Тісні союзницькі відносини зі СРСР усе більше утягували Чехословаччину в сферу радянського впливу, ставили зовнішню політику країни в залежність від радянської. Співробітництво Бенеша з комуністами вело до зміцнення їхніх позицій і впливу. Звільнення, що почалося, Словаччини і Чеських земель Червоною Армією в ще більшому ступені сприяло цим тенденціям.
Визначений натиск радянської сторони Бенеш відчув уже на рубежі 1944-1945 р., зокрема, по питанню визнання польського тимчасового уряду. Спочатку він збирався зв'язати це питання з рішенням спірних проблем чехословацько-польських взаємин, домогтися радянської підтримки в питанні про приналежність Тешинской Сілезії. Однак що представляв НКИД В. Зорін настійно рекомендував не зв'язувати питання про визнання польського уряду з дозволом спірних питань, а у відношенні проблеми Тешина заявив, що ця справа безпосередніх чехословацько-польських переговорів. Бенеш був змушений визнати польський уряд без яких-небудь попередніх умов.
Тісне зовнішньополітичне співробітництво з радянською стороною в якомусь ступені порозумівалося бажанням Э. Бенеша заручатися підтримкою СРСР у питанні про післявоєнне виселення німців і угорців з території Чехословачини. У ході підготовки угоди про перемир'я з Угорщиною в січні 1945 р. чехословацький уряд порушив питання про те, щоб у документі було зафіксоване положення про виселення угорців і зобов'язання угорської сторони про прийняття переселенців. Однак радянська сторона, підтримавши побажання допустити чехословацького представника в Союзну Контрольну Комісію, питання про переселення угорців вирішила відкласти до висновку мирного договору з Угорщиною.
У зв'язку зі швидким просуванням Червоної Армії в районі Сілезії й у Словаччині Бенеш за пропозицією радянського керівництва прийняв рішення виїхати з Лондона на звільнену територію Чехословачини через Москву, щоб обговорити там з радянським урядом ряд актуальних політичних питань. У столиці СРСР також планувалася зустріч з чехословацькими політичними діячами і делегатами Словацької Національної ради (СНС), обговорення з ними складу нового уряду країни.Коротко, позиція Бенеша по основних питаннях переговорів зводилася до наступного. Він, як і колись, наполягав на домюнхенских границях Чехословачини і заявив про деякі претензії на прикордонну з Німеччиною область. Бенеш вважав за необхідне виселити з країни не менш 2 млн. німців і до 400 тис. угорців. У відношенні Карпатської України їм була висловлена думка, що питання буде вирішений позитивно для Радянського Союзу, але остаточно після обговорення в парламенті; границя між СРСР і Чехословаччиною повинна залишитися границею між Словаччиною і Закарпаттям. Президент ЧСР заявив про бажання націоналізувати підприємства, кинуті німцями й угорцями, деякі з який радянське керівництво схильне було включити в категорію військових трофеїв на звільненій території. Він планував збільшення чехословацької армії, а також просив радянську сторону надати матеріальну підтримку населенню звільненої території і надати кредити. Під час бесід з Молотовим і відвідуванням Усеслов'янського комітету Бенеш підкреслював значення спільнослов'янської політики як гарантії проти нової німецької погрози.
У результаті московських переговорів був створений новий чехословацький уряд на чолі з колишнім послом республіки в СРСР лівим соціал-демократом З. Фирлингером. Сильні позиції в уряді одержали комуністи. К.Готвальд і словацький комуніст В. Широкий зайняли посади заступників голови уряду. Комуністами також були міністри: внутрішніх справ (В. Носек), інформації (В. Копецкий), землеробства (Ю. Дюриш), а також державний секретар у міністерстві закордонних справ В. Клементис. Лівих поглядів дотримували формально безпартійні міністри шкіл і освіти ( З. Неедлы ) і національної оборони ( Л. Воля). 5 квітня 1945 р. у Кошицах ( Словаччина ) була прийнята розроблена в Москві при активній участі комуністів програма уряду: післявоєнна Чехословацька республіка повинна була спиратися на тісний союз зі СРСР, будувати армію і службу безпеки по радянському зразку, націоналізувати ключові галузі промисловості і банки, конституювати Національний фронт чехів і словаків, що включав лише партії й організації, що брали участь у національно-визвольній боротьбі. Кошицкая урядова програма повідомляла про необхідність конфіскації майна німців, угорців (крім антифашистів), зрадників і колабораціоністів; декларувала створення нових органів державного і суспільного керування - національних комітетів. У ній говорилося також, що відносини чехів і словаків будуть будуватися на основі рівноправності, що буде відновлене господарство країни, реформовані утворення і культура проведена земельна реформа.
