Певна система методів та форм, засобів та видів пізнання становить наукову методологію. Під методологією розуміють вчення, науку про методи наукового пізнання та перетворення дійсності; це один з аспектів гносеології, який розробляється таким її розділом, як логіка та методологія науки.
Однією з найбільш актуальних проблем сучасного етапу розвитку логіки та методології науки є питання про необхідність виділення поряд з емпіричним та теоретичним рівнями наукового пізнання ще одного відносно самостійного рівня — метатеоретичного, який є передумовою самої теоретичної діяльності в науці.
У сучасній філософії такі спроби зустрічаються в методологічних концепціях Т.Куна та І.Лакатоса. Т.Кун вводить поняття "парадигма", яке фіксує існування особливого типу знання, що не виконує безпосередньо пояснювальної функції, а є умовою певного виду теоретичної діяльності з пояснення та систематизації емпіричного матеріалу. Аналогічний смисл має також поняття "дослідницька програма", яке вводить у методологію науки Лакатос і яке є своєрідним метатеоретичним утворенням, що містить набір вихідних ідей та методологічних установок.
Великого поширення для визначення метатеоретичного та науково-дослідницької діяльності набуло поняття "стиль мислення", яке за змістом близьке до поняття "парадигма". Під стилем мислення розуміють певний історично конкретний тип мислення, який, будучи загальним для даної епохи, стійко виявляється у розвитку основних наукових напрямків та обумовлює деякі стандартні уявлення в метамовних контекстах усіх фундаментальних теорій свого часу. Конкурентами поняття "стиль мислення" в сучасній теорії пізнання для фіксації метатеоретичного рівня наукового дослідження є поняття "картина світу", "власні і філософські основи науки", "теоретичний базис наукового пізнання", "умови пізнання" тощо. Виникає питання, чим відрізняється теоретичний рівень наукового пізнання від метатеоретичного? Якщо теоретичний рівень включає в себе сукупність пізнавальних процесів, спрямованих на висування, розвиток та обгрунтування теоретичних гіпотез, а також тих процесів мислення, в яких реалізуються основні пізнавальні функції наукових теорій (опис, пояснення, передбачення), то на метатеоретичному рівні на основі певних філософських установок, узагальнення результатів теоретичної діяльності та самої практики наукового пізнання фіксуються загальні передумови теоретичної діяльності. Якщо основним елементом теоретичного знання є закон, відображення необхідних та суттєвих зв'язків між явищами, то метатеоретичне знання формулюється у вигляді принципів, у яких стверджується дещо уже про саму теорію і практику теоретичної діяльності.
Для позначення метатеоретичного рівня наукового пізнання пропонується введення в методологію пізнання порівняно нового поняття — "архетип наукового мислення", в яке поняття "стиль мислення" та "картина світу" входять як складові елементи. Під "картиною світу" тут розуміють сукупність загальних уявлень про структуру того чи іншого фрагмента об'єктивної реальності, що вивчається даною наукою і лежить в основі теоретичної діяльності в даній науці. В понятті "стиль мислення" фіксується сукупність уявлень про саму структуру пізнавальної діяльності, про способи описування та пояснення явищ.
Під поняттям "архетип теоретичного мислення" розуміють сукупність принципів, які на конкретному історичному етапі розвитку науки задають певний спосіб теоретичної діяльності для пояснення явищ, визначають вибір засобів цієї діяльності, відбір та прийняття її кінцевих результатів, а також задають певне бачення світу, спосіб його відображення в науковому пізнанні, що в єдності визначає і певний тип теоретичного мислення, і сукупність допустимих заходів теоретичної діяльності. Проте він не детермінує теоретичну діяльність однозначно, а залишає місце і для творчої свободи теоретичного мислення.
Між принципами, що входять до складу певного архетипу теоретичного мислення, є органічний взаємозв'язок. Так, прийняття певної картини світу, яка спрямовує загальний погляд на структуру досліджуваної реальності, визначає значною мірою також і специфічний підхід до способу теоретичного опису дійсності. Крім того, сукупність прийнятих в архетипі гносеологічних установок разом з картиною світу обумовлюють відбір змістовних принципів тієї чи іншої науки, впливають на прийняття загально методологічних принципів та лежать в основі їхнього обгрунтування.
