. С XII в. изображение двуглавого орла распространяется и по Европе. Он становится королевским гербом императоров Германии и Священной Римской империи. Как эмблема двуглавый орёл носил не только светский, но и религиозный характер. В Византии двуглавый орёл был отличительным признаком принадлежности к императорскому двору, и одежда с его изображением свидетельствовала о высшем положении в государстве. Однако гербом в Византии он так и не стал и на императорских печатях никогда не использовался.
В царствование Ивана IV Грозного (1533— 1584) Россия покорила Казанское и Астраханское ханства, присоединила Сибирь. Рост могущества русского государства отразился и на его гербе. В 1560-е гг. царь провёл реформу печати. Двуглавый орёл на ней был увенчан одной короной с восьмиконечным православным крестом над ней. На лицевой стороне печати на груди орла был изображён щит с всадником. На другой стороне печати впервые появился орёл с единорогом — личным знаком царя. Единорог являлся символом силы и власти.
Государственный орел Алексея Михайловича (1645-1676) явился образцом для последующих официальных изображений русского гербового орла. У него были полностью раскрытые и высоко поднятые вверх крылья. Это символизировало собой полное утверждение России как сильного и мощного государства. Его головы были увенчаны тремя царскими коронами, на груди помещен щит с московским гербом, в лапах – скипетр и держава. До появления в лапах орла атрибутов монархической власти его когти были разжаты.
Все последующие русские государи также использовали две эмблемы — всадника и орла — для своих печатей. Они же вошли и в государственный герб. В 1667 г. в России создали новую государственную печать. Она знаменита тем, что её официальное описание было включено в Полное собрание законов. Это было первое постановление российского законодательства о форме и значении государственного герба. В специальном указе царя Алексея Михайловича 1667 г. "О титуле царском и о государственной печати" написано, что "орёл двоеглавный есть герб державный великого государя, царя и великого князя Алексея Михайловича"; три короны "знаменуют" три "великие — Казанское, Астраханское, Сибирское — славные царства". Скипетр и яблоко (держава) "являют" государя, самодержца и обладателя.
Видоизменялся государственный герб России и при Петре I (1682—1725). В 1721 г. Сенат после победного окончания Северной войны со Швецией "поднёс" Петру I императорский титул. Это повлекло за собой появление новых символов власти: на печатях и в гербе появляется императорская корона, устанавливаются и государственные гербовые цвета — чёрный орёл на золотом (жёлтом) фоне (такой орёл стал называться императорским). Кроме изменения цвета орла, на его крыльях впервые стали размещать щиты с гербами "Великих княжеств и Царств". На правом крыле были размещены щиты с гербами (сверху вниз) — Киевским, Новгородским, Астраханским, на левом — Владимирским, Казанским, Сибирским.
В январе 1722 г. была создана Герольдмейстерская контора. Возглавлял её выходец из Пьемонта граф Франциск Санти. Главными задачами конторы была работа над государственным гербом, создание гербов русским городам, а также всем обер-офицерам, дворянам, иностранцам.
Тогда же фигуры на государственном гербе становятся цветными, а сам герб выглядит следующим образом: "на красном поле изображён святой Георгий, с золотою короною, обращен он налево, он же одет, вооружён и сидит на коне, который убран своею сбруею с седловою приправою с покрышкою и подтянут подпругами, а все то колера серебряного или белого; оной святой Георгий держит копьё в пасти, или во рту, змия чёрного". Эти цвета получил впоследствии герб Москвы. По правилам западноевропейской геральдики живые существа (всадник, зверь) должны быть повёрнуты только в правую (левую для зрителя) геральдическую сторону. Это правило было установлено для того, чтобы всадник или лев, изображённый на щите рыцаря, не казались убегающими от противника.
Таким образом, при Петре I сложился основной комплекс атрибутов герба. После расширения России до Дальнего Востока двуглавый орел стал символом неделимости европейской и азиатской частей страны. Они объединились под одной императорской короной: одна коронованная голова смотрит на запад, другая – на восток.
В дальнейшем, в течение XVIII в., изменения в атрибутику герба не вносились вплоть до правления Павла I.
