А тим часом у засобах масової інформації поширювалися конфронтаційні настрої щодо екзарха Олексія та його собору єпископів як ставлеників Москви”.У свою чергу, Олексій звинувачував Полікарпа як єресіарха" та "незаконного адміністратора", якому він ніколи не підпорядкується. Серед православного населення поширювалися чутки про "порушителів церковного миру", які "створюють анархію", здійснюють "надзвичайно шкідливу і для церкви, і для українського народу роботу". Як з однієї, так і з іншої церковної сторони стверджувалося, що очевидними в цій "роз'єднуючій" роботі є "методи залякування, обману, насильства, терору".
24 січня 1942 р. архієпископ Полікарп був прийнятий заступником рейхскомісара Е. Коха ландесгауптманом фон Ведельштадтом.„ Інформація, про цю аудієнцію була оприлюднена в газеті "Волинь". У ній містилося фото візитерів, їхні запевнення у цілковитій лояльності щодо німецької влади, готовності до "співпраці для великого діла". Було висловлене побажання "повноти сил духовних і фізичних та незмінного успіху для остаточної перемоги над ворогами Сходу і Заходу... великого вождя німецького народу - Адольфа Гітлера". Адміністратор УАПЦ запевнив чиновників з рейхскомісаріату, що "за ту перемогу, разом зі своїми вірними, до духовної опіки над якими мене покликано, зноситиму молитви до всемогутнього Господа". Ця публікація викликала нову хвилю документів - відгуків з Волинської духовної консисторії Автономної православної церкви, в яких доводилася неканонічність статусу єпископа Полікарпа.
Дійсно, стосунки між ієрархами двох церков весною 1942 р. набули такого загострення, що це вже викликало незадоволення німецької окупаційної влади. Німецькі аналітики, які готували щомісячні звіти про суспільно-політичну ситуацію на окупованих теренах України й обов'язково включали до них Ґрунтовний виклад подій релігійно-церковного життя, в одному з них, за травень 1942 p., відзначали, що від місцевого населення до німецьких установ надходить дуже багато анонімних заяв. Практикою, "виплеканою свідомо й систематично в більшовицький час", вони кваліфікували мету більшості з тих заяв, автори яких звинувачували сусіда чи конкурента, обмовляючи його перед чинною владою. На жаль така практика виявилася притаманною й окремим ієрархам українських православних церков. Найгіршим було те, що з площини церковно-канонічної полеміка майже відразу змістилася в політичну - надзвичайно небезпечну в умовах іноземної окупації. Якщо собор єпископів Автономної православної церкви в своїх відозвах Українську автокефальну православну церкву кваліфікував "сектою липківців", проголошував усіх її єпископів, пресвітерів і дияконів "безблагодатними", то собор єпископів УАПЦ називав своїх опонентів "псевдособором" і "москвофілами”. Нерідко на адресу духовенства автономного православного напряму з боку ієрархів УАПЦ висловлювалися звинувачення в тому, що вони нібито є агентами НКВС.
15 березня 1942 р. митрополит Олексій розіслав по підлеглих йому парафіях відозву, в якій гостро засуджував антифашистський виступ в англійських часописах місцеблюстителя московського патріаршого престолу митрополита Сергія.
У цій відозві зокрема стверджувалося, що "з приходом німецьких військ на наші землі знову привнесено в повній мірі гноблену більшовиками свободу віри і церкви... Православна церква в Україні тішиться нині, під німецькою охороною, свободою і підтримкою, яких вона потребує для сповнення Божих цілей, і хто б не виступав з іншими твердженнями, йому не вдасться цієї справи порушити".
Немає підстав твердити, що митрополит Олексій був нещирим у цитованих висловлюваннях, але те, що ця відозва була замовлена окупантами, не викликає сумніву. Вона стала вимушеним виявом лояльності, засобом доведення окупаційній владі безпідставності тверджень ієрархів УАПЦ про "москвофільство" та "русифікаторство" Православної церкви автономного напряму.
Ці спостереження та висновки підтверджуються й тим, що в наступній відозві, яка вийшла з Волинської духовної консисторії 20 березня 1942 р. й була адресована підпорядкованим їй благочинним, містився заклик "до офірної і відданої праці на ниві Христовій, з теплою молитвою, щоби Господь заховав свою св. церкву цілою і непорушною і дав скору перемогу над безбожною владою величному вождю непереможних військ Германії, визволивших від панувавшого безбожжя".
Стосунки між церквами ускладнилися ще більше, коли 8 квітня 1942 р. владика Полікарп піддав сумніву щирість відгуку глави АПЦ на антифашистську заяву митрополита Сергія. Він назвав її "відозвою тактичного характеру" і вже не вперше кваліфікував ієрархів Автономної православної церкви "купкою москвофілів", "облудними ренегатами", "чужою українському народові ієрархією”.
