В ходе крестьянской войны можно выделить 3 этапа:
1 этап – с 17 сентября 1773 года
2 этап – с апреля по июль 1774 года
3 этап – с 31 июля 1774 года
- Первый этап начался 17 сентября 1773 года с речи Пугачёва перед казаками. Уже на следующий день численность его сторонников удвоилась. В течение трёх недель в отряд Пугачёва вливались всё новые силы, а сам он покорял почти без боя одну крепость за другой.
- 5 октября Пугачёв подошёл к Оренбургу и осадил его. Численность восставших, участвовавших в осаде, составляла около 30 тысяч человек. В их числе были башкиры, во главе с Салаватом Юлаевым и горно-заводские рабочие уральских заводов.
- Осада Оренбурга длилась 6 месяцев, но успехов восставшим не принесла. Тем временем против них были собраны большие правительственные силы , во главе которых стоял генерал Бибиков. Сражение между царской армией и восставшими произошло 22 марта 1774 года под Татищевой крепостью.
- Второй этап войны длился с апреля по июль 1774 года. Пугачёв снял осаду с Оренбурга и отошел на восток (на территорию Башкирии и Южного Урала). Здесь поредевшую армию восставших пополнили работные люди уральских заводов. Вскоре численность повстанцев составляла уже 10 тысяч человек, а после присоединения удмуртов, марийцев и чувашей она выросла до 20 тысяч.
- Вскоре Пугачёв повел свои войска на Казань. В июле 1774 года он сумел взять окраины города. Но кремль с засевшими там остатками царского гарнизона занять так и не удалось – на помощь осаждённым пришли царские войска во главе с Михельсоном.
- Этот этап был самым массовым по составу участников. Это был «крестьянский» этап. Стремясь привлечь крестьян на свою сторону, Пугачёв 31 июля 1774 года издал манифест, в котором освобождал их от крепостной зависимости и налогов. Крестьянские восстания заполыхали не только в местах действий армии Пугачёва, но и на правобережье Волги.
Для пополнения своего войска он устремился на юг. Пугачёв подошёл к Царицыну, но овладеть им не смог и был разгромлен. Переправившись на другой берег Волги с небольшим отрядом, Пугачёв был 12 сентября 1774 года был схвачен ми выдан Михельсону казачьёй верхушкой. Однако несмотря на поражение Пугачёва, крестьянские выступления окончательно удалось подавить только через год.