Педагогічні курси в навчальних округах мали дворічний термін навчання і п'ять профілів підготовки в залежності від спеціальності вчителів, при цьому для всіх однаково обов'язковим було вивчення невеликих курсів педагогіки з дидактикою. Заняття на курсах носили теоретичний і практичний характер. Кожен, хто закінчив курси зобов'язаний був написати і захистити «дисертацію» на задану тему і прочитати одну спробну лекцію. Крім того, у процесі навчання кожен слухач (він називався кандидатом) повинний був представити в піклувальну раду два твори – наукового і педагогічного змісту. Кандидати, що виявили особливі успіхи, одержували можливість на заміщення посад бакалаврів і доцентів в університеті; кандидати, що мали середні успіхи, спрямовувалися в середні навчальні заклади, а результати, що показали не цілком задовільні, визначалися на місця вчителів повітових училищ із правом наступного перекладу на роботу в гімназії на основі додаткового конкурсу.
Сам факт створення педагогічних курсів для підготовки вчителів середніх шкіл представляє позитивне явище, хоча кількість слухачів цих курсів було вкрай незначним. На вищі педагогічні курси в 1860 р. було виділено усього лише 67 місць зі стипендіями в 300–500 руб. у рік. В наступні роки кількість стипендіатів на курсах трохи збільшилося, але воно як і раніше було невелике. Так, у 1864 р. було засновано 259 стипендій на всю країну, з них для західних губерній –106, для інших –153 стипендії. Одночасно відбулося і зниження розміру багатьох стипендій до 142 руб. 80 коп. у рік.
Робота вищих педагогічних курсів із самого початку їхнього створення була організована незадовільно. Це викликало чергову дискусію про організації підготовки вчителів середніх шкіл і розробку нових проектів як у міністерстві народної освіти і його Ученому комітеті, так і в навчальних округах, університетах і в інших установах. Одні пропонували ввести особливі семінарські курси при деяких кафедрах університетів, інші вимагали відновлення Головного педагогічного інституту, треті рекомендували збільшити термін навчання на один рік для тих студентів, що готуються стати вчителями, четверті радили випускників університетів – кандидатів на педагогічні посади прикріплювати на річне стажування до гімназій, п'яті вважали за доцільне підготовку вчителів цілком і цілком покласти на університети без продовження терміну навчання і без додаткової роботи у гімназії і т.д.
Підвівши підсумки дискусії, Учений комітет міністерства народної освіти прийняв наступні рекомендації: готування до вчительського звання покласти на університети, у навчальних планах яких, починаючи з другого курсу, передбачити спеціальні заняття з кандидатами в педагоги; по закінченні університетського курсу «учительські кандидати» зараховуються на один рік до гімназії для практичних занять, після чого вони визначаються на посаді педагогів гімназій і прогімназій; контроль за практичною роботою цих кандидатів покласти на директорів і педагогічні ради гімназій; час занять зараховувати в загальну службу вчителя; загальне число стипендіатів для вчителів-кандидатів повинне бути не менш 300 при розмірі стипендії в 300–360 руб.; крім штатних стипендіатів у числі тих, хто готувався до вчительського звання можуть бути стипендіати інших відомств і особи, що складаються на власному утриманні.
У 1865 р. Учений комітет опублікував проект «Положення про готування вчителів гімназій і прогімназій». Але, що прийшов до керівництва міністерством народної освіти граф Д.А. Толстой домігся його скасування.
В наступні роки діячі народної освіти неодноразово поверталися до розгляду питань про статут, набір і контингенти учнів, організації навчальної діяльності педагогічних курсів. Однак 27 червня 1867 р. по представленню Д.А. Толстого було «высочайше повелено» їх зовсім закрити. Почалися пошуки «нових, більш зручних» форм підготовки вчителів для середніх шкіл, що продовжувалися багато років і безуспішно. [2.10; 75]
Готування вчителів середніх шкіл з мізерною педагогічною і методичною підготовкою стали проводити історико-філологічні і фізико-математичні факультети університетів. Університети давали студентам педагогічні знання, як правило, тільки, на факультативних педагогічних курсах і по урізаних програмах.
В другій половині XIX в. учителів гімназій, реальних училищ і інших середніх навчальних закладів, крім університетів, готували також інші вищі навчальні заклади, зокрема два історико-філологічних інститути – у Петербурзі і Ніжині.
У Петербурзі історико-філологічний інститут був створений у 1867 р. Це був закритий навчальний заклад, що готував для гімназій вчителів історії (з географією), російської мови і словесності, древніх мов. Термін навчання в ньому був чотири роки: два роки «теоретичних» і два роки «спеціального і практичного навчання». На чолі інституту знаходився директор, що був безпосередньо підлеглий міністрові народної освіти. Його заступником був інспектор із трьома помічниками – наставниками студентів. Інститут мав ученого секретаря, секретаря правління, екзекутора (він же економ), бухгалтера й інших працівників. У штат інституту входили 5 ординарних і 5 екстраординарних професорів, 5 викладачів і законовчитель. Навчальною частиною формально керувала професорська конференція, а господарської – правління. Річний бюджет інституту на початку його діяльності складав близько 90 тис. карбованців, з яких на зміст студентів відпускалося 25 тис. руб. При інституті в 1870 р. була відкрита гімназія.
