В 1220 г. монголы вторглись в Карабах, а потом в Грузию и Армению, что привело к подчинению Грузии наследникам Чингисхана и гибели армянской государственности. Подвергшееся страшному разорению, Закавказье в целом стало объектом ожесточенной борьбы между тюрко-монгольскими ханами Золотой Орды и правившими в Иране монгольскими правителями Хулагидами. Оно сильно пострадало в XIVв. во время походов Тохтамыша и Тимура. Особенно тяжелый удар был нанесен Грузии походом 1403 г., после которого она так и не оправилась. Вскоре она распалась на независимые царства Картли, Кахети, Имерети и княжество Самцхе-Саатабаго. Тогда же, в XVв., Армения попала под власть племенных союзов кочевых тюрок Кара-Коюнлу («Черных баранов»), а затем Ак-Коюнлу («Белых баранов»), господствовавших на западе Ирана, в Ираке и на юге Кавказа. Уничтожение армянского населения, в том числе — большей части знати, захват ее земель военно-кочевой аристократией монголо-татар (в том числе — кипчаков, не раз вторгавшихся с севера в Закавказье), разрушение городов, привели к росту начавшейся еще в XIв. эмиграции армян в Грузию, Иран и особенно Малую Азию, где с конца XIв. существовало Киликийское Армянское царство во главе с династией Рубенидов (1080—1375). Часть армян перебралась в Крым и даже в Польшу. Некоторые оказались в Индии и Средней Азии.
Мусульманское население Закавказья также подвергалось эксплуатации и грабежу сменявшими друг друга завоевателями, однако — в гораздо меньшей степени ввиду религиозной и языковой близости кипчакам, огузам и татарам, составлявшим основу войск, завоевывавших Кавказ. Это же относится и к мусульманам Северного Кавказа. Впрочем, в самом начале монгольских походов на Кавказ кипчаки, обосновавшиеся в Предкавказье и тогда еще не принявшие ислам, разоряли Ширван и Арран, уже в значительной мере и тюркизированные, и исламизированные. В дальнейшем тюркизация и исламизация Восточного Кавказа (преимущественно территории современных Азербайджана и Дагестана), в меньшей степени — Северного Кавказа, продолжались вследствие постоянного наплыва тюрок с войсками монголов, Тимура, Ак-Коюнлу и Кара-Коюнлу. Пришельцы долгое время сохраняли племенную организацию, личную свободу и привилегированное положение. А на местных жителей, включая мусульман, распространялось действие указа (ярлыка) 1303 г. о прикреплении к земле, т. е. о закрепощении оседлого сельского населения.
В XVв. самостоятельность на Кавказе сохраняли лишь грузинские государства Картли, Кахети и Имерети, а также — Ширван, которым с 654 г. правили мусульманские властители, с 799 г. именовавшиеся ширваншахами. При династии ширваншахов Дербенди (1382—1538) Ширван со столицей в г. Шемахе стал процветающим центром земледелия, выделки шелка и тканей, важным международным торговым и культурным центром. В Шемахе имелись многочисленные шелкопрядильни, ткацкие и ковровые мастерские, предприятия по выделке бумаги, а также многочисленные фактории местных, арабских, персидских, хорезмийских, индийских, русских и западноевропейских купцов. Шемаха славилась также мастерами ширвано-апшеронской архитектурной школы, местной миниатюры, конкурировавшей с персидскими образцами, и декоративно-прикладного искусства. Здесь жили многие поэты и другие деятели культуры, в произведениях которых отражался процесс формирования азербайджанского этноса как за счет тюркизации местного ранее ираноязычного и другого населения, так и путем интеграции тюрок, пришедших из Средней Азии, Ирана и северокавказских областей. Этот процесс был во многом схож с аналогичным процессом формирования турецкого этноса в Анатолии. Однако именно в XVв. наметилось отделение тюрок Закавказья от малоазиатских прежде всего на основе постепенного обособления в XIVв. восточнотюркских наречий до того единого тюркоязычного комплекса Малой Азии, Ирана и Закавказья. Одним из ранних азербайджанских поэтов считается уроженец Шемахи Имадеддин Насими (конец XIVв. — начало XVв.). Он — среди первых авторов газелей на азербайджанском языке, отступивший от традиции писать стихи по-арабски или по-персидски. К XVв. относится и творчество Касима Энвера, ученого — географа Бакуви, как и создание шедевров азербайджанского зодчества — дворца ширваншахов в Баку, дворцового комплекса «Хешт-бехишт» (Восемь раев) в Тебризе и других.
Культурно-лингвистические различия дополнились (а во многом и порождались) историко-политическими процессами. Захватив в 1453 г. Константинополь, турки-османы активизировали свою экспансию за пределами Анатолии, в том числе — в бассейне Черного моря и на Кавказе. Подчинив себе Крым в 1475 г., они стимулировали экспансию Крымского ханства на Северный Кавказ, а также — набеги с целью работорговли по всему Черноморскому побережью Кавказа. Их нараставшее соперничество с Ираном не только ставило в отчаянное положение христиан Кавказа, прежде всего — грузин и армян, зажатых между двумя мощными мусульманскими державами, но сказывалось и на положении кавказских мусульман, исторически (а в XIII—XVвв. и политически) связанных с Ираном или, по крайней мере, с тюрками Ирана. Это обстоятельство также сказалось и на обособлении кавказских тюрок от анатолийских, и вообще на дальнейших судьбах Кавказа.
