Относительно церковного ведомства, Уложение узаконило, чтобы все дела и иски, возникающие между духовными, а также мирскими людьми, принадлежавшими к церковному ведомству, с одной стороны, и лицами гражданского ведомства, с другой, - судимы были в приказах большого дворца и монастырском. В последний собирались подати и повинности с монастырских имений. Это установление возбуждало недовольство ревнителей старинной независимости церкви.
В 1649 году исполнилось давнее желание торговых людей: английской компании поставили в вину, что купцы ее тайно провозили чужие товары за свои, привозили свои дурные товары и "заговором" возвышали на них цены, а русским за их товары стакивались платить менее, чем следовало. За все это права компании уничтожались, всем англичанам велено было уехать в отечество; приезжать с товарами могли они вперед не иначе, как в Архангельск, и платить за свои товары пошлины. Вдобавок было сказано, что государь прежде позволял им торговать беспошлинно "ради братской дружбы и любви короля Карлуса, но так как англичане всею землею своего короля Карлуса убили до смерти, то за такое злое дело англичанам не довелось быть в Московском государстве".
Удача московского мятежа искушала народ к восстаниям в других местах. Стало укореняться мнение, что царь Алексей Михайлович государствует только по имени, на самом же деле правление находится в руках бояр, особенно Морозова, царского тестя Милославского и их подручников. Несправедливости и обирательства воевод и дьяков усиливали и раздували народную злобу. Переставши верить, что все исходит от царя, считая верховную власть в руках бояр, народ естественно пришел к убеждению, что и народ - такие же подданные, как и бояре - имеет право судить о государственных делах. Такой дух пробудился тогда в двух северных городах: Новгороде и Пскове. Началось во Пскове.
По Столбовскому договору со шведами постановлено было выдавать перебежчиков из обоих государств. К Швеции, как известно, отошли новгородские земли, населенные русскими. Из этих земель многие бежали в русские пределы. Выдавать их казалось зазорным, тем более, когда они говорили, что убегали оттого, что их хотели обратить в лютеранскую веру. Московское правительство договорилось со шведским заплатить за перебежчиков частью деньгами, а частью хлебом. Но в это время был хлебный недород. С целью выдать шведам хлеб по договору, правительство поручило скупку хлеба во Пскове гостю Емельянову. Этот гость увидел возможность воспользоваться данным ему поручением для своей корысти и, под предлогом соблюдения царской выгоды, не позволял покупать хлеба для вывоза из города иначе, как только у него. Хлеб, и без того вздорожавший от неурожая, еще более поднялся в цене. Псковичи естественно стали роптать на такую монополию; черные люди собирались по кабакам и толковали о том, что государством правят бояре и главный из них Морозов, что бояре дружат иноземцам, выдают казну шведской королеве, вывозят хлеб за рубеж, хотят "оголодить" русскую землю.
В это время до псковичей дошел слух, что едет швед и везет из Москвы деньги.
27 февраля 1650 года человек тридцать псковичей из бедного люда (из меньших людей) пришли к своему архиепископу Макарию толковать, что не надобно пропускать за рубеж хлеба. Архиепископ позвал воеводу Собакина. Воевода пригрозил "кликунам", как называли тогда смелых хулителей начальственных повелений. Но кликуны не испугались воеводы и на другой день, 28 февраля, подобрали себе уже значительную толпу. Они собрались у всенародной избы и стали кричать, что не надобно вывозить хлеба. Вдруг раздался крик: "Немец едет! Везет казну из Москвы!"
Действительно, в это время ехал шведский агент Нумменс и вез до двадцати тысяч рублей из тех денег, которые были назначены для уплаты шведам за перебежчиков. Нумменс ехал к Завеличью, где тогда стоял гостинный двор для иноземцев. Народ бросился на него. Его потащили ко всенародной избе, подняли на два, поставленные один на другой, чана, показали народу, отняли у него казну и бумаги и посадили под стражу. Потом толпа бросилась к дому ненавистного ей гостя Емельянова. Гость успел убежать. У жены его взяли царский указ, в котором было сказано, "чтобы этого указа никто не ведал". Псковичи кричали, что грамота писана боярами без ведома царя. Мятежники выбрали свое особое правление из посадских, не хотели знать воеводы и отправили в Москву от себя челобитчиков. Псковичи жаловались, что воевода берет в лавках насильно товары, заставляет ремесленников на себя работать, у служилых людей удерживает жалованье; его сыновья оскорбляют псковских женщин; воеводские писцы неправильно составили писцовые книги, так что посадским тяжелее, чем крестьянам. Что касается до поступка с Нумменсом, то псковичи говорили, будто швед им грозил войною. Кроме этой челобитной, псковичи послали особую челобитную к боярину Никите Ивановичу Романову, просили его походатайствовать, чтобы вперед воеводы и дьяки судили вместе с выборными старостами и целовальниками и чтобы псковичей не судили в Москве.