В інститут приймалися особи, що досягли 17-літнього віку, що закінчили гімназії і духовні семінарії, що пройшли вступні екзамени по російській і древній мовам і не мають «моральних і тілесних недоліків». З 1877 р. абітурієнти, що мають в атестатах оцінку «4» по мовах, від вступних екзаменів звільнялися. Штатне число студентів складало 100 чоловік, однак крім штатних вакансій інститут мав 2–3 десятки стипендіатів від синоду, Кавказького, Віленського і Дерптського навчальних округів, Західного і Східного Сибіру.[2.10; 77]
Навчальний план інституту відображав офіційну тенденцію до класицизму в освіті. Він містив у собі закон божий, філософію (із психологією, логікою й історії-філософії), педагогіку і дидактику, грецьку мову і грецьку словесність, латинську мову і римську словесність, росіянку словесність з історією церковнослов'янської і російської мов, загальну історію, німецька і французька мови.
Студенти інституту піддавалися посиленій ідеологічній обробці в дусі вірності цареві і самодержавно-становому ладові. Для перевірки знань призначалися так називані репетиції, іспити (по всіх предметах за навчальний рік), домашні читання і курсові твори. На третьому і четвертому курсах навчання студенти інституту розділялися на наступні «розряди» (відділення): древніх мов, російської словесності (з 1864 по 1884 р.), історії (з 1869 по 1875 р.), історії і географії (з 1875 р.).
Невстигаючі студенти або залишалися на другий рік, або відчислялися з правом підготовки до іспиту на звання вчителя повітового училища. Студенти, що зі своєї ініціативи залишали інститут до закінчення повного курсу, повинні були сплатити за весь період навчання до 400 руб. за рік. Випускники інституту, відзначені звання вчителя гімназії, після річної роботи мали право здавати іспиту на магістерську ступінь. Термін обов'язкової служби складав 6 років.
За 1867–1900 р. Петербурзький історико-філологічний інститут випустив 562 педагога, з них абсолютна більшість працювали викладачами древніх мов.
Учителів гімназій готував також Ніжинський історико-філологічний інститут князя Безбородько, що виник у 1875 р. на базі юридичного ліцею. Він користувався такими ж правами, як і Петербурзький інститут, але підкорявся попечителеві Київського навчального округу. Контингент студентів і в цьому інституті був невеликим: спочатку 100, а в наступні роки 40–42 чоловік. За 1875–1900 р. інститут випустив 321 учителя. Інститут утримувався на кошти державного казначейства (70–75 тис. руб. у рік) і асигнування засновників ліцею (14,2 тис. руб. у рік). При інституті працювала гімназія з пансіоном. У її чотирьох «вищих класах» училося і виховувалося 120 стипендіатів – і майбутніх студентів інституту.
Організація навчального процесу в інституті князя Безбородько була приблизно такий же, як у Петербурзькому історико-філологічному інституті. Педагогічні науки в інституті недооцінювалися. Директор інституту Н.Е. Шпаків вважав, що в роботі вчителя педагогічна теорія не має значення. Незначну частину вчителів древніх мов у цей час випускали також вчительський інститут слов'янських стипендіатів (для слов'ян-іноземців, що закінчили закордонні університети) і Лейпцігська філологічна семінарія, створена в 1873 р. при Ціль інституту складалася в готуванні «знаючих викладачів» стародавніх мов для середніх і вищих навчальних закладів Росії. Лейпцігському університеті і при Ціль інституту складалася в готуванні «знаючих викладачів» стародавніх мов для середніх і вищих навчальних закладів Росії. перетворена пізніше в Російський філологічний інститут. У 1884 р. було затверджене Положення про цей інститут. Ціль інституту складалася в готуванні «знаючих викладачів» стародавніх мов для середніх і вищих навчальних закладів Росії. Термін навчання був 3 роки, для випускників, що мають відмінні оцінки і бажають одержати магістерський ступінь, – 4 роки. В інституті могло навчатися 15 стипендіатів міністерства народної освіти Росії і 15 вільних студентів. В інститут приймалися росіяни піддані; гімназії, що закінчили, інститути і ліцеї. Інститутом керували директор і два його помічники (ад'юнкта). У ньому вивчалися, крім стародавніх мов, греко-римська література, історія древньої філософії, римська і грецька історія, стародавності і міфологія, деякі спецкурси. Інститут утримувався на рахунок кошт міністерства народної освіти Росії. Цей «мертвонароджений інститут», як його називала передова російська педагогічна громадськість, був закритий у 1890 р.