Óæå â 1909 ãîäó îòíîøåíèÿ ìåæäó Íèêîëàåì II è Ñòîëûïèíûì íà÷àëè ïîðòèòüñÿ. ß óæå ïèñàë, ÷òî öàðü íå ëþáèë ëþäåé, êîòîðûå èìåëè òâåðäûé õàðàêòåð, îí ñ÷èòàë, ÷òî ïîäîáíûå ëèöà "óçóðïèðóþò" åãî âëàñòü. Ðåôîðìû çàäóìàííûå Ñòîëûïèíûì ïðåîáðàçîâàíèå ìåñòíîãî óïðàâëåíèÿ, ãîñóäàðñòâåííîå ñòðàõîâàíèå ðàáî÷èõ, ââåäåíèå âñåîáùåãî íà÷àëüíîãî îáðàçîâàíèÿ, ââåäåíèå çåìñòâà â çàïàäíûõ ãóáåðíèÿõ è ò.ä.) íå ãðîçèëè óñòîÿì ñàìîäåðæàâèÿ, íî ðåâîëþöèÿ áûëà ïîáåæäåíà, è , êàê ñ÷èòàë Íèêîëàé II è åãî ïîìîùíèêè èç Ñîâåòà îáúåäèíåííîãî äâîðÿíñòâà, ïîáåæäåíà íàâñåãäà, à ïîýòîìó ðåôîðìû íå íóæíû. Ñèñòåìàòè÷åñêèå ïðèäèðêè è êëÿóçû êðàéíå ïðàâûõ öàðþ íà ãëàâó ïðàâèòåëüñòâà, ÷òî íåìàëî ïîïîðòèëî êðîâè Ñòîëûïèíó. Ðåøåíî áûëî ñîçäàòü Ìîðñêîé ãåíåðàëüíûé øòàá èç äâóõ äåñÿòêîâ ëþäåé, òàê êàê ýòî âûçûâàëî äîïîëíèòåëüíûå ðàñõîäû, Ñòîëûïèí ðåøèë ïðîâåñòè åãî øòàòû ÷åðåç Äóìó, êîòîðàÿ óòâåðæäàëà áþäæåò. Íèêîëàé II ñ÷èòàë, ÷òî âñå äåëà î âîîðóæåííûõ ñèëàõ - åãî ëè÷íàÿ êîìïåòåíöèÿ. Íèêîëàé II äåìîíñòðàòèâíî íå óòâåðäèë çàêîíîïðîåêò.  ýòî æå âðåìÿ Ðàñïóòèí ïðèîáðåòàåò çíà÷èòåëüíîå âëèÿíèå ïðè äâîðå. Ñêàíäàëüíûå ïîõîæäåíèÿ "ñòàðöà" çàñòàâèëè ïîïðîñèòü öàðÿ âûãíàòü Ðàñïóòèíà èç ñòîëèöû, íî Íèêîëàé ñêàçàë, ÷òî ëó÷øå äåñÿòü Ðàñïóòèíûõ, ÷åì îäíà èñòåðèêà èìïåðàòðèöû.[12] Óçíàâ î ýòîì ðàçãîâîðå Àëåêñàíäðà Ôåäîðîâíà ïðîñòî âîçíåíàâèäåëà Ñòîëûïèíà è â ñâÿçè ñ ïðàâèòåëüñòâåííûì êðèçèñîì ïðè óòâåðæäåíèè øòàòîâ Ìîðñêîãî ãåíåðàëüíîãî øòàáà íàñòàèâàëà íà åãî îòñòàâêå.[13]
 ìàðòå 1911 ãîäà ðàçðàçèëñÿ åùå áîëåå ìîùíûé êðèçèñ. Ïðè ó÷ðåæäåíèè çàïàäíûõ çåìñòâ, ïðàâûå ïîñïåøèëè äàòü áîé Ñòîëûïèíó â ãîñóäàðñòâåííîì ñîâåòå, è ïðîãîëîñîâàëè ïðîòèâ êóðèé, ïîëó÷èâ íåãëàñíîå ðàçðåøåíèå ìîíàðõà. Äëÿ Ñòîëûïèíà èòîãè ãîëîñîâàíèÿ ÿâèëèñü ïîëíîé íåîæèäàííîñòüþ, îí ïîíÿë, ÷òî Íèêîëàé ïðåäàë ñâîåãî ïðåìüåðà. íà áëèæàéøåé àóäèåíöèè ó öàðÿ Ñòîëûïèí ïîäàë â îòñòàâêó. Îí áûë âïîëíå óâåðåí, ÷òî åãî îòñòàâêó ïðèìóò, íî ýòîãî íå ïðîèçîøëî èç-çà äâóõ ïðè÷èí. Âî-ïåðâûõ, öàðü íå ïðèíèìàë çà ìèíèñòðàìè ïðàâà âûõîäèòü â îòñòàâêó, ñ÷èòàÿ, ÷òî òîëüêî ìîíàðõ ìîæåò ëèøàòü ìèíèñòðîâ èõ ïîñòîâ, à âî-âòîðûõ, îí ïîäâåðãñÿ äîâîëüíî åäèíîäóøíîé àòàêå êíÿçåé è âäîâñòâóþùåé èìïåðàòðèöû Ìàðèè Ôåäîðîâíû, êîòîðàÿ îáúÿñíÿëà Íèêîëàþ, ÷òî Ñòîëûïèí - ÷åëîâåê, êîòîðûé ñïîñîáåí âûâåñòè Ðîññèþ èç êðèçèñà.Òàêèì îáðàçîì Ñòîëûïèí íå ïîëó÷èë îòñòàâêó, êîòîðóþ îí æäàë. Ïîíÿâ ñèòóàöèþ, îí âûäâèãàåò ïåðåä Íèêîëàåì ðÿä æåñòêèõ óñëîâèé. Âî-ïåðâûõ, ðàñïóñòèòü Ãîñóäàðñòâåííûé ñîâåò è äóìó íà òðè äíÿ è çàêîíîïðîåêò ïðîâåñòè ïî 87 ñòàòüå, à ãëàâíûõ ñâîèõ ïðîòèâíèêîâ - Ï.Í. Äóðíîâî è Â.Ô.Òðåïîâà - Ñòîëûïèí òðåáîâàë óäàëèòü èç ãîñóäàðñòâåííîãî ñîâåòà. È åùå íàçíà÷èòü ñ 1 ÿíâàðÿ 1912 ãîäà òóäà 20 íîâûõ äåïóòàòîâ ïî âûáîðó Ñòîëûïèíà. Íî Íèêîëàé íèêîãäà íå ïðîùàë òàêèõ "ñèëîâûõ ïðèåìîâ".Íàäî îòìåòèòü, ÷òî Ñòîëûïèí â ðåçóëüòàòå ñâîåé ïÿòèëåòíåé äåÿòåëüíîñòè, ïîòåðÿë ñêðîìíîñòü, ïðèîáðåë ìîíóìåíòàëüíîñòü, íî îí çíàë, ÷òî Íèêîëàé íà ýòîì äåëà íå îñòàâèò. Öàðü íà÷àë ìåëêî, íî ïîñòîÿííî ùåëêàòü ïî íîñó ñâîåãî ïðåìüåðà: íå ïîäïèñûâàë çàêîíîïðîåêòîâ, êîòîðûå áûëè ïðèíÿòû îáåèìè ïàëàòàìè, íàçíà÷àë â ïðàâèòåëüñòâî àêòèâíûõ ïðîòèâíèêîâ Ñòîëûïèíà. Ïîëçëè ñëóõè î ñêîðîé îòñòàâêå ïðåìüåðà.