Ключові позиції в системі російської вищої школи кінця XIX – поч. XX ст. належали навчальним закладам, що готували кадри обслуговування державного апарата імперії, а саме університетам, школам університетського типу (юридичні, педагогічні, медичні), військовим і військово-морським, богословським. Соціально вони були зорієнтовані переважно на дворянсько-чиновницький контингент учнів, що одержали середню освіту в класичних гімназіях.
У російській системі вищої освіти ведуче місце по науково-педагогічному рівні професорсько-викладацького складу і числу студентів належало університетам у Варшаві (1869), Казані (1804), Києві (1834), Москві (1755), Одесі (1865), Пермі (1916), Петербурзі (1819), Саратові (1909), Томську (1880), Харкові (1805), Юр'єву (1632; до 1893 р. – Дерпт). Вони готували в основному юристів, учителів середньої школи, лікарів.[2.3; 128]
Наприкінці XIX – початку XX ст. університетська система переживала глибоку кризу, оскільки, за словами В.И. Вернадського, не могла «пристосовуватися до тих зовнішнім рамкам життя, які зараз панують у країні». Про це говорить загальмованість розвитку мережі університетів – всього 11, з яких тільки два виникли на початку XX ст. – Саратівський і Пермський. Фактично незмінною залишилася їхня організаційна структура. Вона складалася з фізико-математичного (із природним і математичним відділеннями), історико-філологічного (з історичним і словесним відділеннями), юридичного і медичного факультетів. Виключення складали східний факультет у Петербурзькому і богословський у Юр'євському університетах. Однак і цим складом факультетів володіли не всі університети. Саратівський діяв у складі одного медичного; у Томськом були відсутні фізико-математичний і історико-філологічний, а в Петербурзькому – медичний. Уряд так і не прийняло мір до їхнього заповнення. Без належної його уваги залишилися пропозиції наукової, торгово-промислової громадськості про включення в структуру університетів факультетів народногосподарського профілю. Безуспішно професорські колегії клопотали про відкриття нових кафедр, про офіційне розширення навчальних програм.[2.3; 128]
По програмах викладання і внутрішніх розпорядків фактично одно – факультетним університетом був Демидівський юридичний ліцей у Ярославлі.
Під особливим заступництвом царського прізвища складалися аристократичні юридичні школи: Олександрівський ліцей (колиш. Царськосільський, 1811), училище правознавства (1835), Ліцей в пам'ять цесаревича Миколи (Катковський) (1869). Перші два призначалися тільки для дворянської еліти. Катковський ліцей був усестановим. Навчання в них було надзвичайно дорогим (до 800 карбованців у рік). Ліцеї мали однотипну організацію: були закритими навчальними закладами з гімназичними і трирічними вищими юридичними класами. З їхніх стін вийшли багато ієрархів царської адміністрації, видатні діячі вітчизняної культури.
Фахівців зовнішньополітичних служб у країнах Сходу, чиновників внутрішньої колоніальної адміністрації випускали навчальні відділення східних мов Міністерства закордонних справ (1828), Лазаревський інститут східних мов у Москві (1848). У 1899 р. у їхню групу ввійшов Східний інститут у Владивостоці.[2.3; 128]
Дворічне Навчальне відділення східних мов МЗС готувало «драгоманів» (перекладачів) для російських посольств, місій, консульств у країнах Ближнього і Середнього Сходу, а також Південно-Східної Європи і Північної Африки, що інколи знаходилися під Османським пануванням. У студенти відділення приймалися, що закінчили з відзнакою східний факультет Петербурзького університету і спеціальні класи Лазаревського інституту східних мов, православні, росіяни по підданству і походженню. Комплект слухачів не перевищував 10 чоловік.
У 1883–1910 рр. при Навчальному відділенні східних мов діяли трирічні курси східних мов для офіцерів «усіх видів зброї» з подібною програмою і з комплектом курсантів у 5 чоловік.
Лазаревський інститут східних мов у Москві був центром навчання вірменів з російських підданих і «закордонних». Приймалися також юнаки інших національностей. Інститут складався з «гімназичних» і трирічних «спеціальних» класів, прирівняних до вищого навчального закладу. Крім закінчивших гімназичне відділення студентами останніх приймалися юнаки «усіх станів, без розходження і віросповідання» з атестатом зрілості або рівнозначним свідченням.
Заняття в інституті здійснювалися на кафедрах вірменської, турецько-татарської, арабської, перської словесності, російської, грузинської мов, практики перської, турецької й арабської мов, східної каліграфії. Випускники інституту спрямовувалися на дипломатичну службу в країни Ближнього і Середнього Сходу, поповнювали корпус чиновників кавказької адміністрації, обирали наукове поприще.
