Грандіозні перемоги Хмельницького знітили й приголомшили поляків і, в той же час надихнули, й підняли бойовий дух українців. Козаки, міщани й селяни об”єднуются у самостворені полки, і, під проводом місцевих ватажків піднімають власні повстання, або ж пристають до гетьманських. Безліч козаків і селян отримали нагоду вимістити наболілу ненависть. Вмістах і селах велися розбійні напади, грабунки, насилля – подекуди це переходило а справжні безчинства: “…шляхта, слугі замковіє, жиди й уряди міськіє – усе забияли, не щадячи ані жон и дітей їх, маетності грабовали, костели палили, обваліовали, ксіонзов забивали, дворі зась и замки шляхецкіе і двори жидовскіе пустошили, не зоставаючи жадного цілогою. Рідкий в той кріві рук свої не умочил и того грабленія тих добр не чинил”, - описуєтся у “Літописі Самовидця” картина тих страшних подій. За кілька місяців з України було зметено майже всю польську шляхту, ксьондзів, урядників. В той же час польська шляхта й магнати відповідали різаниною за різанину. Особливо відзначився в цій борні – Ярема Вишневецький. На території своїх володінь він мобілізує 6-тисячне військо, збирає залишки шляхти, ксьондзів, євреїв і починає відступати на захід. На протязі всього шляху він полишає за собою гори трупів закатованих козаків і їх прибічників. Це визвало масове обурення, так що посталі й слухать не хотіли про мирні переговоро і заклялись боротись на смерть. В той же час Б. Хмельницький об”являє про мобілізацію і створення організованої дисциплінованої армії. Козацькі полки очолювали – Ф. Джалалій, І. Гиря. М. Несторенко, також талановиті вихідці із знаті – Д. Нечай, М. Кричевський, І. Богун, та із міщан – В. Золотаренко та М. Небаба а також відомий повстанський ватажок – Максим Кривоніс. До того ж створювались нові частини з добровольців і під кінець літа військо Хмельницького налічувало до 100 тис. чоловік . Поляки ж у свою чергу намагались відволікти Хмельницького переговорами що дозволило мобілізувати до 40 тис. польського війська. Тож 23 вересня1648р. під Пилявцями, армії зустрілися на бій, під час якого польські полководці зрозуміли свою нездатність і пішли у відступ, але їх військо було знищене дощенту. Це відкрило українцям шлях на захід і вони дійшли переможною ходою аж до Львова, якій взяли в облогу, але залишили, не бажаючи руйнувати і отримавши великий відкуп. І через місяць, готуючись до облоги польської фортеці Замостя, Хмельницький отримує і приймає від новообраного короля Яна Казимира пропозицію про перемир”я. Тож в січні 1649 Богдан Хмельницький на чолі переможного війська повертаєтся до Києва, де радісний натовп зустрічає його як героя, що “звільнив свій народ від польського рабства”.
Але насправді не все було так просто. Хмельницький розумів, що поляки зовсім не настроєні назавжди розпрощатися з ласим шматком – українськими землями. І, насправді, вже навесні 1649 р. поляки пішли в наступ. Сам Ян Казимир на чолі 25-ти тисячного війська рухався з Волині. А через Галичину просувався Я. Вишневецький. Хмельницький, проявив себе як блискучий стратег, і вже коли от-от він мав одержати перемогу під Зборовом і під Збаражем, Іслам Гірей, підкуплений ляхами, поставив перед Хмельницьким вимогу про укладення договору з королем. Отже 18 серпня 1649 р. був підписаний Зборівський мир, за яким польське військо мало бути виведене з Київщини, Чернігівщини та Брацлавщини, урядові посади на цих землях дозволялось займати лише козацькій старшині та православній шляхті. Православному митрополитові обіцялось місце в сенаті. Але польській шляхті дозволялось повернутись до своїх володінь, а більшість повсталих селян повернулось у кріпацтво. Так, по всій україні цей невигідний договір викликав широке невдоволення, до того ж не всі пункти цієї угоди були виконані з боку непорядного польського можновладства. До того ж , слід зазначити, що подібне відношення до закріпаченого селянства (як за Зборівським договором), не було нав”язане польською стороною, бо ж і для самого Хмельницького остаточне знищення кріпацтва не було вигідним, адже означало підрив давно усталеної системи. Саме тенденція подібного відношення до селянського стану намітила той розкол між козацькою верхівкою й черню, що й призвів значною мірою до поразки революції в майбутньому.
