Після ув’язнення Я. Домбровського керівництво центрального національного комітету (ЦНК) перейшло до більш поміркованого публіциста А. Гіллера (1831 - 1887). Однак ЦНК продовжував опрацьовувати план і програму повстання. [2.2.; 395.] У липні 1862 р. ЦНК поширив таємну інструкцію, яка формувала мету і завдання повстання. Політичною метою загальнонаціонального повстання була відбудова Польщі в кордонах 1772 р. На думку авторів програми, незалежна Польща повинна була стати державою трьох народів - польського, литовського і “руського" (білорусів та українців), в якій всі громадяни отримають рівні права і свободи, селяни - землю, яку обробляють, а землевласники - винагороду з державного фонду за втрачені селянські повинності. ЦНК проголошував себе “таємним урядом", який вимагав від населення виконання всіх своїх розпоряджень, зокрема сплати обов’язкового національного податку для підготовки повстання. Розпочалася розбудова нелегального державного апарату. [3.7.; 328.]
Керівники ЦНК З. Палевський і А. Гіллер восени 1862 р. виїхали до Лондона, де мали зустріч із закордонними представниками російської таємної організації “Земля і воля” О. Герценим, О. Огарьовим, М. Бакуніним. Тут вони представили політичну програму, яка передбачила або вільне поєднання поляків, українців і літовців в одній державі, або право вибору кожним з народів самостійного шляху розвитку Російські демократи пристали на ці пропозиції і зобов’язалися підтримати польське повстання. [3.9.; 515.]
Незважаючи на розбіжності в середовищі змовників, на кінець 1862 р. повстанська організація була розбудована і налічувала понад 20 тис. членів. Серед них переважали шляхта, інтелігенція, духовенство, службовці, міщани і ремісники; селян до організації не залучували. Натомість у селянському середовищі активно поширювалися листівки з роз’ясненням мети майбутнього повстання і соціальними обіцянками. Наприкінці 1862 р. за кордон були скеровані спеціальні агенти, які мали на одержані від національного податку кошти закупити і доставити до королівства зброю та необхідні матеріали. Повстання було призначене на кінець 1863 р. [3.7.; 329.]
Плани “червоних" були відомі А. Вельопольському і російським властям. Голова уряду дізнався, що “червоні” створили підпільну організацію, яка готує повстання, і що збройний виступ призначено на весну 1863 р. Вельопольський виступав проти боротьби з Росією, а тому вирішив запобігти цьому виступу. З його ініціативи влада провела позачерговий рекрутський набір, але не серед селян і не шляхом жеребування, як завжди, а за спеціальними списками, куди заносили найбільш “політично неблагонадійних" молодих чоловіків, переважно з великих міст. Водночас було прийнято рішення сконцентрувати підрозділи царських військ у найбільших населенних пунктах (Лодзь, Плоцк, Люблін, Кетянка та інших) [Додаток № 7.]
З таких обставин керівний орган “червоних" - Центральний Національний комітет - вирішив вивести до лісу всіх осіб, що підлягали призову, й прискорити підготовку повстання. Воно розпочалося в ніч з 22 на 23 січня 1863 р. (звідси назва повстання - Січневе) невдалими нападами озброєних груп повстанців на кілька десятків російських залог. [3.6.; 31.] ЦНК оголосив себе Тимчасовим національним урядом.
Уже 22 січня Тимчасовий національний уряд видав декрети, якими проголосив національну незалежність Польщі, демократичні свободи, звільнення селян від феодальних повинностей та передачу у їхню власність наділів без викупу. Безземельним учасникам повстання гарантувався невеликий наділ із державних фондів. За своїми цілями і характером повстання було буржуазно-національною революцією. Воно ставило собі за мету знищити феодальний лад і добитися національного визволення Польщі. [3.6.; 136.] Розпочалося повстання в несприятливих зимових умовах, без опанування великих міст. Близько 6 тис слабо озброєних повстанців утворили партизанські загони, які здобували зброю, нападаючи на невеликі військові гарнізони у провінції. Царський уряд маючи в королівстві 100-тисячну армію, сконцентрував сили у великих фортецях і містах, обмеживши тим самим можливості повстанців. Напади на великі гарнізони не принесли успіху; не вдалося захопити м. Плоцьк. Натомість в руках повстанців опинилися невеликі містечка і села в провінції, звідки було виведено військові гарнізони. [Додаток № 7.] Фактично, повстання перетворилося на партизанську війну. Окремі загони повсталих налічували понад тисячу чоловік. Партизанським загонам не вистачало зброї, набоїв, одягу, продовольства. [3.18.; 361.]
