Введенный в Устав принцип систематического обновления партийного руководства являлся разумным. Но он означал, что партийные руководители не могут отныне рассматривать свою работу как профессию или пожизненную привилегию, ведь получалось, что предельный срок для большинства партийных руководителей среднего звена составлял всего 6 лет. Так или иначе, Устав был принят, а существующий госаппарат существенно изменился.
В июле 1962 года в Москву прибыла военная делегация Кубы во главе с Раулем Кастро. Она вела переговоры с советским военным руководством о предоставлении Кубе военной поддержки. В этих переговорах позднее принял участие и сам Хрущев. Можно предположить, что именно в эти дни и была сделана договоренность о размещении советских ракет на территории Кубы. Удивительно то, что в то время, когда готовились корабли со смертоносным грузом к отправке, Хрущев предпринял самую продолжительную поездку по стране за все время пребывания у власти. Несомненно, что эта поездка имела характер отвлекающего манера. После многочисленных переездов Хрущев отдыхал в Крыму, но и в Крыму он принимал разных зарубежных гостей. Самой важной встречей Хрущева была с кубинскими лидерами Э. Че Гевара и Э. Арагонесом. Операция по переброске на Кубу ракетного и ядерного оружия шла полным ходом. И только после того, как Хрущев удостоверился, что ракеты доставлены и идет работа по устройству пусковых площадок, Хрущев вылетел в Москву.
Сообщение о советской военной помощи обеспокоило американских политиков и военных. Американское правительство провело в районе Кубы крупные маневры, в которых участвовало 45 военных кораблей и 10 тысяч морских пехотинцев. Увеличивалось число разведывательных полетов, непрерывно фотографировавших территорию Кубы. 4 сентября Кеннеди сделал публичное предостережение: США, ни при каких условиях не потерпят размещения на Кубе ракет «земля-земля» и других видов наступательного оружия.
Поставляя на Кубу ракеты и бомбардировщики, СССР не нарушал норм международного права, так как Куба являлась суверенным государством, и характер оказываемой ей военной помощи определялся лишь компетенцией СССР и Кубы. Создавая военные базы на территории Турции, Японии, Норвегии, Ирана, Италии или ФРГ и размещая в непосредственной близости от советских границ ракеты и бомбардировщики с ядерным оружием, США не спрашивали разрешения СССР. Военно-стратегического паритета между СССР и США в то время не существовало, и именно это обстоятельство породило мысль о создании ракетных установок на Кубе, примерно в 90 милях от берегов США. Тем самым предполагалось ликвидировать неравновесие в размещении ядерного оружия. Правящие круги США были готовы идти на риск большой войны, чтобы предотвратить создание советских военных баз на Кубе. Слухи о ракетах на Кубе и ведущихся там крупных строительных работах доходили до американцев. После серии снимков, полученных 17 октября, позволили увидеть несколько новых пусковых площадок, на которых расположились 16 или 32 ракеты, дальность которых составляла более тысячи миль. Еще раньше Кеннеди создал особый военно-политический штаб - Исполнительный комитет Национального совета безопасности, все члены которого не сомневались в грозящей Америке опасности и требовали ответных действий. Началась блокада Кубы, так как Кеннеди не разрешил начинать военные действия; тем временем СССР по-прежнему отрицал тот факт, что советские ракеты находятся на Кубе.
22 октября президент США Джон Кеннеди выступил по телевидению. Он объявил о блокаде Кубы и некоторых других принятых мерах и о причинах, которыми были вызваны действия США. Если сам Хрущев и был в курсе дел, происходящих в США, то весь советский народ находился в неведении. Хрущев хотел иметь на Кубе мощную ракетную базу, но он не хотел войны, опасность которой нарастала.
24 октября Советское правительство заявило решительный протест против блокады Кубы и других военных мероприятий США. В СССР, также как и в США, создавалась повышенная боеготовность.
Утром 24 октября два советских судна приблизились к линии блокады в 500 милях от Кубы. Их прикрывала подводная лодка. Навстречу шел авианосец «Эссекс» с вертолетами, оснащенными для борьбы с подводными лодками. Хрущев не стал рисковать и приказал кораблям остановиться у линии блокады, предложив Кеннеди срочную встречу. Кеннеди согласился, но с условием, что советские ракеты будут немедленно вывезены с территории Кубы.
Напряжение нарастало. 26 октября Кеннеди отдал приказ о подготовке к вторжению на Кубу. Вечером 26 октября Кеннеди получил от Хрущева письмо, лично продиктованное им, даже не отредактированное. В нем Хрущев просил Кеннеди проявить сдержанность.
Хрущев уже не отрицал, что на Кубе имеются советские ракеты. Американская блокада, поэтому не имеет смысла, так как все оружие доставлено на Кубу. Вскоре Хрущев предложил компромисс. Он заключался в том, что Америка снимет блокаду и даст обязательство не вторгаться на Кубу. В этом случае СССР заберет и уничтожит доставленное на Кубу ракетное оружие. Кеннеди согласился на этот компромисс, более того, по просьбе Хрущева, он согласился убрать американские ракеты с территории Турции, но только после преодоления кризисной ситуации.