Весть о псковском восстании быстро достигла Новгорода, а между тем и там уже народ роптал, когда царские биричи кликали по торгам, чтобы новгородские люди не покупали хлеба для себя иначе, как в небольшом количестве. Стали и новгородцы кричать, что царь ничего не знает, всем управляют бояре, отпускают за море казну и хлеб в ущерб русской земле.
Умы уже были достаточно возбуждены, когда 15 марта случайно прибыл в Новгород проездом датский посланник Граб. Посадский человек Елисей Лисица на площади, перед земскою избою, взволновал народ, уверивши его, что приехал швед с царскою казною. Он возбуждал толпу и на гостей и богатых людей, которые имели поручение закупать для казны хлеб. Ударили в набат, началась "гиль", как говорилось тогда в Новгороде и в Пскове. Толпа бросилась на датского посланника, избила его, изувечила,потом разграбила дворы новгородских богачей.
Митрополит Никон и воевода князь Федор Хилков пытались укротить мятеж, но силы у них было мало; а некоторые из служилых - стрельцы и дети боярские - перешли на сторону мятежа. Толпа освободила посаженного Никоном под стражу митрополичьего приказного Ивана Жеглова, и 16 марта составилось народное правительство из девяти человек (кроме посадских, в числе их был один стрелецкий пятидесятник и один подьячий). Жеглов был поставлен во главе этого народного правительства. По его принуждению, новгородцы составили приговор и целовали крест на том, "чтобы всем стать заодно, если государь пошлет на них рать и велит казнить смертью, а денежной казны и хлеба не пропускать за рубеж". Служилые люди, не желавшие приступать к ним, должны были поневоле прилагать руки к такому приговору. Никон пытался смирить мятежников духовным оружием и изрек над ними проклятие. Но это только более озлобило их.
Они отправили к царю челобитчиков и в своей челобитной сочиняли, будто сам датский посланник Граб, со своими людьми, сделал нападение на новгородцев. Они просили, чтоб государь не велел отпускать за рубеж денежной казны и хлеба, потому что слух ходил такой, что шведы хотят, взявши государеву казну, нанять на нее войско и идти войной на Новгород и Псков.
В Москве пришли в раздумье, когда узнали о мятежах в двух важнейших северных городах; московское правительство прибегло к полумерам: хотели в одно и то же время стращать мятежников и усмирить их ласкою. Отправили князя Ивана Хованского с небольшим войском, а между тем, в ответ на новгородскую челобитную, царь хотя и укорял новгородцев за мятеж и насилия, хотя и замечал, что "он с Божьей помощью знает, как править своим государством", но в то же время удостаивал мятежников объяснений: зачем нужно было отпускать хлеб, доказывал, что невозможно, по их просьбе, запретить продажу хлеба за границу, потому что тогда и шведы не повезут в Московское государство товаров и будет тогда Московскому государству оскудение. В угоду новгородцам, по их жалобам на воеводу Хилкова, царь объявлял им, что сменяет его и назначает вместо него князя Юрия Буйносова-Ростовского.
Новгородцы объявили, что не пустят Хованского в город с военными силами: впрочем, и сам Хованский получил от царя наказ стоять у Хутынского монастыря, не пропускать никого в город и уговаривать новгородцев покориться царю.
Но между самими новгородцами происходило уже раздвоение. Число удалых, готовых на крайнее сопротивление, редело; люди зажиточные были за правительство. Из самых ярых крикунов и зачинщиков находились такие, что готовы были отстать от общего дела ради целости собственной кожи. Таким образом, один из товарищей Жеглова, Негодяев, передался Хованскому, отправился в Москву и, получивши прощение, старался там, хотя безуспешно, обвинить митрополита Никона.
В конце апреля Хованский вошел в город. Прежде всего он приказал отрубить голову одному посадскому человеку, Волку, обесчестившему датского посла, а народных правителей с толпою посадских, числом 218, посадил под стражу. Сначала из Москвы вышел было приговор казнить смертью зачинщиков, находившихся в составе народного правительства, и в том числе Жеглова, но потом приговор этот был отменен. Страшным казалось раздражать народ, тем более, что в то время Псков не так скоро и не так легко успокаивался, как Новгород.