Но при нем, как и при последующих шахах Каджарской династии, Иран неудержимо скатывался в пропасть экономического и социального упадка. Он был не в силах удержать завоевания Исмаила I, Аббаса I и Надир-шаха. Количество городов и горожан в них сократилось за время бесконечных и во многом безрезультатных войн, разорявших страну в XVII—XVIII вв. Более того, окраины государства стали отходить к более сильным соседям (например, восточный Хорасан с Гератом отошел и, как оказалось, навсегда, к Афганистану). Соперничество с османами постепенно становилось историей, ввиду того, что сама Османская империя, отступая под натиском России с севера, одновременно превращалась в объект экономической и всякой иной экспансии Англии и Франции. Эти же державы столь же интенсивно, начиная с XVIII в., проникали в Иран. Но это противоречило интересам России, уверенно вошедшей в XVIII в. в число великих держав. Англо-французское влияние в Иране и Османской империи было направлено на «сдерживание» продвижения России на юг и против ее закрепления на берегах Черного и Каспийского морей, определявшегося политическими, экономическими и геостратегическими целями Российской империи.
Стоит подчеркнуть особенно, что исторически движение России на юг было вызвано еще стремлением Московского государства XV—XVII вв. защититься от набегов степных кочевников и притязаний мусульманских государств — наследников Золотой Орды (Крымского, Казанского, Астраханского ханств и Ногайской Орды) на выплату им Москвой дани. При этом Иран и Османская империя, особенно — последняя, нередко поддерживали эти постордынские претензии и часто стояли за спиной, например, крымских ханов, ногайских и иных мурз, эмиров и прочих правителей. Поэтому Россия, справившись с постордынцами, неизбежно должна была столкнуться с их покровителями, хотя в целом избегала этого до конца XVII в. Но с этого периода, особенно с царствования Петра I, придавшего внешней политике России небывалый динамизм, начинается непосредственное противостояние Османской империи в первую очередь и более слабого Ирана могучему северному соседу. В том, что касается Ирана, это была совершенно безнадежная борьба, заранее обреченная на поражение.
Во-первых, Иран был внутренне ослаблен, разорен и нестабилен. Во-вторых, взаимные распри феодальных правителей провинций и областей при плохом управлении ими из центра создавали совершенно нетерпимую обстановку для большинства жителей, особенно для крестьян и горожан. В-третьих, христианское население государства Каджаров, особенно на Кавказе, издавна придерживалось прорусской ориентации и, начиная с XV в., все время ожидало помощи от русских, а потом и освобождения при их участии как от социально-политического, так и национально-религиозного угнетения. И хотя среди верхушки закавказских государств шла борьба между сторонниками ориентации на Россию и на мусульманские державы, успехи России в XVIII—XIX вв. постепенно, но настойчиво склоняли чашу весов в ее пользу.
Заняв Тбилиси после его разгрома иранцами в 1797 г., Россия твердо встала в Закавказье, создав условия избавления местных жителей от постоянного разорения либо иранцами, либо османами. Правители почти всех ханств Азербайджана и Армении (Бакинского, Ереванского, Нахичеванского), не говоря уже о тех, кто давно был связан с Россией, тоже решили воспользоваться этой благоприятной ситуацией. В 1803— 1805 гг. Карабахское, Шекинское и Ширванское ханства были присоединены к России относительно мирным путем (не исключавшим трений с некоторыми ханами, например с Шей-хали, сговорившимся с иранцами). В Гандже русские встретили сопротивление, вынуждены были осадить ее в 1803 г. и взять в начале 1804 г., что послужило поводом для войны 1804—1813 гг. с Ираном. Однако слабая армия Ирана была разбита под Эчмиадзином русскими войсками генерала Ци-цианова (по происхождению грузинского князя). Не сумев тогда взять Ереван, русские войска, тем не менее, смогли в дальнейшем занять большую часть Азербайджана в 1805 г., а в 1806 г. овладели также Дербентом, Баку, Муганью и другими местностями. В дальнейшем иранцы во главе с энергичным сыном шаха Аббас-мирзой также терпели поражения от русской армии (под Нахичеванью в 1808 г., при Асландузе в 1812 г.), несмотря на помощь деньгами, оружием и инструкторами сначала от Франции, а потом от Англии. Причиной тому стало средневековое устройство армии Ирана, состоявшей во многом из конных дружин кочевых ханов, более привычных к набегам и грабежам, но прежде всего открытое сопротивление и саботаж местных кавказцев, особенно армян, повсеместно переходивших на сторону русских и нападавших на шахские войска. По Гюлистанскому договору 1813 г. практически весь северный Азербайджан (в отличие от южного, называемого «Иранским») был присоединен к России.
Не смирившись с поражением, шах и его окружение при щедрой помощи Англии стали готовиться к новой войне, которая и была развязана в июле 1826 г. Отступавшие в начале русские войска вскоре перешли в наступление. В октябре 1827 г. ими был взят Ереван, а вскоре вслед за этим — Тебриз, центр южного Азербайджана. Шах вынужден был начать переговоры, завершившиеся Туркманчайский договором в феврале 1828 г., по которому к России была присоединена Армения и за ней окончательно закреплялись все бывшие владения Ирана в Закавказье.