Хрущев понял, что если по уговору США не будут нападать на Кубу, то мотивы, побудившие СССР поставить Кубе новое оружие отпадают. Советское правительство отдало распоряжение о возвращении оружия на Родину. Это был решающий день и решающий шаг в ликвидации Кубинского кризиса.
В этом кризисе было трудно понять, кто проиграл или кто выиграл. За возникновение кризиса, ответственность разделяли и советские, и американские руководители, но и Хрущев, и Кеннеди проявили в решающие часы разумную сдержанность, сохранив контроль за ходом событий и не позволив событиям, перерасти в разрушительную войну. И в Вашингтоне, и в Москве раздавались мнения, настаивавшие на действиях, ведущих только к войне. Компромисс был достигнут усилиями обеих сторон, но не следует забывать, что согласие вывезти ракеты с Кубы стало известно в Вашингтоне менее чем за сутки до назначенной правительством США атаки на Кубу.
В первые дни после Кубинского кризиса Ф.Кастро сделал несколько заявлений с критикой действий Хрущева. Весной 1963 года Ф.Кастро прибыл с визитом в СССР, который продолжался 40 дней. Никого из зарубежных деятелей Хрущев не принимал так радушно, как Ф.Кастро. Программа пребывания Кастро в СССР была очень обширна: начиная от митинга на Красной площади, в честь 1 Мая, кончая продолжительной поездкой Кастро по стране. В обширном коммюнике, подписанном Хрущевым и Кастро, говорилось о расширении сотрудничества СССР и Кубы во всех областях.
Изменение общей атмосферы ускорило такое важное событие, как подписание СССР, США и Великобританией договора о частичном запрещении испытаний атомного и водородного оружия. Но этого договора придерживались далеко не все. Было решено отказаться от всех испытаний ядерного оружия, кроме подземного. 5 августа 1963 года в Москве был подписан «Договор о запрещении испытаний ядерного оружия в атмосфере, космическом пространстве и под водой». В тот же день Договор подписали от имени своих стран 10 послов, через неделю - еще 27 подписей, к 11 сентября - стояло уже 77 подписей. В октябре Договор вступил в силу.
У США все более накалялись отношения с Вьетнамом. Хрущев говорил послу США: если хотите - воюйте, французы воевали, воевали и ушли, в конце концов, это придется сделать и вам. После убийства Кеннеди в Далласе, к власти пришел Л.Джонсон, с иными взглядами на проблемы Вьетнама и американо-советские отношения.
Не могло радовать Хрущева и развитие отношений с КНР. В 1962 году обсуждения между КПК и КПСС продолжались в форме теоретических статей и конфиденциальной переписки, но с 1963 года эти обсуждения принимают все более резкий и открытый характер.
В 1963 году Хрущев предложил устроить встречу между руководителями СССР и КНР на высшем уровне. Встреча делегации КПК во главе с Дэн Сяопином и делегации КПСС во главе с М.А.Сусловым происходила отнюдь не в дружеской атмосфере. Встреча делегаций КПК и КПСС не привела к взаимному согласию и была прервана 20 июля по настоянию КПК.
Ухудшение межпартийных отношений повлияло на все сферы сотрудничества: торговлю, научно-технические и культурные связи, происходили инциденты на советско-китайской границе. В крайне грубых заявлениях Китай оценивал московский договор о частичном запрещении испытаний ядерного оружия. После ряда заявлений, предоставляемых СССР Китаем, все о том же Договоре, фактически были разорваны связи между КНР и СССР. Китайскую печать заполнили статьи с грубой критикой всей внешней и внутренней политики Советского Союза. Критиковали также, и лично Н.С. Хрущева.
После нескольких годов неурожая Хрущевым было принято решение о химизации сельского хозяйства, увеличения производства минеральных удобрений и гербицидов. Результаты химизации могли сказаться не особенно скоро, а дефицит зерна ощущался уже в 1963 году. Чтобы обеспечить бесперебойное поступление хлеба, Хрущев предложил закупить 10 миллионов тонн пшеницы за границей. Впервые за всю историю СССР пошел на столь большие закупки зерна за границей.
На встрече нового 1964 года Хрущев был полон оптимизма, который с ним не все разделяли. Некоторые цифры давали это понять. Прирост продукции промышленности составил в 1963 году 8%. Это было на 1% ниже, чем в 1962 году, но на 3% ниже среднегодового прироста в 1951 - 1960 годах. Во всех отраслях производства, кроме производства электроэнергии и металлообработки, эффективность производственных накоплений снизилась в 2-3 раза, что наблюдалось впервые за годы Советской власти. Список дефицитных товаров был очень велик, но зато промышленность выбрасывала на рынок большое количество неходовых товаров, а тем временем количество денег у населения возросло. Валовая продукция сельского хозяйства уменьшилась за год на 10,7%, упав ниже уровня 1958 года.