Активні дії військ НКВС і НКДБ проти повстанців почалися з кінця 1945 р., щоб, як казав М.Хрущов, "паралізувати дії бандитів і забезпечити нормальний хід виборчої кампанії". За два з половиною місяці проти боївок націоналістів було проведено майже 16 тисяч операцій. У боях брала участь 52-а армія генерал-полковника К.Коротєєва і 13-а армія генерал-полковника М.Пухова. Армійським гарнізонам допомагали 3593 винищувальні батальйони ("яструбки") загальною чисельністю понад 63 тис. бійців[34] .
В українській зарубіжній історіографії зима 1945-1946 рр. розглядалася як найбільш тяжка. Сотник В.Чав'як ("Чорнота") пізніше згадував: "Ця облавна зима була найстрашнішою. Нас як звіра шукали по слідах. Коли не падав сніг, ми не могли переходити навіть вночі. Голодували, мерзли. Майже не розкладали ватри, бо за нами пильнували літаки*30. Ми спали навіть у тріскучі морози під смереками, вкривалися смерековими гілками.
Керівництву КП(б)У вдалося домогтися згоди Кремля на продовження терміну використання регулярних військ проти УПА. У весняно-літній кампанії 1946 р. органами МВС-МДБ, внутрішніми та прикордонними військами було проведено понад 42 тис. операцій. Крім того, винищувальні батальйони здійснили у 1946 р. майже 17 тис. операцій. Безпосереднім наслідком масованого наступу на УПА стало припинення її бойової діяльності в усьому краї[35], за винятком Карпат і Полісся . У переважній більшості районів повстанці перейшли до підпільної боротьби.
У лютому 1947 р. у зв'язку з підготовкою виборів до Верховної Ради УРСР і місцевих рад М.Хрущов знову домігся розквартирування військових гарнізонів у кожному населеному пункті, щоб прикрити всі виборчі дільниці. З метою паралізації повстансько-підпільного руху за січень-березень цього року сили МВС-МДБ провели понад 12 тис. операцій. На підставі агентурних розробок органи МВС здійснили спецоперації, спрямовані проти керівних центрів і кадрів ОУН. В цей час, за даними МДБ У РСР, у західних областях перебувало у підпіллі 113 керівних працівників проводів і налічувалося 219 підпільних осередків ОУН чисельністю 1558 осіб [36]. За оцінками чекістів, операції і спецоперації початку 1947 р. призвели до того, що в підпіллі ОУН запанувала повна розгубленість. Повідомлялося, що посилилася тенденція добровільної здачі повстанців і підпільників органам радянської влади або перехід їх на територію Польщі[37]. Під час ліквідації заступника референта СБ проводу ОУН Карпатського краю І.Синенка в районі села Нова Гута на Станіславщині було захоплене інформаційне повідомлення "Ромба", датоване березнем 1947 р. "Ромб" повідомляв, що населення дивиться на підпільників як на "засуджених до смерті", співчуває їм, але пов'язувати свою долю з ними не бажає. "Більшість населення, — писав він, — особливо особи старшого віку, бажали б жити в таких умовах, як зараз, але тільки щоб їх ніхто не чіпав і не турбував[38].
Населення бачило, що колосальна військова міць наддержави у кожну хвилину може бути обернута проти повстанців: радянська влада переконувала у цьому під час виборів, беручи у військові кліщі кожний населений пункт[39]. Одночасно воно на собі відчувало весь жах цього тиску. Користуючись відомим "хто не з нами, той проти нас", чекісти пропонували людям повідомляти про всіх підозрілих, а багатьох з них просто вербували у свою інформаторську мережу на правах "секретних сотрудников" (сексотів). Той, хто не погоджувався, одразу потрапляв до категорії "бандпособників" і депортувався разом з сім'єю в Комі АРСР, на Урал та в інші острівці ГУЛАГу.
У повстанців західних областей України були сприятливі чинники для боротьби: підтримка місцевого населення, наявність організації, що існувала з 1929 р. і проявила себе в боях з різноманітними противниками, лісиста і гориста місцевість, в якій вони чудово орієнтувалися. Вони були загартованими в боях, національно свідомими патріотами, вихованими самою дійсністю, що їх оточувала, у відразі до комуністичної доктрини і практики. Тим не менш, сили були надто нерівні, а умови підпільно-партизанської боротьби постійно ускладнювалися. Розуміючи, що основна перевага визвольного руху — у зв'язках з оточуючим населенням, МВС-МДБ звернуло головну увагу на тих, хто змушений був залишатися в селах, на їх близьких та рідних. Чекісти взяли на озброєння гітлерівські методи боротьби з партизанським рухом, щоправда, у м'якшій формі: відповідальність за диверсії та інші операції підпільників покладалася на жителів найближчого села; їх не розстрілювали, як гітлерівці, а депортували[40].
