В начале 1503 года между государствами начались мирные переговоры. Однако как литовские, так и московские послы выдвинули заведомо неприемлемые условия мира; в результате компромисса было решено подписать не мирный договор, а перемирие, сроком на 6 лет. Согласно нему, во владении Российского государства оставались (формально — на срок перемирия) 19 городов с волостями, составлявшие до войны около трети земель Великого княжества Литовского; так, в частности, в состав русского государства вошли: Чернигов, Новгород-Северский, Стародуб, Гомель, Брянск, Торопец, Мценск, Дорогобуж. Перемирие, известное под названием Благовещенского (по празднику Благовещения), было подписано 25 марта 1503 года.
После присоединения Новгорода политика «собирания земель» была продолжена. При этом действия великого князя были более активны. В 1481 году, после смерти бездетного брата Ивана III, удельного вологодского князя Андрея Меньшого, весь его надел перешёл к великому князю. 4 апреля 1482 года верейский князь Михаил Андреевич заключил с Иваном договор, согласно которому после его смерти к великому князю переходило Белоозеро, что явно нарушало права наследника Михаила — его сына Василия. После бегства Василия Михайловича в Литву Михаил 12 декабря 1483 года заключил с Иваном III новый договор, согласно которому после смерти верейского князя великому князю отходил уже весь удел Михаила Андреевича (князь Михаил скончался 9 апреля 1486 года). 4 июня 1485 года, после смерти матери великого князя, княгини Марии (в иночестве Марфы), в состав великокняжеских владений вошёл её удел, в том числе половина Ростова.
Серьёзной проблемой оставались отношения с Тверью. Зажатое между Москвой и Литвой, великое тверское княжество переживало не лучшие времена. В его составе также существовали удельные княжества; с 60-х годов XV века начинается переход тверской знати на московскую службу. Источники также сохранили упоминания о распространении в Твери различных ересей. Не улучшали отношений и многочисленные земельные споры москвичей-вотчинников, владевших землёй в Тверском княжестве, и тверичей. В 1483 году вражда перешла в вооружённое противостояние. Формальным поводом к нему стала попытка тверского князя Михаила Борисовича укрепить свои связи с Литвой посредством династического брака и союзного договора. Москва отреагировала на это разрывом отношений и посылкой войск в тверские земли[30]; тверской князь признал своё поражение и в октябре-декабре 1484 года заключил с Иваном III мирный договор. Согласно нему, Михаил признавал себя «меньшим братом» великого московского князя, что в политической терминологии того времени означало фактическое превращение Твери в удельное княжество; договор о союзе с Литвой, разумеется, разрывался.
В 1485 году, использовав в качестве повода поимку гонца от Михаила Тверского к литовскому великому князю Казимиру, Москва вновь разорвала отношения с Тверским княжеством и начала боевые действия. В сентябре 1485 года русские войска начали осаду Твери. Значительная часть тверских бояр и удельных князей перешла на московскую службу, а сам князь Михаил Борисович, захватив казну, бежал в Литву. 15 сентября 1485 года Иван III вместе с наследником престола княжичем Иваном Молодым въехал в Тверь. Тверское княжество было передано в удел наследнику престола; кроме того, сюда был назначен московский наместник.
В 1486 году Иван III заключил новые договоры со своими братьями-удельными князьями — Борисом и Андреем. Помимо признания великого князя «старейшим» братом, новые договоры признавали его также «господином», и использовали титул «великий князь всея Руси». Тем не менее, положение братьев великого князя оставалось крайне шатким. В 1488 году князю Андрею доложили, что великий князь готов арестовать его. Попытка объясниться привела к тому, что Иван III поклялся «богом и землею и богом силным, творцом всея твари» в том, что не собирался преследовать брата. Как отмечают Р. Г. Скрынников и А. А. Зимин, форма этой клятвы была весьма необычна для православного государя.
В 1491 году в отношениях Ивана и Андрея Большого наступила развязка. 20 сентября угличский князь был арестован и брошен в тюрьму; попали в тюрьму и его дети, княжичи Иван и Дмитрий. Через два года князь Андрей Васильевич Большой умер, а ещё через четыре года великий князь, собрав высшее духовенство, публично покаялся в том, что «своим грехом, несторожею, его уморил». Тем не менее, покаяние Ивана ничего не изменило в судьбе детей Андрея: всю свою оставшуюся жизнь племянники великого князя провели в заточении[31].
Во время ареста Андрея Большого под подозрением оказался и другой брат князя Ивана — Борис, князь Волоцкий. Однако ему удалось оправдаться перед великим князем и остаться на свободе. После его смерти в 1494 году княжество было разделено между детьми Бориса: Иван Борисович получил Рузу, а Фёдор — Волоколамск; в 1503 году князь Иван Борисович умер бездетным, оставив владения Ивану III.
