Ставший после этого имамом Шамиль был сыном аварского крестьянина, хотя и достаточно образованным. Знаток арабского языка и философии, суфизма и мюридизма, он был к тому же «хаджи», т. е. совершил паломничество в Мекку, что умножило его авторитет. Умелый полководец и оратор, храбрый и целеустремленный воин, Шамиль сумел 25 лет противостоять российской армии. Одерживая победы, часто над более многочисленным и лучше вооруженным противником, он завоевывал целые области. Территория его имамата то уменьшалась, то увеличивалась в зависимости от хода военных действий. Однако было бы неправильно деятельность Шамиля сводить к борьбе с русской армией и российской администрацией. Не меньше, а может быть даже больше времени и сил он уделял покорению кавказцев, не признававших его власти, а особенно — тех, кто, будучи верен адату, отказывался признать шариат и, следовательно, власть и значение Шамиля как имама.
Известны расправы его с аварцами Хунзаха, с аулами Ига-ли, Унцикуль, Ирганай, разрушение дворца Ахмед-хана Мех-тулинского и уничтожение знати многих селений Дагестана, а также истребление его наибом Кибит-Магомедом знати Гицатли, Андалала и других селений в 1843 г.
Никогда не останавливаясь перед необходимостью применить насилие или пролить кровь, Шамиль во многом способствовал тому, что и русские генералы вели против горцев войну на уничтожение, не признавая в ней никаких правил. Мусульмане отвечали тем же, тем более что их поведение определялось указаниями шейхов и племенных вождей, высшего духовного авторитета — имама Шамиля и его наибов. Справедливо карая за разбой или обман, имам столь же безжалостно казнил «отступников», сжигая целые селения. Он убивал и за несоблюдение предписаний Корана, пропуски положенных пяти молитв в день, неотчисление соответствующего процента в пользу бедных. За пьянство, помимо положенных по шариату сорока палок, он мог осудить и на смерть в некоторых случаях. Жестоко наказывал он за танцы и курение. Наибы имама не отставали от него в жестокости и нарушали его же предписания о хорошем обращении с бедняками и перебежчиками. Недаром почти все они впоследствии изменили Шамилю и перешли на русскую службу. Сам Шамиль тоже думал об этом, еще в 1837 г. планируя встретиться с царем Николаем Iв Тифлисе, но потом отказался от этого под влиянием своего окружения.
В окружении Шамиля постоянно шла борьба группировок, особенно после назначения им своим наследником в 1847 г. старшего сына Гази-Магомеда. Когда началась в 1854 г. Крымская война, Шамиль оказал значительную помощь вторгнувшимся на Кавказ османам, послав в Кахетию 7 тыс. конников во главе с Гази-Магомедом. Захватив город Цинандали, Гази-Магомед пленил семьи служивших в русской армии князей Орбелиани и Чавчавадзе. И хотя вскоре османы, как и Гази-Магомед, были изгнаны из Закавказья, султан произвел Шамиля в муширы (маршалы) своей армии, а Гази-Магомеду дал орден и звание паши. Надо учесть при этом, что объективно Шамиль в этом деле помогал Англии, так как в Лондоне, начиная войну, откровенно говорили о намерении «Крым, Черкесию и Грузию отдать Турции», а границу России отодвинуть «к северу от Терека и Кубани». Тогда же, в 1855 г., главнокомандующий османской армии Омер-паша пытался с помощью Шамиля собрать 40-тысячное ополчение адыгов Западного Кавказа, но последние не захотели сражаться за интересы османов.
Кавказ в то время оказался в центре различных международных интриг как западных держав, так и польской эмиграции, лидер которой князь Чарторыйский строил план создания широкого антирусского союза горцев Кавказа, донских казаков, украинских повстанцев и польской армии из числа дезертиров, покинувших российскую службу. Еще до этого польская эмиграция пыталась реанимировать планы создания «черкесского государства», в защиту «независимости» которого могли бы выступить державы Запада. Все эти фантазии не осуществились. В то же время характерно, что в боях против османов и англо-французов на Кавказе в 1855 г. участвовали воинские части из кавказцев общей численностью в 30 тыс. человек, включая добровольно сражавшихся 12 тыс. адыгов, абазинцев, балкарцев, карачаевцев, осетин и других уроженцев Северного Кавказа.
После окончания в 1856 г. Крымской (или, как ее иногда называют, Восточной) войны положение Шамиля сильно осложнилось. В августе 1859 г. при штурме аула Гуниб Шамиль был вынужден сдаться. После встречи с императором Александром IIего поселили в Калуге. С этого момента Шамиль призывал горцев сотрудничать с властями России. Отправившись в 1870 г. в Мекку, он там и умер. Символична была судьба его сыновей: Джамалутдин окончил в России кадетский корпус и дослужился до поручика уланского полка, Мохаммед-Шефи стал генерал-майором русской службы и кавалером многих орденов России, а Гази-Магомед и Мухаммед Кямиль эмигрировали в Османскую империю и стали генералами в армии султана. Кавказская война, прекратившись в Чечне и Дагестане, перекинулась на запад, на земли абхазов и адыгов, где продолжалась еще пять лет. Причиной этого явилась колониальная по своей сути политика царских властей, с одной стороны, закреплявших привилегии местных феодалов, а с другой — лишавших их реальной власти и поощрявших, начиная с 50-х годов XIXв., колонизацию приобретенных территорий Северо-Западного Кавказа русскими и украинскими переселенцами, особенно — донскими и кубанскими казаками, выходцами из Прибалтики и Германии, греческими и армянскими беженцами из Османской империи. Для целей колонизации царские власти отбирали земли у местных жителей, практически вытесняя их с побережья и из районов высокоурожайных земель.
