Вскоре Ф. Скорина по приглашению последнего магистра Тевтонского ордена прусского герцога Альбрехта посещает Кенигсберг. Однако в это время в Вильне во время пожара, уничтожившего две трети города, сгорела типография Скорины. Пришлось, несмотря на гнев герцога, возвращаться. Драматические события на этом не закончились. Во время пожара погибла его жена. Годом раньше умер старший брат, наследник коммерческого дела отца. Его кредиторы, польские "банкиры", предъявили долговые претензии Франциску, и он оказался в тюрьме. Правда, через несколько недель королевским указом был освобожден, взят под королевскую опеку, юридически приравнен к шляхетскому (дворянскому) сословью. Монарх выдал ему специальную привилегию: "Пусть никто кроме нас и наследников наших, не имеет права привлекать его к суду и судить, какой бы не была значительной или незначительной причина его вызова в суд…" (Заметьте: опять королевская милость).
Издательская и просветительская деятельность не принесли Ф. Скорине дивидендов, скорее истощили его первоначальный капитал. Умирает и покровитель - виленский епископ. Франциск отправляется в Прагу, где становится садовником у короля Фердинанда 1 Габсбурга, который позже станет императором Священной Римской империи. Можно задаться вопросом: что за необычное превращение врача и издателя в садовника? Объяснение простое: скорее всего Ф. Скорина был ботаником-садоводом. В те времена медицинское образование включало в себя и познания в области ботаники. По некоторым архивным данным Скорина в Праге специализировался на разведении цитрусовых и трав для врачевания.
Сохранилась переписка чешского короля со своим секретарем, из которой выясняется, что "итальянский садовник Франциск" (так называли там Ф. Скорину) служил не до конца своих дней, а только до июля 1539 года. Именно тогда король удостоил его прощальной аудиенции.
Спустя 13 лет Фердинанд издал грамоту, в которой сообщалось, что "доктор Франтишек Рус Скорина из Полоцка, который некогда жил, наш садовник, в этом королевстве Чешском был чужестранцем, - сошел на вечный покой и оставил после себя сына Симеона Руса и определенное имущество, бумаги, деньги и прочее, ему принадлежащее". Король приказал всем служащим государства помогать сыну Скорины при получении наследства. Архивы свидетельствуют, что Симеон унаследовал и искусство отца: был практикующим врачом и садовником.
Чем занимался перед смертью "Франциск из славного места Полоцка", возвратился ли он к издательскому делу, история умалчивает.
Все тот же Вл. Вл. Агневич устанавливает точную дату и место смерти Ф. Скорины - 21 июня 1551г. в г. Падуя.
Специфическое общественное бытие белорусских горожан в системе феодального строя обусловливает возникновение в их сознании новых социально-нравственных ориентиров и ценностей. В городской среде наряду с богатством, сословными привилегиями все большее значение начинает придаваться индивидуальным достоинствам человека, его энергии, уму, моральным добродетелям. В связи с этим растет престиж профессионального мастерства, образованности, знания. Некоторые богатые горожане начинают выступать в роли меценатов, проявлять определенную заботу об отечественном образовании, книгопечатании, науке. Не удивительно поэтому, что именно городская среда выдвинула одного из наиболее выдающихся деятелей белорусской культуры и общественной мысли XVI в. - Франциска Скорину. Появление такой личности в истории белорусской культуры в философско-общественной мысли было возможно только в условиях развитого города. Весьма симптоматично также, что издательская деятельность Скорины в Праге и Вильно осуществлялась при финансовом содействии богатых виленских горожан-белорусов.
В течение XIV-XVI вв. формируется белорусская народность. Образование белорусской народности совершалось на базе западной ветви древнерусской народности, которая в период распада Киевской Руси сохранила многие свои племенные, хозяйственно-экономические, бытовые, языковые и другие отличия. На основе целого комплекса источников современные советские исследователи пришли к выводу, что "белорусская народность, так же как народности русская и украинская, ведет свое происхождение от единого корня - древнерусской народности, ее западной части. Древнерусская народность явилась общим этапом в истории всех трех братских народностей, и в этом состоит особенность этногенеза восточных славян в отличие от других народностей, образовавшихся непосредственно от консолидации первичных племен". Формирование белорусской народности осуществлялось в основном в составе нового государственного образования - Великого княжества Литовского, причем решающее значение в этом процессе имело социально-экономическое и политическое развитие белорусских земель. Этнической основой генезиса белорусов являлись потомки дреговичей, днепро-двинских кривичей и радимичей. Вместе с ними в состав белорусской народности вошла часть бывших северян, древлян и волынян. В этногенезе белорусов участвовал и определенный балтийский субстрат, однако он не играл существенной роли. В рассматриваемый период формировалась культура белорусской народности, складывались особенные черты национального языка, что находило отражение в письменности, в том числе и в произведениях Скорины. В то же время процесс формирования белорусской народности и его культуры осуществлялся в тесной связи с экономической, социально-политической и культурной жизнью русского, украинского, литовского и польского народов.
