Пещерный монастырь св. Климента возник в VIII-IX веках рядом с византийской крепостью (позже принадлежала княжеству Феодоро, известна под названием Каламита).
После захвата в 1475 году крепости Каламита турками, монастырь постепенно пришел в упадок. Крепость была переименована в Инкерман, что и дало название возникшему здесь городу. С 1783 года город принадлежал России.
В 1850 году монастырь был возрождён и получил современное двойное наименование — по имени города и в честь св. Климента.
В 1867 году был перепланирован и заново открыт пещерный храм св. Мартина исповедника. В 1895 в память о спасении царской семьи в железнодорожной катастрофе был построен храм во имя великомученика Пантелеимона. В 1905 году в память о Крымской войне на верхнем плато была построена церковь во имя святого Николая Мирликийского (по проекту архитектора Г. П. Долина).
C 1924 года храмы монастыря стали постепенно закрывать. В 1927 году землетрясение сильно повредило Благовещенскую и Николаевские церкви, было принято решение их разобрать (закрытая в 1926 году церковь святого Николая на верхнем плато была полностью уничтожена в 1932 году[1]). В 1928 году был закрыт храм иконы «Всех скорбящих Радосте».
В 1931 году в пещерных храмах прекратились богослужения, монастырь был окончательно закрыт, его имущество передано Севастопольскому музейному объединению. После закрытия монастыря в нём остались жить его настоятель Венедикт, отец Прокопий и два 85-летних старца.
Во время Великой Отечественной войны в пещерах монастыря размещался штаб 25-ой Чапаевской дивизии Приморской армии. В июне 1942 года солдаты этой дивизии на Инкерманских высотах сдерживали врага, рвавшегося к Севастополю.
С 1991 года началось постепенное возрождение монастыря, были восстановлены храмы и келейные корпуса.
Икерманский монастырь. Дореволюционная фотография. На заднем плане — ныне не существующий храм св. Николая Мирликийского (арх. Г. П. Долин, 1905)
Они не имели специальных оборонительных сооружений. В пещерах располагались монашеские кельи, храмы, ризницы, усыпальницы и другие культовые и хозяйственные помещения.
Интересна история пещерных монастырей. Появляются они в конце VII — начале IX в. Возникновение их связывают с иконоборческим движением в Византии. Это движение по существу являлось внешним проявлением внутриполитической борьбы между светской властью Византии и монастырями, сосредоточившими в своих руках огромные земельные владения. Начало иконоборчеству положил византийский император Лев III Исавр, издавший в 726 г. эклогу против почитания икон. Новый император Константин V созвал церковный собор, который осудил иконопочитание как идолопоклонство. При этом преследовались совсем не религиозные цели — иконоборчество было лишь предлогом. Императоры стремились сломить экономическое могущество церкви. Крупные монастыри ликвидировались, их имущество и земли переходили в собственность государства, здания превращались в казармы, монахов силой заставляли вступать в брак или отправляли в армию. Они бежали в отдаленные области империи и за ее пределы. Массы беглых монахов стекались в Крым. Они и основали в долинах рек, в обрывистых скалах монастыри.