У цей період Бенеш не відмовлявся і від співробітництва з Заходом, сподіваючись, що з його допомогою йому удасться установити в ЧСР демократичний режим. Особливі надії при цьому Бенеш покладав на США, прагнучи щоб американські війська звільнили як можна велику частину території Чехословачини і першими ввійшли в Прагу. Однак перед США стояла задача завершення війни на Далекому Сході, і вступати в конфронтацію зі СРСР вони не вважали за можливе. Американські війська зупинилися на лінії Карловы-Вары - Пльзень - Ческе Будеевицы, про яку ще раніш була досягнута домовленість між союзниками.
У перші мирні місяці Бенеш у своїй концепції зовнішньої політики Чехословачини враховував географічне положення країни, бажаючи бачити її як міст між Сходом і Заходом, і думав, що співробітництво між СРСР і західними країнами протривати й у післявоєнний період.
Після звільнення Чехословачини президент і уряд переїхали в Прагу. 16 травня, виступаючи на Староместской площі, Бенеш підкреслив, що чехи і словаки починають нове життя, що буде будуватися на нових ідеалах, нових цінностях, вони будуть прагнути створити нове, більш зроблене суспільство, але в дусі національних традицій і на принципах, що проголошував Т.Г. Масарик. Президент розповів про діяльність емігрантського уряду, указав на взаємодію всіх галузей опору як у країні, так і за рубежем - на Заході й у СРСР, - заявивши, що остаточне єднання відбулося в березні 1945 р. у Москві. Потім Бенеш загалом обрисував своє бачення післявоєнного чехословацького суспільства. Безпосередніми задачами він вважав зміцнення державної дисципліни і повернення до нормального демократичного життя політичних партій на основі вільних дискусій, конституції і внутрішніх законів країни. Усе це, на його думку, повинне бути спрямоване на створення нового політичного життя і нового державного устрою. Він пропонував переформувати партійну структуру, скоротивши число політичних партій у порівнянні з довоєнним періодом, переглянути чесько-словацькі відносини (не уточнюючи втім деталі), безкомпромісно виселити німців з Чеських земель і угорців зі Словаччини з метою створення єдиної національної держави чехів і словаків. Президент вважав за необхідне позбутися від наслідків германізації в культурній, економічній і політичній областях. Він висловився за те, щоб додати нові риси економічного і соціального життя, увівши планування в промисловості і сільському господарстві, а також намітивши нові плани розвитку культури, що безжалісно знищувалася протягом шести років нацистського панування. Крім того, Бенеш планував реорганізувати державне керування, підготувати проект створення нової чехословацької армії, з новою структурою, що відповідає обстановці, що змінилася. Усе це, по його думці, повинне бути зафіксоване в новій конституції. На закінчення президент висловив подяку Радянському Союзу, Великобританії, США. Франції й іншим союзним державам за звільнення країни23.Бенеш, з одного боку, проголошував вірність принципам буржуазної демократії, з іншого боку - підкреслював необхідність значних реформ, орієнтації на ідеали "народної демократії" і проведення "слов'янської політики".Ця позиція Бенеша, з одного боку, відповідала його ідеям післявоєнного розвитку, розробленим їм ще в роки війни, і в той же час була і змушеною поступкою комуністам, вплив яких у країні дуже підсилилося. Останні використовували природні симпатії населення країни до СРСР як визволителя від фашизму, пропонували радикальні економічні і соціальні реформи, намагаючись залучити у свої ряди прихильників, критикували союз із Заходом, який призвів до війни до Мюнхена й окупації. Чехословацькі комуністи виступали як захисники "національних інтересів", проголошували демократичний специфічний шлях країни до соціалізму, заявляючи, що мова не йде про сліпе копіювання радянського зразка. На самому початку навіть склалося дуже парадоксальне положення, коли прихильники комуністів по "соціалістичному блоці" - соціал-демократи - з деяких питань займали більш радикальні позиції, і комуністам приходилося їх стримувати. Причому деяким соціал-демократам були властиві досить наївні представлення про напрямок подальших перетворень. Так, міністр промисловості Б. Лаушман думав, що, маючи перед собою радянський приклад, буде не важко організувати керування чехословацькою промисловістю25.