Естественно, это должно было вызвать протест коренного населения, которое стало прислушиваться к османской агитации и проповеди газавата, хотя ранее оно было к ним сравнительно равнодушно. На этом фоне стоит отметить попытку старшин абадзехов, убыхов и шапсугов создать в июне 1861 г. нечто вроде центрального правительства адыгов — Меджлиса, которому подчинялись 12 округов. Однако Меджлис не был признан ни российскими властями, ни Англией, фактически свернувшей свою деятельность на Кавказе после Крымской войны. Завершение в 1864 г. Кавказской войны в этой связи было достаточно условным. В 1864 г. Абхазия, лишившись своего пусть и номинального, но все же национального правителя, превратилась в «Сухумский военный отдел» российской администрации. Это событие подхлестнуло колонизацию, тем более что в июне 1866 г. колонисты получили новые льготы и преимущества.
Новые меры царских властей лишь дополнили и продолжили тяжелые для всего Северного Кавказа последствия войны 1817—1864 гг. Эта война, помимо огромных людских потерь (только русская армия потеряла в ней около 25 тыс. убитых и свыше 65 тыс. раненых, 6 тыс. пленных, не считая умерших от ран или погибших в плену) и разорения кавказских аулов и казачьих станиц, наложила неизгладимый отпечаток на всю последующую историю Северного Кавказа, России, Ближнего Востока и даже юго-востока Европы. Одним из ее последствий стало переселение в Османскую империю, по разным данным, от 350 тыс. до 1 млн (некоторые авторы называют цифру даже в 3 млн) мусульман Кавказа — аварцев, адыгов, чеченцев, ингушей и других, где они с тех пор и живут, обычно называемые «черкесами», в Боснии, Албании, Болгарии, Турции, Иордании, Сирии и Ираке. России в дальнейшем пришлось держать на Кавказе до ЗОО тыс. солдат и тратить на освоение края 17% своего бюджета. Тем не менее, спокойствие на Кавказ возвращалось с трудом. Во время новой войны 1877—1878 гг. с османами народному хозяйству Абхазии был снова причинен значительный ущерб. Кроме того, усилившиеся антимусульманские опасения русских властей стали еще одним стимулом для эмиграции абхазов. В те же годы вспыхнуло новое восстание в Чечне, жестоко подавленное властями. Тысячи чеченцев погибли, многие были высланы в Сибирь, другие — эмигрировали в Османскую империю. Почти то же самое произошло с ингушами, чьи поселения вдоль стратегической Военно-Грузинской дороги были заменены казачьими станицами. В результате часть ингушей также эмигрировала, другая была оттеснена в горы.
Северный Кавказ постепенно становился частью Российской империи и включался в общероссийские экономические, социальные и культурные процессы. Это способствовало внедрению новых средств сообщения, модернизации традиционного хозяйства и бытовой культуры, совершенствованию землеустройства, управления и судопроизводства. Стал изживаться (к сожалению, очень медленно) дикий обычай кровной мести. Было отменено рабство, хотя на деле оно еще долго сохранялось (в 1863 г. в Кабарде рабов было в 5 раз больше, чем в Чечне и Ингушетии). Кое-где, например, у ингушей, феодалы продолжали эксплуатировать своих неимущих соплеменников — «лай» (холопов). Но это вполне вписывалось в систему установленного в первые десятилетия после Кавказской войны военно-бюрократического режима правления.
На рубеже XIX—XXвв. Северный Кавказ уже вполне интегрировался в экономическую жизнь Российской империи, став зоной совместного проживания как местных уроженцев, так и пришлого населения. Аулы местных горцев и казачьи станицы соседствовали с новыми поселениями переселенцев из центральной России и Украины, хозяйствами греческих и армянских садоводов, немецкими, эстонскими и иными колониями. Индустриализация края меняла его социальный облик: из всех этнических и религиозных групп формировались кадры промышленных рабочих, мастеров, техников, служащих, чиновников. Приобщение к русской культуре местной интеллигенции, нередко получавшей образование в России, связывало ее с духовными и культурными процессами в империи. В то же время эта модернизация и даже «европеизация» (через российский опыт) в значительной мере тормозились социальной отсталостью региона. На Северном Кавказе, в частности, в Дагестане, 32% земель находилось в руках царской казны, беков и мечетей. У каждого простого земледельца земли было в 46 раз меньше (включая леса и пастбища), чем у феодала. Освобожденные от крепостной зависимости (70 тыс. человек) и бывшие рабы (4,5 тыс.) земли не получили. Часть крестьян вплоть до 1913 г. оставалась в кабале. Основная же часть свободных землевладельцев вынуждена была, ввиду малоземелья, также арендовать землю у феодалов. Ведущие позиции в промышленности и торговле занимал русский, армянский, еврейский и азербайджанский капитал, а также иностранцы, успешно теснившие местную неокрепшую буржуазию.