В крае получило развитие рыбоводство в естественных водоемах и прудовое рыбоводство. В настоящее время перспективными направлениями развития рыбоводства являются прудовое рыбоводство в сочетании с пастбищной аквакультурой.
В 2008 году улов рыбы в рыбоводческих хозяйствах составил 245 тонн. Крупными рыбоводческими хозяйствами являются ОАО «Маяк» Павловского района и МУП «Бирюкса» Алтайского района. В 2008 году ОАО «Маяк» получило статус племенного репродуктора по алтайскому зеркальному карпу. В целях получения высоких результатов в прудовом рыбоводстве проводится необходимая работа по выращиванию качественного рыбопосадочного материала всех видов рыб.
Звероводство. Базовым предприятием по разведению пушных зверей является ООО «ПЗК «Магистральный» Тальменского района. На 1 января 2009 года в этом хозяйстве содержалось более 7000 голов зверей, в том числе 6700 — норки и более 600 -соболя. Предприятием ведётся работа по восстановлению утраченного поголовья пушных зверей, приобретается племенной молодняк. В 2008 году предприятием реализовано около 30 тысяч штук шкурок. Хозяйство имеет статус племенного репродуктора.
Ключевым условием последовательного развития животноводства стала четко выстроенная система племенного животноводства и государственной поддержки отрасли со стороны федерального и краевого бюджетов. Алтайский край обладает уникальным потенциалом для развития племенного животноводства – достаточное количество кормовых площадей, накопленный генетический и научный потенциал, квалифицированные трудовые ресурсы позволяют последовательно совершенствовать племенную работу, увеличивать производство основной животноводческой продукции.
Племенное животноводство Алтайского края представлено 52 хозяйствами по разведению крупного рогатого скота, свиней, овец, лошадей, зверей, рыб и пчёл, в том числе 40 племенными заводом и репродуктором, внесенными в Государственный племенной регистр и 12 хозяйствами, находящимися в стадии оформления документов на получение племенного статуса. В крае созданы племенные хозяйства по молочному и мясному скотоводству, свиноводству, коневодству, овцеводству, рыбоводству, звероводству.
В молочном скотоводстве племенное поголовье представлено чёрно-пёстрой и красно-пестрой, красной степной, симментальской породами скота. Общее племенное маточное поголовье молочного скота с 2005 по 2008 годы увеличилось на 5,6 тыс. голов и составило 17,5 тыс. коров. В течение последних трех лет выведены и включены в Государственный реестр селекционных достижений два новых типа молочного скота: кулундинский и приобский. В Алтайском крае основное поголовье мясного скота представлено двумя мясными породами – герефордской и казахской белоголовой.
В свиноводстве в крае стабильно работают 7 племенных свиноводческих хозяйств. Для расширения генетического потенциала стада крупной белой породы организована поставка племенных ресурсов из Краснодарского края. С этой же целью в разведении специализированной мясной породы ландрас используются свиньи канадской и датской селекции.
На Алтае создана уникальная тонкорунная порода овец с высоким генетическим потенциалом «кулундинская». За эти годы получены рекордные показатели в России по выходу ягнят и настригу шерсти.
Племенное коневодство в крае представлено 4 конными заводами и 3 племрепродукторами. В хозяйствах края разводятся лошади орловской, русской и американской рысистых, советской и русской тяжеловозных, чистокровной верховой пород, а также выведенная в хозяйствах Алтайского края и Республики Алтай новоалтайская порода продуктивных табунных лошадей.
Ведущими и значимыми племенными предприятиями Алтайского края являются предприятия, акции которых закреплены в федеральной собственности: в молочном скотоводстве: ОАО»ПР «Бурлинский», ОАО «ПР «Тимирязевский», ОАО»ПР «Чистюньский», ОАО «ПР «Сростинский»; в мясном скотоводстве — ОАО племенной завод «Чарышский» (базовое предприятие по разведению герефордского скота); в племенном свиноводстве – ОАО «ПР Чистюньский»; в племенном овцеводстве — племенной завод ОАО «Степное»; в племенном коневодстве — ОАО «Новый путь». В этих хозяйствах сконцентрировано наиболее продуктивное поголовье, сформирована мощная производственная база.
В общем объёме реализации племенных тёлок в крае доля этих хозяйств по итогам 2008 года составила более 15%. Генетический потенциал реализованного молодняка молочных пород составил 6200 кг молока на корову, что на 32 – 37% больше, чем по отрасли. Данные предприятия являются базовыми в реализации научных разработок селекционных достижений в сельскохозяйственном производстве Алтайского края и других регионов Западной Сибири. Созданный генетический потенциал молочного скота в Алтайском крае позволяет без увеличения численности молочных коров повысить производство молока в 1,3–1,5 раза.
В последние годы, в связи с реализацией приоритетного национального проекта «Развитие АПК» и Госпрограммы существенно возрос спрос на племенной скот. Хозяйствами–участниками Госпрограммы в 2008 году приобретено 3626 голов племенного крупного рогатого скота. Всего хозяйствами в 2008 году приобретено 4077 голов племенного молодняка КРС, (в том числе 1181 голова из Австрии и Казахстана), 507 голов свиней, 1924 головы овец, 191 голов лошадей и 35 маралов.
Всего за последние три года в товарные хозяйства края поставлено более 14 тысяч голов племенного молодняка КРС, в том числе более 2.4 тысячи голов по импорту из Австрии, Германии и Казахстана.
Наполнение строящихся животноводческих помещений скотом с высоким потенциалом продуктивности для их последующей эффективной работы и быстрой окупаемости является острой необходимостью. Несмотря на существенный рост объема продаж племенного молодняка, характерный для последних лет, актуальной задачей является дальнейшее ускоренное развитие племенных предприятий и наращивание объемов реализации племенного скота, повышения продуктивности дойного стада.
За 2006-2008 годы по строительству, реконструкции и модернизации животноводческих комплексов и ферм участвовало 88 хозяйств. Было построено и реконструировано животноводческих помещений на 58 тысяч скотомест для КРС, в том числе возведено шесть современных мегаферм с оборудованием ведущих мировых производителей.
На строительство, реконструкцию и модернизацию животноводческих комплексов и ферм привлечено около 6,8 млрд. рублей кредитных ресурсов, в том числе более 2.5 млрд. рублей – на молочное скотоводство. Запущены в работу крупные молочные комплексы ООО «Западное» Ключевского района (1-я очередь на 1200 коров), ООО «Заря» Благовещенского района (800 коров), ООО «Победа» Завьяловского района (400 коров), СПК «Бурановский» Павловского района (800 коров), ООО «Сибирские бычки» Павловского района (600 коров), ООО «Чарышское» Курьинского района (1600 коров).
До 2012 года планируется строительство ещё целого ряда объектов в молочном и мясном скотоводстве, свиноводстве, птицеводстве. Ежегодно предполагается вводить не менее двух современных животноводческих комплексов и до 10 ферм с поголовьем коров от 3 до 5 тысяч голов