Несмотря на колониальную в дальнейшем политику русских царей, присоединение к России способствовало ускорению прогрессивных процессов развития и модернизации Азербайджана. Он был избавлен от постоянных разорительных нашествий, феодальных междоусобиц, внутренней раздробленности. Включение страны в общероссийские экономические и социальные процессы, хотя и шло по ряду объективных причин медленно, но все же имели место. Ханства превращались в области и провинции, а их властители, даже сохраняя пышные титулы, теряли реальную власть. Общероссийское законодательство и судебные нормы вводились в Азербайджане постепенно. Местные феодалы были уравнены в правах с русскими дворянами и привлекались к управлению, «врастая» постепенно во все звенья российского чиновничества на Кавказе и в ряды офицерства, так как закавказская администрация имела преимущественно военный характер. Кстати, азербайджанские ополченцы вместе со своими султанами, беками и агаларами участвовали на стороне России еще в войне 1826—1828 гг. против Ирана. Сохраняли привилегии и представители христианского (грузино-армянского), и мусульманского духовенства, с 1872 г. подчинявшегося особому Духовному собранию во главе с муфтием Закавказья, который, однако, назначался министром внутренних дел России, а не избирался в соответствии с мусульманской традицией. Тем не менее, в основном мусульманская верхушка (в том числе духовенство) обладала значительными правами и была настроена на сотрудничество с российской властью.
Во многом более быстрым переменам мешали как патриархальность и средневековый характер многих местных общественных институтов и обычаев, так и настойчивое стремление местной знати сохранить традиционное наследие. Царская администрация, опиравшаяся на эту знать, всячески ей содействовала. Поэтому, например, крестьянская реформа, проведенная в России в 1861 г., в Азербайджане была реализована только в 1870 г. и в более урезанной форме. Крестьяне не получили здесь, в отличие от своих собратьев в центральной России, кредитов на выкуп своих наделов. В течение 25 лет после реформы ни одного такого выкупа в Азербайджане не было. Тем не менее начавшиеся миграции лично освобожденных крестьян в города способствовали втягиванию Азербайджана в общественное разделение труда в масштабах всей России, включению во всероссийский рынок, росту товарных отраслей сельского хозяйства и начальной индустриализации.
Во многом ускорению развития способствовало строительство железных дорог и разработка нефтепромыслов, в которых с самого начала мощные позиции занял иностранный капитал (Нобель, Ротшильд и другие). Только в районе Баку добыча нефти выросла с 23 тыс. т в 1872 г., до 11,4 млн т в 1901 г., составив около 50% мировой нефтедобычи.
Нефтепромышленники образовали наиболее мощный отряд местного предпринимательства. В его среде тон задавали также владельцы медеплавильных, шелкомотальных и других предприятий, судовладельцы, домовладельцы, купцы, хозяева ремесленных заведений, среди которых, наряду с азербайджанцами, также заметны были армяне, русские, персы, евреи, грузины, татары и представители прочих населявших Россию народов. Еще более пестрым был состав формировавшегося тогда в Азербайджане, особенно в Баку, пролетариата. Он включал в себя представителей более 30 национальностей, прежде всего — азербайджанцев, русских, армян, татар, многочисленных народов Дагестана, а также немало мигрантов из соседнего и тоже многонационального Ирана. В Баку, где рабочих было больше всего (свыше 60 тыс. в начале XX в.), более 55% их концентрировалось к 1910 г. на крупных предприятиях с числом занятых в 500 чел. и более. Это обстоятельство, как и многонациональный характер бакинского пролетариата, предопределили в дальнейшем роль Баку как одного из центров революционного рабочего движения всей России. Уже в 70-х годах XIX в. прошли первые забастовки в Кедабеке, в 80—90-х годах произошли еще более значительные стачки в Баку.
Политизация азербайджанского общества стала неизбежной по мере складывания демократической интеллигенции Азербайджана. Одним из тех, кто подготовил ее формирование, был Мирза Фатали Ахундов (1812—1878), видный философ, просветитель, публицист и основоположник национальной драматургии Азербайджана. Обладая широким взглядом и пониманием общекавказских проблем (большую часть жизни он прожил в Тбилиси), он был близок высланным на Кавказ русским декабристам, обличал феодальную отсталость, невежество и социальную несправедливость, считая сближение с Россией наилучшим средством устранения всех этих пороков. Свои взгляды он проповедовал как в своих художественных, так и исторических произведениях. Таким же сторонником модернизации Азербайджана и сближения его с Россией был Аббас-Кули-хан Бакиханов (1794—1847), выходец из рода бакинских ханов, как и Ахундов служивший долгое время в Тбилиси. Широко образованный философ и востоковед, друг Ахундова, Грибоедова, Бестужева (Марлинского) и Кюхельбекера, знакомый с Пушкиным и Хачату-ром Абовяном, Бакиханов был первым крупным историком Азербайджана в современном смысле этого слова, автором трудов по педагогике и философии, астрономии и географии, фонетике и грамматике. Он обличал иранских правителей и духовенство, осуждал репрессии русских властей против восставших крестьян — азербайджанцев, критиковал отсталость и суеверия.