Чиновників вищої кваліфікації для адміністративних і торгово-промислових установ Східно-азіатської Росії і суміжних з нею держав готував Східний інститут у Владивостоці. Він складався з китайсько-японського, китайсько-корейського, китайсько-монгольського і китайсько-маньчжурського відділень. В інституті малося також військове відділення, де навчалися офіцери, включаючи і тих, які закінчили військові академії. Вони поповнювали розвідувальні служби в армії, виконували військово-дипломатичні функції.
У 1897 р. у Петербурзі відкрився Жіночий медичний інститут. Спочатку його задача була в тім, щоб «доставляти особам жіночій статі медичну освіту, переважно пристосоване до лікування жіночих і дитячих хвороб і до акушерської діяльності». Курс навчання був розрахований на 5 років. Випускниці інституту одержували професійне звання «жінка-лікар» із правом лікарської практики і заняття різних лікарських посад, але без прав державної служби. У 1904 р. було затверджено нове положення про Жіночий медичний інститут. По програмах викладання він прирівнювався до медичних факультетів університетів, оскільки став не тільки готувати фахівців з жіночих і дитячих хвороб, але і випускати лікарів широкого профілю. Слухачки одержували, як і випускники університетів, звання лікаря, «зі всіма наданими цим званням правами на медичну діяльність і службу, крім прав по чиновиробництву».[2.3; 129]
Мало відрізнялася від університетської програма викладання у Військово-медичній академії (1798). До 1912 р. це був напіввійськовий навчальний заклад, що готував лікарів «переважно для військового і морського відомств». Частина її випускників, однак, йшла на цивільну службу. У студенти академії приймалися тільки власники атестатів зрілості, а також випускники фізико-математичного і студенти медичних факультетів університетів. З 1905 р. почався також прийом тих, які закінчили загальні класи Пажеського і кадетських корпусів. У 1912–1913 р. академія була перетворена в повноправний військово-навчальний заклад для підготовки лікарів тільки для збройних сил.
Поповненням викладацького корпуса середніх навчальних закладів, чинів навчальної адміністрації поряд з університетами займалися спеціальні педагогічні вищі навчальні заклади – Петербурзькі і Ніжинський історико-філологічні інститути, Педагогічний інститут ім. П.Г. Шелапутіна, Жіночий педагогічний інститут.
У цілому в 1913/14 навчальному році в університетах і школах університетського класу навчалося більш 41 тис. студентів.
«Закриті церковні училища» – київська (1701), Московська (1775), Казанська (1797), Петербурзька (1797) православні духовні академії давали вищу богословську освіту переважно юнакам, з відзнакою закінчившим духовні семінарії, і в набагато меншому числі – випускникам світської середньої школи, також з вищими балами в атестатах. Курс навчання був чотирирічним. У 1913/14 навчальному році в академіях навчалося 964 студента.[2.3; 130]
Особняком від православних духовних академій стояв Жіночий богословсько-педагогічний інститут у Московському Скорбящінському монастирі, відкритий у 1914 р. за рішенням св. Синоду. Він мав на меті «доставляти вищу богословсько-педагогічну освіту жінкам і підготовляти начальниць, виховательок і вчительок для середніх жіночих духовно-навчальних закладів». Випускниці інституту повинні були підняти «недостатній» освітній рівень педагогічного персоналу єпархіальних училищ, а також сприяти «задоволенню потреб православної церкви, переважно місіонерського характеру». Діяли в Російській імперії також Римсько-католицька (1872), Армяно – григоріанська академії. Пасторів євангелічної церкви готував богословський факультет Юр'євського університету.
Наприкінці XIX – початку XX ст. у державній системі вищої освіти як і раніше діяв єдиний навчальний заклад, що служив кстетичним потребам суспільства, – Вище художнє училище живопису, скульптури й архітектури Академії мистецтв (1764). Воно складалося з мальовничо-скульптурного й архітектурного відділень. В училище приймалися «без розходження станів» випускники малювальних шкіл і училищ по конкурсі атестатів. Ті, хто не художньої освіти при вступі проходили через конкурс по малюванню. У 1914 р. в училище було 260 студентів, у тому числі 19 жінок.
Не відбулося істотних змін і в складі вищих військових навчальних закладів. До найстарших академій Генерального штабу (1832), Артилерійської (1820), Інженерної (1819), Військово-юридичної (1867), що готовили штаб-офіцерів (починаючи з майора) сухопутних збройних сил, у 1900 р. додалася Інтендантська (до 1911 р. – інтендантський курс).
Вищий ешелон корпуса офіцерів військово-морського флоту поповнювався випускниками Морської академії (1877); Морського інженерного училища (1894; до 1896 р. – Технічне училище Морського відомства); у трирічних «спеціальних класах» Морського кадетського корпуса (1701; з 1916 – Морське училище) – закритого привілейованого, навчального закладу для дітей морських офіцерів, потомствених дворян, майбутніх гардемаринів і мічманів корабельної стройової служби.
До 1914 р. у військово-сухопутному і військово-морському вищому навчальному закладах числилося 1300 слухачів.