Ситуація, в якій діяли підпільники, добре показана в уже цитованому вище інформаційному повідомленні "Ромба": Сітка сексотів діє акуратно. По території неможливо пройти, щоб після себе не залишити слідів. Про перебування в селі (квартирування) не може бути й мови. Сексоти видресирувані так, як церковні собаки. До кожного приїжджаючого підпільника вони діловито приглядаються з усіх боків. Бункери в селі можуть бути тільки у сексотів, про яких знають органи МДБ. Підпільники, котрі квартирували або квартирують по селах, є агенти більшовицької поліції... Не може знаходитися в селі місце заховування підпільника, про яке б не знали органи МДБ-МВС. Зв'язок між сіткою сексотів і працівниками МДБ-МВС організовано виключно добре .
У лютому 1947 р. було прийняте рішення про те, щоб покласти остаточне придушення підпільно-повстанського руху на органи МДБ УРСР. Загальне керівництво каральними діями в західних областях Сталін поклав на Л.Кагановича, направленого в Україну на посаду першого секретаря ЦК КП(б)У березні 1947 року.
Чекісти зробили ставку на розширення і поглиблення агентурно-інформаційної роботи, проникнення в структури ОУН, знищення керівних центрів і кадрів, посилення каральних санкцій проти "банд-пособників". За цей рік було вивезено на схід 26332 сім'ї понад 77 тис. осіб, тобто утричі більше, ніж за 1944-1946 рр . Проте покінчити з підпільно-повстанським рухом не вдалося. .
У 1948 р. МДБ УРСР, проводячи і військово-чекістські операції, почало активніше використовувати спецгрупи. Нова тактика пов'язувалася з іменем міністра державної безпеки УРСР генерал-лейтенанта М.Ковальчука, який в роки війни очолював одне з фронтових управлінь контррозвідки "Смерш" ("Смерть шпионам") і мав великий досвід боротьби з німецькою агентурою в тилу радянських військ.
1948-й рік приніс із собою різку активізацію повстанського руху[41]. Раніше у ньому брали участь в основному професіонали - випробувані бійці, котрі боролися за ідею і не думали про те, що за всіх умов не зможуть стати переможцями. Тепер до них почали приєднуватися ті, хто бажав раніше, як вказувалося у повідомленні "Ромба", тільки одного: "щоб їх ніхто не чіпав і не турбував". Справа в тім, що влада різко активізувала процес колективізації сільського господарства у західних областях. Протестуючи проти силових заходів, селяни йшли в ліс. Національно-визвольна боротьба стала переплітатися з соціальною.
Упродовж 1948 р. повстанці й підпільники здійснили понад 1440 акцій (за даними самих повстанців). За радянськими даними, в січні-квітні 1948 р. було зафіксовано 505 проявів діяльності ОУН і УПА. Було встановлено пожвавлення антирадянської діяльності на території Київської області, де з'явилися рейдуючі бої УПА.
Між МВС і МДБ існувала конкуренція, яка часом доходила до протистояння на різних щаблях ієрархії обох каральних відомств. Мабуть, тільки цим можна пояснити виняткову відвертість документу, надісланого М.Хрущову 15 лютого 1949 р. із середовища МВС. Мова йде про доповідну записку військового прокурора військ МВС Українського округу Г.Кошарського "Про факти брутального порушення радянської законності в діяльності т.зв. спецгруп МДБ"[42]. Вказуючи на те, що МДБ УРСР та його управління в західних областях "з метою виявлення ворожого українсько-націоналістичного підпілля широко використовують так звані спецгрупи, що діють під виглядом бандитів УПА", Кошарський далі писав: "Як свідчать факти, грубо провокаційна і нерозумна робота ряду спецгруп і допущені їх учасниками свавілля й насильство над місцевим населенням не тільки не полегшують боротьбу з бандитизмом, а, навпаки, ускладнюють її, підривають авторитет радянської законності й незаперечно завдають шкоди справі соціалістичного будівництва у західних областях України"[43]. Кошарський робив висновок, що "дії т.зв. спецгруп МДБ мають яскраво уособлений бандитський, антирадянський характер і, зрозуміло, не можуть бути виправдані ніякими оперативними міркуваннями [44].
Незважаючи на те, що військовий прокурор наводив у своїй записці конкретні вражаючі факти "діяльності" спецгруп серед місцевого населення, його записка не мала жодних наслідків. Обрана М.Ковальчуком тактика застосовувалася все ширше. Кількість чекістських спецгруп під виглядом боївок ОУН і УПА дедалі більше зростала, а здійснювані ними злочини акуратно фіксувалися як операції оунівського підпілля. У доповідній записці від 23 грудня 1949 р. на ім'я Л.Мельникова інспектор ЦК КП(б)У Бережний писав: "Побиття, грабунки і знущання над місцевим населенням з боку представників влади і органів МДБ в Тернопільській області носять масовий характер » .