У лютому 1942 р. архієпископ холмський і підляський Іларіон охарактеризував стан в українському православ'ї як "розвал, хаос і неспокій у Церкві". Він з гіркотою писав митрополиту Діонісію: "...Скрізь кинули брата на брата, скрізь пішла неперебірлива безбожна агітація, в часописах появилися статті, в яких деяких наших братів у Христі... називають слугами НКВС".
Своє ставлення до розділення українських християнських церков та особисте бачення шляхів їх виходу з гострої кризи висловив наприкінці 1941 р. митрополит Греко-католицької церкви Андрей Шептицький у своєму архієрейсько-пастирському листі "До високопреосвященних і преосвященних православних архієреїв на Україні і на українських землях". Цей лист був розісланий усім православним владикам, в якому він закликав їх висловити "свою гадку" з приводу того, що "до осягнення наших національних ідеалів треба нам єдности...". Митрополит Шептицький писав: "Між роздорами, що ділять українців, не останнє місце займають релігійні справи, в яких ми тепер поділені", а "...релігійна єдність була б могутнім товчком в осягненні національної єдності".
Варте особливої уваги й те, що заклики до "церковної єдності", "поєднання", на нагальній необхідності яких наполягав глава українських греко-католиків, стосувалися не лише греко-католицько - православних взаємин, а й відносин між самими православними, які, за словами архієпископа Іларіона, виявилися скрізь кинутими "брат на брата"68' Глава Мінських греко-католиків вважав, що для подолання "поділення" українських церков потрібно дуже багато зробити, але чи не найперше "мусимо уступити від усього того, що може бути перешкодою в поєднанні, уступити так далеко, як нам тільки совість дозволяє".
Більшість православних владик, які в той час через власні суперечності виявилися дуже далекими від справи поєднання двох українських християнських конфесій, проігнорували цього листа. В їхньому розумінні про об'єднання церков могло йтися тільки в контексті "повернення уніатської церкви в лоно Української православної церкви". Глава Автономної православної церкви митрополит Олексій у листі від 16 червня 1942 р. дипломатично відповів владиці Андрею, що "...може і потрібна на землі ота різноголосиця і в релігійних поглядах, ж недаремно кажуть, що красота аключається в різноманітності". „Наше поєднання митрополит Олексій теоретично допускав, оскільки "ніщо не може перешкодити тому в думках", але "практично це поєднання - з точки зору глави АПЦ - могло б здійснитися тільки тоді, коли не буде гріха й ушкодження людської природи". Владика Олексій наголосив, що "тільки Всесильний може всемилостиво дати... чудо-поєднання", про що, з його слів, "можемо молитися".
Іншою виявилася реакція на цей заклик до обміркування проблеми поєднання українського православ'я і греко-католицизму в єдину церкву архієпископа Автономної православної церкви Пантелеймона (Рудика). Екуменічні ініціативи А.Шептицького він назвав "чисто єзуїтськими" й зауважив: "...Нам знайомі ці єзуїтські методи".
Оскільки глава Греко-католицької церкви так і не отримав конструктивних відгуків на свій лист-пропозицію до православних владик з приводу церковного поєднання, то він наприкінці 1941 - на початку 1942 pp. звернувся з подібними листами до провідних українських світських діячів з тим, щоб цей заклик був доведений до широких верств громадянства.
У листі до "високоповажного добродія" Степана Скрипника в м. Рівне, датованому 20 січня - 30 березня 1942 p., митрополит Андрей Шептицький наголошував, що "зближення" і "навіть... цілковите з'єднання" православним і вигідніше, аніж греко-католикам, оскільки "кандидатом на престол в Києві може бути православний чи автокефальний архієрей", і за умови "утворення патріархату" він би "зостав патріархом, з'єднаним вселенською церквою, і наша ціла церковна провінція Галицька була б йому підчинена". "На жаль, цього листа С.Скрипник тоді не отримав, і тому широкі верстви громадянства" України про наміри, зусилля та сподівання митрополита Андрея Шептицького щодо приведення до об'єднання церков-сестер дізналися лише через десятиріччя.
Конфронтація між Олексієм і Полікарпом, а також церковними течіями, які вони очолювали, помітно загострилася після того як собор єпископів Автономної православної церкви 1 березня 1942 р. ознайомив маси парафіян з "необхідним канонічним роз'ясненням, в зв'язку з ухвалою про приєднання липківського священства в сущім сані". У ньому, зокрема, наголошувалося, що "...приєднання липківського священства в сущім сані" є грубим порушенням священних канонів, бо воно того сану не має взагалі. Акцентувалася увага на тому, що "великий гріх перед церквою звершили ті, хто порушив св. канони постановою о "липківцях". Більше того, собор єпископів Автономної православної церкви твердив: "Возстановителі "липківщини" самі стають "липківцями".