В самом начале своей министерской карьеры Витте с осторожностью относился к иностранным капиталам и даже высказывал опасения, что «русская предприимчивость», несмотря на таможенное ограничение, «оказывается иногда не в силах одолеть у себя соперничества иностранной предприимчивости». Но именно иностранными предпринимателями была создана мощнейшая в мире нефтяная промышленность. Уже к 1874 г. американский керосин (основной в мире) был полностью вытеснен отечественным керосином, к тому же у Рокфеллера появились серьезнейшие конкуренты, которые отбивали у него огромный рынок сбыта (керосин был важнейшим экспортным товаром в США). К тому же русским инженерам удалось довести уровень технического оснащения отрасли до самой передовой в мире. Также к сотрудничеству были привлечены капиталы Ротшильдов. Нобелям совместно с английскими бизнесменами братьями Самуэлями удалось захватить рынки сбыта и в Восточной Азии.
Всего доля российской нефти в мировой нефтедобыче доходила от 51-39%. В этой отрасли иностранный капитал сыграл исключительную роль, Витте это понимал и прилагал усилия к распространению подобного опыта на другие стороны огромного российского хозяйства.
Министерство финансов возлагало огромные надежды на строительство Великого Сибирского пути, чтобы решить проблему переселения и освоение азиатских окраин Российской империи. Стремясь спрямить направление Транссибирской магистрали, Витте предложил проложить часть дороги через территорию Маньчжурии. Он добился от китайского правительства согласия на строительство Китайско-Восточной дороги, подкупив 72-летнего мандарина Ли-Хунчжана, считавшегося при пекинском дворе реформатором и поклонником новизны. В Маньчжурии появились русские путейские инженеры, следом отряды пограничной стражи. Затем российское правительство вместе с правительствами других держав приняло участие в навязывании Китаю кабальных соглашений, взяло в аренду Ляодунский полуостров, начало строить военно-морскую базу Порт-Артур (1898 год) и коммерческий порт Дальний. В придворных кругах заговорили об установлении протектората над Маньчжурией, толковали об устройстве военного плацдарма в Корее.
Для осуществления экономического проникновения России на рынке Дальнего и Среднего Востока с 1894 по 1897 г. Витте учредил 3 банка: Русско-Китайский, Русско-Корейский и Учетно-ссудный банк Персии.
К 1900 г. влияние министерства финансов достигло невиданных пределов. От главы этого ведомства во многом зависело определение направления не только внутренней, но и внешней политики.
В 1891-1900 гг. Россия совершила гигантский скачок в своем индустриальном развитии. За десятилетие промышленное производство в стране удвоилось. При этом производство средств производства увеличилось втрое. В итоге доля отраслей, производящих средства производства, в общей сумме промышленной продукции поднялась почти до 40%.
Существенные сдвиги произошли и в размещении производительных сил. Важнейшим из них было превращение Южного промышленного района в главный центр горной металлургии. К началу 1900-х гг., здесь действовало 17 крупных металлургических заводов и несколько машиностроительных предприятий.
Следует также отметить, что предприятия, создаваемые в новых отраслях, прежде всего в паровозостроительной, вагоностроительной, сталерельсовой, медепрокатной, цементной, резиновой, являлись предприятиями «новой формации»: на них привносились выработанные к тому времени новейшие организационные формы крупного капиталистического производства.
Российская модель модернизации, предполагала выборочное заимствование и внедрение организационных и технических достижений. Они распространялись лишь на приоритетные для государства отрасли промышленности. Между тем устойчивые темпы промышленного производства обеспечивалась не только за счет казенной опеки крупных промышленных предприятий, но и за счет мелкого производства, толчком к росту которого послужила активизация товарообмена вследствие расширения транспортной сети страны. Наиболее ярко эти процессы прослеживались в текстильной промышленности, центром которой являлся московский регион. Поэтому после кризиса мировой финансовой системы именно легкая промышленность легче всего перенесла последствия этого краха, за счет внутреннего рынка даже показывала рост основных показателей.
Витте удалось наполнить дефицитный бюджет державы за счет изыскания внутренних резервов. В частности был модифицирован промысловый налог. Как и прежде, этот налог состоял из основного и дополнительного. Главная сумма выплачивалась предпринимателями посредством приобретения промысловых свидетельств, причем размер оклада определялся в зависимости от размера предприятия, а не от положения владельца, как это предусматривалось предшествующим законодательством. Дополнительный налог с акционерных предприятий, обязанных публичной отчетностью, разделялся на налог с капитала и процентный сбор с прибыли. Процентный сбор с прибыли взимался лишь в том случае, если она превышала 3% на основной капитал, и устанавливался на началах умеренной прогрессивности. Дополнительный налог с предприятий, не обязанных публичной ответственностью, разделялся на раскладочный и процентный сбор с прибыли. Размер обложения определялся из расчета некой средней прибыли для разного типа предприятий.
