Эти и подобные моменты манифеста получили развитие в обширном «Наказе» Екатерины II, представлявшем собой компиляцию из произведений западноевропейских просветителей. В нём было немало положений и формулировок о свободе, собственности, правосудии, необходимости благосостояния всех подданных, которые выглядели весьма радикально. Но все они носили общий характер и не сопровождались какими-либо практическими предложениями. Реальная же политика екатерининского правительства и законы государства находились в полном противоречии с положениями «Наказа». Созыв Комиссии, Манифест и «Наказ» Екатерины являли собой пример лавирования, стремления сгладить остроту социальных противоречий, усилить иллюзии о надклассовости самодержавия и укрепить веру крестьян в хорошего царя. Но уже порядок выборов депутатов, по которому свыше 80% населения исключалось из числа тех, о ком нужно заботиться, показывал истинные цели Екатерины и её окружения. Помещичьи крестьяне лишались права посылать своих депутатов, защитниками их интересов объявлялись помещики. Так же обстояло дело с дворцовыми и экономическими крестьянами, представителями которых считалась сама Екатерина и Коллегия экономии. Не было предоставлено это право крестьянам Украины и Прибалтики, крестьянам, жившим на казацких землях.
Одним депутатом от Синода было представлено духовенство. Екатерина II, только что осуществившая секуляризацию церковного землевладения, стремилась подчеркнуть этим, что духовенство является одной из категорий чиновников государственного аппарата.
Из 573 депутатов Уложенной комиссии 193 были избраны от дворян уездов и центральных правительственных учреждений, 208 – от городов, 45 – от казаков, 55 – от нерусских народов Поволжья, Сибири, Урала, Севера и лишь 70 - от различных категорий государственных крестьян, но и из них почти две трети составляли однодворцы. В действительности дворян было ещё больше, так как правительство обеспечило избрание дворян депутатами от Москвы, Петербурга, Новгорода и ещё 1113 городов. Три дворянина были депутатами от казаков, 3 – от однодворцев, 1 – от государственных крестьян и 7 – от нерусских народов.
Неудивительно, что Комиссия в первую очередь обсудила и выработала «Проект правам благородных», закреплявший все сословные права и привилегии дворян. Был подготовлен и проект «Прав среднего рода жителей», утверждавший сословную структуру городского населения, деление его на категории и сохранявший его неполноправие. Проект «Прав нижнего рода людей» можно было назвать «правами» только в насмешку. В нём говорилось следующее: крестьяне состоят в совершенной власти своего господина; помещикам предоставляется право за неповиновение и другие проступки налагать и исполнять различные наказания; вся земля принадлежит помещику; крестьяне обязаны нести барщину и платить оброк о размерах, устанавливаемых помещиками; помещик имеет право продавать крестьян, дарить, уступать или отдавать в приданое, продавать в розницу; без разрешения помещика крестьянин не может вступать в брак, пользоваться лесом, продавать хлеб, скот и т.п.; помещик может забирать у крестьян их имущество. Единственными ограничениями прав помещика в отношении крестьянина был совет при наказании соблюдать умеренность и не забивать его насмерть и запрещение продавать отдельно от матери детей младше 7 лет.
Во время обсуждения проектов в Комиссии наиболее активно выступали дворянские депутаты, особенно представитель охранительного направления, идеолог дворянской аристократии князь М.М.Щербатов, проводивший идею о решающей роли дворянства, и особенно старой дворянской аристократии, как в истории России, так и в её настоящем и будущем. Он считал необходимым передать помещикам всех государственных и экономических крестьян, заменить рекрутскую систему военными поселениями - предтечей аракчеевских военных поселений, предоставить дворянам монопольное право на владение предприятиями, перерабатывающими сельскохозяйственное сырьё, оставить за дворянами право на высшее образование.
Идеалы Щербатова об олигархии родовитой аристократии нашли наиболее полное выражение в его «Путешествии в землю Офирскую» - первой русской социальной утопии. Это определяло его резко критическое отношение к екатерининскому двору. В работе «О повреждении нравов в России» он дал уничтожающую критику фаворитизму, казнокрадству и произволу, царивших в екатерининских учреждениях.
В 1768г. в работе Уложенной комиссии произошёл неожиданный для Екатерины II и её окружения перелом. В центре внимания комиссии оказался вопрос о положении крепостного крестьянства, о произволе помещиков и необходимости законодательного изменения положения крестьян и ликвидации помещичьего произвола.