В истории Кавказа чрезвычайно важны были связи между самими кавказскими народами. Они в определенной мере затруднялись религиозными различиями, игравшими в эпоху Средневековья весьма значительную, иногда решающую роль. Существенны были географические и экономические факторы.
Так сложилось, что Западный Кавказ был изначально втянут в византийскую торговлю и вообще в сферу влияния (в том числе религиозного) Византии, в известной мере дополнявшегося влиянием и торговыми операциями генуэзцев. В то же время Восточный Кавказ и Дагестан были связаны главным образом с Ближним Востоком, прежде всего — с Арабским халифатом и Ираном. Северный Кавказ при этом оказывался яблоком раздора, тяготея в культурно-религиозном плане к Восточному Кавказу, но экономически и политически — к Западному. Даже в XIV—XVвв. там была весьма интенсивна генуэзская торговля. Но с падением Византии все изменилось и прежняя конкуренция ориентации, не лишенная религиозно-культурного содержания, превратилась к началу XVIв. в османо-иранское соперничество чисто политического свойства (несмотря на наличие также суннитско-шиитских разногласий).
При всей сложности внутрикавказских споров и давних счетов (например, у жителей равнин к горцам и у автохтонов к пришлым мигрантам) народы Кавказа всегда интенсивно общались друг с другом. Известно, что постоянно существовали экономические, культурные и прочие связи Северного Кавказа с восточным Закавказьем, что и определило во многом этнический облик последнего. В армии Грузии на разных этапах ее истории служили адыги (черкесы), аланы (осетины), лаки, ингуши, чеченцы, представители различных народов Дагестана. В то же время правители Дагестана, Кабарды, Осетии устраивали набеги на земли грузин, армян и прочих жителей равнин и долин. В XIVв. значительная часть осетин, спасаясь от монголов, переселилась в Грузию. Часты были случаи единения абхазов и кабардинцев, миграций аварцев и других этносов Дагестана, возникновения в Дагестане и Азербайджане смешанных поселений горцев разного происхождения, нанимавшихся на службу к карабахскому, кубинскому, текинскому и другим ханам. По разным причинам — политическим, экономическим, военным, природным и иным — неоднократно менялись места расселения различных групп кавказцев, например, таких как ногайцы (потомки кипчаков), адыги, кабардинцы, чеченцы, ингуши и другие. К началу XVIв. началось расселение армян среди северокавказских черкесов («черкесо-гаев»). Все эти процессы, иногда связанные также со стихийными бедствиями (землетрясениями, болезнями), иногда — с сезонными работами, были свойственны всему Кавказу. Поэтому, например, даже в Грузии, стране с наиболее прочной государственностью и компактным расселением государствообразующего этноса, также сложилось, как и в других регионах Кавказа, полиэтническое общество, включавшее помимо грузин, также армян и представителей других народов, в том числе — мусульман. Но, конечно, в наибольшей степени этнонациональная и политическая раздробленность была свойственна Северному Кавказу, где с VIIIв. насчитывалось множество мелких «царств», княжеств, бейств, ханств, общин, племен.
Важной частью истории Кавказа издавна были его связи с Россией. Первые сведения о славянах и русах обнаружены еще в армянских и грузинских источниках VII—XIвв., а сведения о Кавказе — в русских летописях XI—XIIвв. Русские товары отмечены на рынках Ганджи и Дербента еще в Xв., а во Владимирской и Псковских землях найдены арабские дирхемы IX—Xвв., чеканенные в Тбилиси. В более позднее время были известны шелка, драгоценности и оружие, доставлявшиеся из Шемахи прежде всего армянскими купцами. появившимися на Руси еще до ее крещения. Во многих источниках, в том числе —- в поэмах великого Низами Ганджеви, получили отражение русские походы 1025—1034 гг. на Баку, Дербент и Ширван. В то же время известно, что русские дружинники служили у эмира Дербента в Xв., а армянские воины — в войсках киевского князя Ярослава Мудрого в XIв. и галицкого князя Льва Даниловича в XIIIв.
Русь и Кавказ связывали также семейно-династические отношения. Князь Владимир Святой был женат на Анне, армянке по происхождению, сын Мономаха Ярополк, также как и Андрей Боголюбский, его брат Всеволод и киевский князь Мстислав — на аланских княжнах. Князь киевский Изяслав женился в 1154 г. на Русудан, дочери грузинского царя Дэ-метрэ, а знаменитая грузинская царица Тамара вышла замуж за Юрия, сына Андрея Боголюбского. Изгнанный через два года из Грузии по собственной вине, Юрий, по некоторым данным, потом правил небольшим уделом в Карабахе.