Император Павел I (1796—1801) попытался по-своему взглянуть на российский герб. Указом от 5 апреля 1797 г. двуглавый орёл становится неотъемлемой частью герба императорской фамилии. Павел I был ещё и магистром Мальтийского ордена. В 1798 г. орёл в окружении местных эмблем изображался на фоне горностаевой мантии, ниспадающей из-под шлема, увенчанного короной. В августе 1799 г. был издан указ императора об изображении двуглавого орла с мальтийским крестом на груди. На верхнем конце этого креста помещалась корона Великого магистра.
При Павле I впервые появляется Большой российский герб.
По замыслу императора он должен был символизировать собой внутреннее единство и могущество России. Но проект так и не был реализован из-за смерти императора.
Александр I (1801—1825), взойдя на престол, отменил мальтийский крест на государственном гербе. И тут же на двуглавом орле отразилось французское влияние. При Александре I на гербе крылья орла были широко раскинуты в стороны, а перья опущены вниз. Одна голова была наклонена больше, чем другая. Вместо традиционных скипетра и державы в лапах орла появились новые атрибуты: перуны или громовые стрелы, факел, лавровый венок (иногда ветвь), дикторский пучок, перевитый лентами. Такие орлы были характерны для первой четверти XIX в. После присоединения к России герцогства Финляндского вид государственного герба снова меняется. На нём появляется новая эмблема — лев на сабле с мечом в правой передней лапе и новой золотой короной с двумя дугами, украшенными жемчугом и двумя государственными орлами, увенчанной "яблоком" (держава) с алмазным крестом.
В правление Николая I (1825—1855) с 1830 г. гербовой орёл стал окончательно изображаться с поднятыми вверх крыльями. Это стало его неотъемлемым признаком вплоть до 1917 г.
В эпоху Александра I и Николая I двуглавый орёл изображался в стиле ампир, который господствовал в то время в искусстве.
В 1832 г. был утверждён герб с пятью царскими (казанской, астраханской, сибирской, польской, Херсониса Таврического) и одной великокняжеской (финляндской) коронами над гербами на крыльях орла. В конце правления Николая I была задумана новая реформа гербов, но при нём она так и не была проведена.
Своеобразную "геральдическую реформу" провёл Александр II (1855—1881). Он дал поручение создать новый рисунок герба и три вида соответствующих ему государственных печатей (большой, средней и малой).
Специально для работы над гербами в Департаменте герольдии Сената было создано Гербовое отделение. Его руководителем стал выходец из Берлина барон Б. Кёне. Он предложил целую систему российских государственных гербов, ориентируясь в их создании на общепризнанные в европейской монархической геральдике нормы и правила.
Перед Кёне стояла сложная задача найти в геральдической форме отражение всем титулам императора Александра II, которых у него было немало: "Божиею споспешествующею милостию мы, Александр II, император и самодержец всероссийский, московский, киевский, владимирский, новгородский, царь казанский, царь астраханский, царь польский, царь Херсониса Таврического, царь грузинский, государь псковский и великий князь смоленский, литовский, волынский, подольский и финляндский, князь эстляндский, лифляндский, курляндский и семигальский, самогитский, белостокский, корельский, тверский, югорский, пермский, вятский, государь и великий князь Новагорода Низовские земли, черниговский, рязанский, полотский, ростовский, ярославский, белозерский, удорский, обдорский, кондийский, витебский, Мстиславский и всея Северныя страны повелитель, и государь Иверския, Карталинския и Кабардинския земли и области Арменския, черкасских и горских князей и иных наследный государь и обладатель, наследник норвежский, герцог шлезвиг-голстинский, сторманский, дитмарсенский и ольденбургекий и проч. и проч.". Все эти 50 территорий должны были отражаться в государственном гербе.
Управляющий гербовым отделением Департамента герольдии Кёне взял за образец государственную печать Ивана IV Грозного. Вокруг центральной эмблемы он расположил областные. Неизменным в центре остался двуглавый орёл с тремя коронами — одной большой императорской и двумя маленькими. На груди орла по-прежнему находился всадник, поражающий дракона, только повёрнут он был в другую сторону — левую от зрителя. Теперь всадник считался "символом православной державы победоносной над злом". Двуглавый орёл был изображён на геральдическом щите, который держали архангелы Михаил и Гавриил. Одновременно с большим государственным гербом были созданы новые средний и малый государственные гербы.