Ведущее место в объединенной академии занял командный факультет, предназначенный для подготовки руководящих кадров для всех родов сил Военно-Морского Флота. Подготовка руководящих и исследовательских инженерных кадров с высшим военным образованием для флота стала осуществляться на трех инженерных факультетах: вооружения, кораблестроения и радиоэлектроники.
Научно-технический прогресс в военном деле и коренные изменения в составе флота, во взглядах на его задачи, развитие и боевое применение, оснащение его современным оружием и техническими средствами потребовали серьезной перестройки учебно-воспитательной и научно-исследовательской деятельности академии.
В Военно-морской академии им. Н.Г.Кузнецова сложился ряд самостоятельных научных школ, включающих крупные коллективы ученых. Важное значение приобрело научное прогнозирование на основе системного подхода. В исследованиях широкое применение нашли методы теории вероятности, теории игр, теории информации, теории массового обслуживания, линейного и динамического программирования, математического моделирования, а также комплексная автоматизация решения оперативно-тактических, инженерно-технических задач и задач управления на основе использования электронно-вычислительной техники.
За 16лет в Военно-морской академии им. Н.Г.Кузнецова проведено более 1000 защит докторских и кандидатских диссертаций. Ведущие ученые академии принимают активное участие в работе Высшей аттестационной комиссии РФ, являются членами ученых, научно-технических и координационных советов многих научно-исследовательских учреждений и учебных заведений Министерства обороны и других министерств и ведомств. Одной из форм творческих связей, которые академия развивает с другими организациями, являются постоянно действующие при ней научные семинары, руководимые учеными академии и охватывающие специалистов различных министерств и ведомств. Ученые академии принимают активное участие в работе общероссийских и международных научных съездов, конференций и симпозиумов. В последние десятилетия их тесная связь с НИИ и КБ, занятыми разработкой новых образцов вооружения и военной техники, не прерывается.
Таким образом, за все время своего существования Военно-морская академия подготовила большое число известных флотоводцев и ученых, открывателей новых земель, исследователей океанов и морей, изобретателей и создателей оружия и технических средств флота, строителей надводного и подводного флота. Здесь получили развитие различные отрасли и направления военно-морской теории, мореведческих и других наук, связанных с созданием и развитием флота. В стенах академии трудилось 43члена Академии наук, более 300докторов наук и профессоров, тысячи опытных педагогов и воспитателей, 153выпускника академии стали Героями Советского Союза (пятеро удостоены этого звания дважды), семеро стали Героями Социалистического Труда.
Подытоживая сказанное, можно утверждать, что ученые академии всегда участвовали и оказывали непосредственное влияние на создание и развитие отечественного флота, его оружия и боевой техники. Многие научные решения нашли применение не только на флоте, но и в других областях военного строительства и народного хозяйства. Вне всякого сомнения, результаты научных исследований Военно-морской академии составляют значительную часть военно-научного потенциала Военно-Морского Флота и в целом - оборонного потенциала страны.