В мае 1768 года в связи с обсуждением существующего законодательства о наказании беглых крестьян немногочисленная, но активная группа крестьянских депутатов и поддерживающие их некоторые депутаты – канцеляристы, казаки, офицеры подняли вопрос о причинах побегов крестьян. Они утверждали, что побеги крестьян происходят в результате помещичьего произвола, непомерных повинностей и оброков, постоянного их истязания. Крестьяне И.Чупров и Ф.Полежаев, однодворцы В.Кипенский, А.Маслов, И.Жеребцов, канцелярист И.Сухопрудский, казак А.Алейников, офицеры Г.Коробьин, Я.Козельский, Л.Татищев дали решительный отпор дворянским депутатам. Они потребовали уничтожения помещичьего произвола, уменьшения и строгой регламентации крестьянских повинностей, предоставления крестьянам права собственности, отделения крестьянских земель от дворянских и довольно близко подошли к требованию ликвидации крепостного права. А.Маслов предложил отобрать землю и крестьян у помещиков и сделать всех крестьян государственными. Попытки генерал-прокурора князя А.А.Вяземского и маршала уложённой комиссии 1767 года генерала А.И.Бибикова помешать обсуждению крестьянского вопроса терпели неудаче.
В результате в процессе работы Комиссии пять крестьянских и казацких депутатов были лишены депутатских полномочий, а три депутата, выступившие с критикой крепостничества, были вынуждены сложить свои полномочия. Впоследствии тринадцать депутатов крестьян, казаков, нерусских народов Приуралья приняли участие в Крестьянской войне.
Примерно в это же время в Комиссию поступил проект «Об учреждении в России законодательной, судительной и наказательной власти». Его автор, профессор права Московского университета С.Е.Десницкий, выступил с радикальными предложениями, предусматривавшими запрещение закрепощать новые категории населения, жаловать государственных крестьян помещикам, продавать крестьян без земли и др.
В этом же проекте он рекомендовал и существенные реформы политического строя страны: уничтожение сословных прав и привилегий, установление равноправия всех народов Российской империи и юридического равенства всех граждан, перестройку судебной системы на принципах буржуазного правопорядка, введение независимого от администрации открытого и гласного суда, ограничение самодержавия Сенатом, избираемым гражданами на основе имущественного ценза, передачу всей полноты власти в городах выборным учреждениям, купеческим по составу. В сущности, это был проект замены самодержавно-крепостнического строя России строем буржуазной конституционной монархии.
Неудивительно, что проект Десницкого не был доведён до сведения депутатов Комиссии и увидел свет лишь после революции 1905г.
Под предлогом войны с Турцией Комиссия в декабре 1768года была распущена, а о возобновлении её работы в условиях Крестьянской войны не могло быть и речи
Вторая крупная акция политики Просвещённого абсолютизма – работа Уложенной комиссии – значительно укрепила положение Екатерины II на троне. Она дала ей множество различных материалов, которые были использованы в последующие годы для выработки законодательных актов. Но попытка использовать политические концепции просветителей в интересах укрепления самодержавно-крепостнического строя потерпела крах. Не удалось предотвратить и назревавшую в стране Крестьянскую войну.
В целом деятельность Уложенной комиссии с самого начала была обречена на неудачу из-за отсутствия предварительной подготовки, а также огромного объема и сложности работы: для создания новых законов депутатам нужно было разобраться в старом законодательстве, включавшем более 10 тысяч разнородных положений, изучить депутатские наказы, снять противоречия, часто непримиримые, между пожеланиями различных сословий и, наконец, составить новый законодательный кодекс, основываясь на изложенных в "Наказе" Екатерины принципах, часто противоречащих депутатским наказам».[3;328-330].
«Пугачёвский мятеж подняли яицкие казаки, недовольные переменами в их казацком быту. В 1773г. донской казак Емельян Пугачёв принял имя Петра III и поднял знамя бунта. Екатерина поручила усмирение мятежа Бибикову, который сразу понял сущность дела; важен не Пугачёв, сказал он, важно общее неудовольствие. К яицким казакам и к бунтовавшим крестьянам присоединились башкиры, калмыки, киргизы. Бибиков, распоряжаясь из Казани, двинул со всех сторон отряды в места более опасные; князь Голицын освободил Оренбург, Михельсон – Уфу, Мансуров – Яицкий городок. В начале 1774г. бунт стал утихать, но Бибиков умер от изнеможения, и мятеж разгорелся вновь; Пугачёв овладел Казанью и перебросился на правый берег Волги. Место Бибикова занял граф Панин, но не заменил его. Михельсон разбил Пугачёва под Арзамасом и загородил ему путь к Москве. Пугачёв бросился на юг, взял Пензу, Петровск, Саратов и везде вешал дворян. Из Саратова он двинулся к Царицыну, но был отбит и под Чёрным Яром снова был разбит Михельсоном. Когда к войску прибыл Суворов, самозванец чуть держался и был вскоре выдан своими сообщниками. В январе 1775г. Пугачёв был казнён в Москве.