Тим часом, вже у 1651 р. починаєтся новий етап козацько-польської війни. 150-ти тисячне військо, на чолі з Яном Казимиром зустрічаєтся з менш могутнім військом Хмельницького під Берестечком 18 червня 1651. Битва тривала два тижні і закінчилась поразкою козаків. Велику негативну роль зіграли все ті ж невірні союзники – татари, що самі покинули поле бою у вирішальний момент та ще й викрали головнокомандуючого – Хмельницького. Але польське командування все ж пішло на переговори, і 28 вересня 1651 р. був підписаний Білоцерківській мир. Тут вже поляки диктували свої умови. За цим договором козацький реєстр скорочувався до 20 тис., влада гетьмана поширювалась лише на Київське воєводство, гетьману заборонялось самостійно вступати у зовнішні зносини з іноземцями, особливо з татарами. Після цього, польська шляхта мало-помалу починає повертатись до своїх володінь. Намагаючись уникнути неминучого закріпачення тисячі селян й козаків тікали на землі, порубіжні з Росією, де й створили так звану Слобідську Україну (територія Сучасної Харківщини). Хмельницький, у той час, не зважаючи на умови останнього договору, збирає таємну раду в Чигирині, на який вирішено збирати нове військо і відновити воєнні дії. Вже через кілька тижнів Хиельницький нападає на 30-ти тисячну армію Речі Посполитої, що перебувала під Батогом і в травні 1652 р. розгромлює її. Звістка про перемогу швидко рознеслась по Україні, і підняла нову хвилю повстань, так що козацькі війська знову змогли зайняти частину території, що була під їх контролем до поразки під Берестечком. Ці події потягли за слбою зміни в соціально-економічній структурі країни: ліквідуєтся фільварково-панщинна система господарства, значна частина землі переходить до рук селян, провідна роль у суспільстві переходить до козацького стану, зростає землеволодіння православних монастирів тощо. Б. Хмельницький звертається до уряду Речі Посполитої з пропозицією про створення незалежної України. Ця пропозиція, звичайно ж , була відкинута, адже поляки в той час проводили підготовку до нового наступу. У 1653 р. 8-тисячне польське військо переходить у наступ. Уряд Речі Посполитої категорично відмовляється від переговорів. 21 жовтня 1653 розпочинаются воєнні дії біля м. Жванець. Вже вкотре, будучи зрадженими татарами козаки зазнають поразки.
Ці події наводять Хмельницького на думку про необхідність пошуку могутньої військово-політичної допомоги ззовні. На думку Хмельницького вигідною кандидатурою був турецький султан, що був достатньо могутнім щоб допомигти покінчити з польським засиллям, і достатньо віддалений, щою не втручатись у внутрішні справи. У 1651 році була формально підписана угода, за якою Оттоманська Порта приймала своїми васалами Військо Запорозьке на чолі з гетьманом, але через внутрішні зміни в самій Оттоманський Порті угода залишилась нездійсненою. Значно доречнішим кандидатом на роль покровителя-союзника був московський цар. Раніше, ще напочатку повсткння, Хмельницький звертався дои нього по допомогу, в ім”я православної віри. І у 1653 р. українці, погрожуючи союзом з турецьким султаном, прискорили рішення Москви. Був скликаний Земський Собор, на якому було вирішено, що “заради православної віри і святої церкви Божої государеві слід прийняти їх під свою високу руку”. 18 січня1654 р. Хмельницький скликав раду козацької верхівки, на якій ухвалили перехід України під звархність Москви. Того ж дня було скликано на міський майдан людей, що сприйняли виступ Хмельницького, що наголошував на необхідності цих дій, схвальними вигуками. Проте, коли посол Бутурлін, Хмельницький і козацька рада зайшли до церкви, щоб скріпити договір взаємною присягою, Бутурлін відмовився присягати від імені монарха, заявивши, що цар Олексій Михайлович є самодержцем і підданим не присягає. Ображений Хмельницький гордо вийшов з церкви, загрожуючи скасувати угоду. Але обдумавши ситуацію він погоджуєтся дати клятву на вірність цареві. Здавалося б, незначна формальність, але цей випадок красномовно говорить про ставлення російського правительства до українських земель. Незабаром після того по всіх містах України було розіслано російських урядників, для присяги українського народу на вірність Олексію Михайловичу та його наступникам. Тож підписання Переяславської угоди стало поворотним кроком в історії України, Росії та й всієї Східної Європи. А доля України з того часу, стала невід”ємно пов”зана з долею Росії. 21 березня 1654 р. Олексій Михайлович і Боярська дума затвердили так звані “Березневі статті” (“статті Богдана Хмельницького”), що визначали становище України в складі Російської держави. Основні положення домовленості були такими: 1) підтвердження прав і привілеїв Війська Запорозького