Новый промысловый налог увеличил доходы казны, но решающее значение и в покрытии бюджетных дефицитов, и в накоплении средств приобрели все-таки косвенные налоги, резко возросшие при Витте. За двадцать лет с 1880 по 1901 г прямые налоги дали прирост всего в 50 млн. руб. Доход от них увеличился с 172,9 до 220,9 млн. руб. За это же время доход от косвенного обложения возрос на 108% - с 383 до 819,6 млн. руб. Одним из самых эффективных средств получения денег была винная монополия. В области финансов для России начала 20 в. характерен чрезвычайно быстрый рост государственного бюджета. По росписи 1867 г. обыкновенные доходы составляли всего 415 млн. руб. Прошло 30 лет, и они увеличились на 1 млрд. руб. Для накопления второго миллиарда по этой статье государственного бюджета понадобилось 11 лет, а третьего – 5 лет.
При самом активном участии Витте были разработаны и приняты законы об ограничении рабочего времени на предприятиях (2 июня 1897 года), о вознаграждении рабочих, потерявших трудоспособность в результате несчастного случая на производстве (2 июня 1903 году), о введении на фабриках и заводах института фабричных старост (10 июня 1903 года), которые при всей их ограниченности были все же шагом вперед в разработке рабочего законодательства. Таким образом Витте, видимо, рассчитывал установить полный контроль над положением дел в промышленности, начиная от технического состояния предприятий и кончая сферой социальных отношений.
Политика эта встречала упорное сопротивление МВД, пытавшегося, в свою очередь, полностью подчинить себе фабричную инспекцию, расширив ее полицейские функции. В целом его, конечно, никак нельзя заподозрить в особом благоволении к рабочим. Как вспоминал в заметке-некрологе Н. Ланговой, вице-директор департамента торговли и мануфактур, «в деле организации рабочего труда он терпеть не мог «крайностей» но поводу «утрирования» гигиены труда...». Но в то же время он отчетливо осознавал опасность отставания в этой сфере от законодательства передовых стран Запада.
Менее успешной была деятельность Витте в сфере аграрного сектора экономики, хотя полностью возлагать вину за это на него, очевидно, нельзя. При всем своем неприятии дворянских претензий к правительству он приложил немало усилий к обеспечению помещиков средствами для модернизации их имений. Он активизировал деятельность кредитных учреждений по выдаче ссуд землевладельцам и сельским хозяевам. За 1895-1905 годы объем долгосрочных ссуд, выданных ипотечными банками под залог земли, превысил миллиард рублей. К выдаче краткосрочных кредитов помимо Государственного банка были привлечены частные кредитные учреждения. Условиями кредита и строгим контролем над их выполнением Витте пытался форсировать капиталистическую перестройку помещичьих хозяйств. Однако этот процесс в силу сохранения крепостнических пережитков, последствий мирового аграрного кризиса, ряда тяжелых неурожаев и т.д. шел крайне медленно.
В крестьянском вопросе Витте долгое время оставался ярым сторонником консерваторов, полностью разделяя законодательные меры Александра III по сохранению патриархально-попечительных начал в российской деревне. Так, в 1893 году он выступал сторонником указа о сохранении общины и неотчуждаемости надельных земель. Вместе с тем он считал, что положение крестьянства не так уж и тягостно, как это описывалось в литературе. Даже голод 1891 года он склонен был приписать изъянам статистики.
Однако не прошло и пяти лет, как Витте понял, что тяжелое экономическое положение деревни ведет к падению платежеспособности крестьян и что это, в свою очередь, подрывает государственный бюджет и внутренний рынок промышленности. Выход из обострявшегося кризиса он видел в ликвидации правовой обособленности крестьян, их имущественной и гражданской неполноправности. В октябре 1898 года он обращается к Николаю II с запиской, в которой просит царя «завершить освобождение крестьян», сделать из крестьянина «персону», освободить его от давящей опеки местных властей и общины. Проведение реформы сулило, по его расчетам, блестящие перспективы – 3-4 миллиарда рублей ежегодных поступлений бюджетных доходов, что укрепило бы мощь России.