За таких обставин Тимчасовий Національний уряд (ТНУ) не міг повністю контролювати ситуацію. У перші місяці повстання велику організаційну роботу з налагодження зв’язку і керівництва діями повсталих проводив один із лідерів “червоних" Стефан Домбровський. Розвиток повстання спонукав “білих” приєднатися до нього і надати матеріальну допомогу уряду. До цього їх схиляла також позиція урядів Англії й Австрії, які незабаром скерували ноти протесту Росії, вимагаючи припинення каральних дій проти поляків і розширення автономії королівства. Франція також зайняла до повсталих прихильну позицію. Натомість Прусія у лютому 1863 р. підписала з Росією військову конвенцію, яка передбачала взаємну допомогу в боротьбі з повстанцями. [3.10.; 561.] З метою консолідації повстанського руху Тимчасовий національний уряд (ТНУ) запросив Л. Мєрославського обійняти посаду диктатора. На початку лютого він прибув до королівства, але після двох поразок від царських військ того ж місяця повернувся за кордон. Прагнучи залучити “білих” до активної участі в повстанні, ТНУ проводив переговори з Дирекцією. Однак остання вирішила взяти керівництво повстанням у свої руки і 10 березня 1863 р. оголосив диктатором М. Лянгевича. ТНУ в інтересах справи визнав це рішення. Прте через тиждень диктатор зазнав поразки від царських військ і був змушений рятуватися в Галичині, де його заарештувала австрійська поліція. Керівництво повстанням повернулося до ТНУ, до складу якого були включені представники “білих”. Невдачі спроб тривалий час втримати під контролем певну територію, партизанські лідери боротьби зродили тертя всередині ТНУ, який залишився в конспірації. Внаслідок одної з суперечок провідний представник “червоних" в уряді С. Бобровський загинув на дуелі від руки іншого повстанця А. Грабовського. “Білі" здобули більшість в ТНУ. [3.7.; 330.]
У травні 1863 Тимчасовий національний уряд прийняв назву Національного уряду і здійснював керівництво рухом з підпілля. [3.8.; 544.] Національний уряд складався з п’яти осіб; у його структурі були такі відділи: внутрішніх справ, закордонний, військовий, скарбовий, преси. Уряд випускав кілька підпільних видань (“Рух", “Нєподлеглосув”, “Вєдомосці з поля битиви” та ін), збирав податки, здійснював революційне правосуддя (трибунал).
“Таємна держава" функціонувала справно, населення підпорядковувалося його розпорядженням, а громадська солідарність обмежувала до мінімуму кількість ймовірних донощиків. Завдяки цьому повстання протривало понад півтора року.
Улітку 1863 р. партизанський рух посилився. Загони повсталих нападали на російські гарнізони і колони, атакували містечка. На місці розбитих і розпорошених загонів швидко утворювались нові. Через ряди повстанських загонів пройшло понад 200 тис. чоловік, відбулося 1,2 тис. збройних сутичок і боїв. Великих битв не було, успіхом вважався розгром царської роти або батальону. Але в більшості випадків загони повсталих змушені були відступати і розпорошуватися перед численними силами противника. Селянство здебільшого залишалося байдужим до повстання. Серед “червоних" обговорювалися питання залучення селянських мас до участі в повстанні, для чого пропонувалося передати селянам всю землю. Але такі проекти не знаходили підтримку у “білих". Натомість солідарність з польськими повстанцями висловлювали радикально-демократичні та ліберальні кола європейських країн і Росії. Деякі демократи, подолавши численні кордони, вливалися в партизанські загони. Серед командирів повстанців були українець Андрій Покебеня, француз Франсуа Рошебрю, італієць Франческо Нульо та ін. [3.15.; 163.] Отже тривалий час на територіях, охоплених повстанням, царська влада нормально функціонувала тільки у великих населених пунктах, де розташовувались військові загони.