Принципи архетипу теоретичного мислення у кожному конкретному акті пізнавальної діяльності є її вихідним моментом, її передумовою, але у розвитку системи наукового пізнання в цілому є його кінцевим результатом. В них фіксується знання про найсуттєвіші риси буття та його базисні закономірності. Емпіричний базис архетипного знання значно ширший від емпіричного базису тієї чи іншої теорії. Саме цим фактом і зумовлена регулятивна сила метатеоретичних принципів щодо теоретичного дослідження.
За змістом принципи архетипного знання поділяються на дві великі групи.
1. Принципи, що лежать в основі наукової картини світу, а також змістовні принципи будь-якої конкретної науки. В них фіксуються певні уявлення про структуру реальності.
2. Гносеологічні та методологічні принципи, в яких безпосередньо не відображається реальність, а фіксуються особливості самої пізнавальної діяльності. Принципи першої групи спрямовують теоретичне мислення на пошук найбільш глибоких суттєвих основ досліджуваних явищ, а другої — визначають правила науково-теоретичної діяльності для пошуку сутності цих явищ. Об'єктивною підставою для прийняття цих принципів є фіксація в них в узагальненій формі самої практики наукового дослідження, суттєвих рис функціонування та розвитку наукового пізнання, безвідносно до його предметного змісту.
Формування, існування, функціонування архетипного знання тісно пов'язане з філософськими поглядами певної історичної епохи. Саме в філософії зароджуються вихідні ідеї, визначальні риси конкретної наукової картини світу та система гносеологічних методологічних установок науки. Архетип теоретичного мислення є історичним утворенням і не лише включає в себе результати науково-теоретичної діяльності, а й фіксує результати розвитку всіх форм духовно-практичного освоєння світу, які теоретично відображаються в філософії. В цьому плані слід підкреслити, що так само як архетип теоретичного мислення є передумовою теоретичної діяльності в науці, і філософія є фундаментом формування самого архетипу теоретичного мислення.
Поняття, ідеї, принципи архетипного знання постійно є об'єктом філософської рефлексії. На архетипному рівні наука нібито пізнає сама себе, свої логічні, методологічні та гносеологічні основи. Архетиповий рівень наукового пізнання є тією частиною конкретно-наукового знання, де можливий найбільш конструктивний союз філософії з конкретними науками. Саме через вплив на формування архетипу теоретичного мислення філософія сприяє формуванню категоріального ладу конкретно-наукового мислення.
Філософія не може втручатися в конкретний процес діяльності вченого на емпіричному та теоретичному рівнях наукового пізнання, проте вона значною мірою впливає на вибір та інтерпретацію базисних принципів архетипного рівня знання, які залежать від панівних у дану історичну епоху філософських установок. В той же час архетип наукового мислення є фокусом впливу конкретно-наукового пізнання на філософію, що сприяє розвитку змісту категорій самої філософії, оскільки в структурних елементах архетипного знання фіксуються узагальнені уявлення про структуру буття та наукового пізнання.
Провідною рисою і тенденцією сучасного етапу розвитку наукового пізнання є його гуманізація. Мається на увазі не лише гуманістична переорієнтація використання наукових досягнень, а насамперед перебудова методологічних основ науки, стилю мислення, архетипу наукового пізнання. Одним з головних завдань гуманізації наукового пізнання є формування нового гуманістичного стилю мислення. Саме він є сполучною ланкою між основними методологічними принципами наукового пізнання і загальними ідеями, які виражають сутність того чи іншого світогляду, що є в ньому найважливішим і самоцінним. Серед найважливіших ідей, що визначають методологічні основи гуманістичної орієнтації сучасного наукового пізнання, виділяють два основоположення: по-перше, ідею культури як міри розвитку людини; по-друге, ідею єдиної науки про людину. Функціонально-ціннісна переорієнтація наукового пошуку в дусі єдиної науки як науки про людину передбачає таку якісну зміну в науці, коли її предметний зміст буде прямо зорієнтованим на гуманістичні цінності. Наука робить лише перші кроки в цьому напрямку. Але вже тепер намічаються глибинні інтегративні процеси, зумовлені взаємними струмами між природознавством та суспільними і гуманітарними науками на шляху їхньої взаємної гуманізації, концентрації уваги навколо проблеми людини як найвищої цінності. Гуманістичний стиль мислення передбачає відродження на новому витку діалектичної спіралі розвитку класичної ідеї єдності Істини, Добра та Краси як основи та квінтесенції духовної культури в цілому і наукового пізнання як її складової частини зокрема.