Серьёзная борьба между сторонниками самостоятельности и приверженцами Москвы развернулась в начале 1480-х годов в сохранившей значительную автономию Вятке. Первоначально успех сопутствовал антимосковской партии; в 1485 году вятчане отказались участвовать в походе на Казань. Ответный поход московских войск не увенчался успехом, более того, из Вятки был изгнан московский наместник; наиболее видные сторонники великокняжеской власти были вынуждены бежать. Лишь в 1489 году московские войска под командованием Даниила Щени добились капитуляции города и окончательно присоединили Вятку к Российскому государству.
Практически утратило свою самостоятельность и Рязанское княжество. После смерти в 1483 году князя Василия на рязанский престол взошёл его сын, Иван Васильевич. Ещё один сын Василия, Фёдор, получил Перевитеск (он умер в 1503 году бездетным, оставив владения Ивану III). Фактической правительницей княжества стала вдова Василия, Анна, сестра Ивана III. В 1500 году рязанский князь Иван Васильевич умер; опекуншей малолетнего князя Ивана Ивановича стала сначала его бабка Анна, а после её смерти в 1501 году — его мать Аграфена. В 1520 году со взятием москвичами в плен рязанского князя Ивана Ивановича фактически Рязанское княжество окончательно превращается в удельное княжество в составе Российского государства.
Отношения с Псковской землёй, оставшейся в конце правления Ивана III практически единственным независимым от Москвы русским княжеством, также проходили в русле постепенного ограничения государственности. Так, псковичи теряют последние возможности влиять на выбор князей-великокняжеских наместников. В 1483—1486 годах в городе произошёл конфликт между, с одной стороны, псковским посадниками и «черными людьми», и, с другой стороны, великокняжеским наместником князем Ярославом Оболенским и крестьянами («смердами»). В этом конфликте Иван III поддержал своего наместника; в конечном итоге, псковская верхушка капитулировала, выполнив требования великого князя.
Следующий конфликт между великим князем и Псковом разгорелся в начале 1499 года. Дело в том, что Иван III решил пожаловать своего сына, Василия Ивановича, новгородским и псковским княжением. Псковичи расценили решение великого князя как нарушение «старины»; попытки посадников в ходе переговоров в Москве изменить ситуацию привели лишь к их аресту. Только к сентябрю того же года, после обещания Ивана соблюдать «старину», конфликт был разрешён.
Впрочем, несмотря на эти разногласия, Псков оставался верным союзником Москвы. Псковская помощь сыграла важную роль в походе на Новгород 1477—1478 годах; псковичи внесли весомый вклад в победы русских войск над силами Великого княжества Литовского. В свою очередь, московские полки приняли посильное участие в отражении ударов ливонцев и шведов.
Осваивая Северное Поморье, Московское государство, с одной стороны, столкнулось с противодействием Новгорода, считавшего эти земли своими, и, с другой стороны, с возможностью начать продвижение на север и северо-восток, за Уральские горы, на реку Обь, в нижнем течении которой находилась известная ещё новгородцам Югра. В 1465 году по приказу Ивана III поход на Югру совершили жители Устюга под руководством Василия Скрябы. Поход был достаточно удачен: подчинив ряд мелких югорских князей, войско вернулось с победой. В 1467 году не очень удачный поход против независимых вогуличей (манси) совершили вятчане и коми-пермяки[32].
Получив по договору 1471 года с Новгородом часть Двинской земли (причём Заволочье, Печора и Югра продолжали числиться новгородскими), Московское царство продолжило продвижение на север. В 1472 году, использовав как предлог нанесение московским купцам оскорблений, Иван III послал в недавно крещёную Великую Пермь с войском князя Фёдора Пёстрого, подчинившего край Московскому государству. Номинальным правителем края остался князь Михаил Пермский, реальными же правителями страны как в духовном, так и в гражданском отношении были пермские епископы.
В 1481 году Перми Великой пришлось обороняться от вогуличей, которых возглавлял князь Асыка. При помощи устюжан Перми удалось отбиться, и уже в 1483 году на непокорных вогуличей был совершён поход. Экспедиция была организована с размахом: под командованием великокняжеских воевод князя Федора Курбского Черного и Ивана Салтыка-Травина были собраны силы со всех северных уездов страны. Поход оказался удачным, в его результате власти Московского государства подчинились князья обширного района, населённого преимущественно татарами, вогуличами (манси) и остяками (хантами).