Великое княжество Литовское было не только многонациональным, но и разнорелигиозным государством. Основная масса населения-белорусы и украинцы являлись православными. Литовцы же, по крайней мере до 1386 г., были язычниками. После Кревской унии начинается католизация Литвы. Католицизм, которому покровительствует великокняжеская власть, проникает в белорусско-украинские земли и постепенно завоевывает там одну позицию за другой, с самого начала выступая в качестве средства укрепления власти феодалов над белорусскими, украинскими и литовскими крестьянами и горожанами, средства реализации социально-политических притязаний польских магнатов и экспансионистских замыслов Ватикана. С середины XVI в., в связи с реформационным движением, в Белоруссии и на Украине утверждается протестантизм в форме кальвинизма, частично лютеранства и антитринитаризма. Временно усиливается его влияние на белорусских, литовских и украинских феодалов, горожан, незначительное число крестьян. Однако в конце XVI-начале XVII в., напуганное усилившимся антифеодальным и национально-религиозным движением, радикализмом Реформации, большинство феодалов порывает с протестантизмом и переходит в католицизм. Здесь же следует отметить, что в силу сложившихся исторических обстоятельств некоторая часть белорусских и украинских горожан и крестьян также принадлежала к католическому вероисповеданию. Помимо существовавших в Белоруссии, Литве и на Украине православия, католицизма и протестантизма в конце XVI в. вводится униатство. И наконец, живущие в пределах Великого княжества Литовского евреи и татары исповедовали соответственно иудаизм и ислам.
На рубеже XV-XVI вв., как свидетельствуют источники и имеющаяся по этому вопросу литература, западное православие находилось в состоянии, близком к кризисному. Православное духовенство (в особенности его высшие слои) всю энергию направляло на расширение своих земельных владений, увеличение привилегий. Оно мало заботилось не только о просвещении, культуре, но и о самой религии. Источники конца XV - начала XVI в. свидетельствуют о "великом грубиянстве и недбалости" православных священников.
Скорина начинал свою деятельность в то время, когда противоречия между православием и католицизмом и стоящими за этими двумя религиями социальными силами в достаточной степени еще не обострились. Между тем со второй половины ХVI в. усиливается процесс феодально-католической реакции. Активизируется деятельность католической церкви и ее авангарда-ордена иезуитов, возглавляемых и направляемых Ватиканом. В течение второй половины XVI-XVII в. католическая церковь в Великом княжестве Литовском при поддержке королей и феодалов стала не только крупным земельным собственником, но и предпринимала довольно успешные попытки взять в свои руки все средства идеологического воздействия, приобрести монополию на образование, сконцентрировать в своих руках типографии, установить строгую цензуру печати и т.д.
Тесно связанный со своей классовой средой, ее идейными устремлениями, Скорина не является случайной фигурой в истории культуры, общественной и философской мысли восточнославянских народов, он выступает как идеолог прогрессивных слоев общества, сумевший заглянуть в историческую перспективу, наметить некоторые существенные моменты последующего развития общества.
Именно Скорина первым начертал для отечественного просвещения образовательную программу "семи свободных наук", которая затем была взята на вооружение братскими школами, развита и усовершенствована профессорами Киево-Могилянской и Славяно-греко-латинской академии и сыграл значительную роль в развитии восточнославянской системы образования, философской мысли, сближении отечественной культуры с культурой Запада.
Ф. Скорина стоял у истоков духовного секуляризма и европеизации.
Издатель знаменитой “Библии русской", просветитель-книжник. Для Скорины Библия - свод богооткровенных знаний и источник “седми наук вызволеных” - грамматики, логики, риторики, музыки, арифметики, геометрии и астрономии. Для овладения грамотой рекомендовалось чтение Псалтыри, логикой - Книги Иова и Посланий апостола Павла, риторикой - Притчей Соломоновых и т.д.