Между тем в большевистском руководстве вспыхнули острые разногласия по вопросу заключения сепаратного мира на тяжелейших условиях с германской стороны. Если Ленин обосновал необходимость мира на любых условиях, то «левые коммунисты» агитировали за революционную войну. С особой позицией выступил Троцкий, выдвинув лозунг «Ни мира, ни войны», который означал прекращение войны, отказ от подписания мира и демобилизацию армии. Расчет был на скорую революцию в Германии и Австро-Венгрии и неспособность Германии провести крупномасштабное наступление. Пользуясь отсутствием решения ЦК по этому вопросу, 10 февраля нарком по иностранным делам отказался принять немецкий ультиматум и сделал заявление, соответствовавшее его взглядам. Надо заметить, что расчеты Троцкого не были беспочвенными. Министры иностранных дел Германии и Австро-Венгрии Кюльман и Чернин были готовы согласиться с формулой советского наркома. Но на совещании у кайзера 13 февраля победу одержала «военная партия». 18 февраля началось немецкое наступление. Концепция Троцкого оказалась ошибочной. В этих условиях он при голосовании вечером 18 февраля поддержал предложение Ленина о немедленном обращении к немецкому правительству с целью подписания мира. При обсуждении 23 февраля в ЦК новых, еще более тяжелых условий с немецкой стороны Троцкий считал ленинские доводы недостаточно убедительными, но в этой обстановке вместе с Дзержинским, Иоффе и Крестинским воздержался, что означало принятие ленинской резолюции о готовности немедленно заключить мир.
Одновременно Троцкий уходит с поста наркома по иностранным делам и тут же получает новое назначение. 13 марта он становится народным комиссаром по военным делам, сменив на этом посту И. И. Подвойского. 6 апреля он возглавил и Наркомат по морским делам, а 6 сентября Троцкий стал председателем Реввоенсовета республики, созданного для руководства армией, флотом и всеми учреждениями военного и морского ведомств. Эти посты он занимал до 26 января 1925 г. В условиях жесточайшей гражданской войны, охватившей всю огромную территорию бывшей Российской империи, деятельность его безусловно имела решающее значение. Именно эти годы поставили Троцкого рядом с Лениным в сознании многих людей, сделали его имя по-настоящему известным каждому жителю страны.
В литературе и публицистике о деятельности Троцкого в годы гражданской войны создано немало стереотипов. В основном они сводятся к его жестокости, использованию террора и расстрелов, заградотрядов и концлагерей. Не собираясь оправдывать руководителя Красной Армии, потому что все это правда, вместе с тем попытаемся избавиться от некоторых упрощенных оценок, ведь задача истории, как сказал один из философов, не осудить, а понять.
Как же случилось, что человек, никогда не служивший в армии, не имевший военного образования, не только оказался в роли верховного военачальника, но и, при всех своих недостатках, справился с этой задачей. Прежде всего напомним, что Троцкий был политическим руководителем, предоставившим решение военных задач профессионалам — Вацетису, С. С. Каменеву и другим. Главные же проблемы, которые решал он, — создание постоянной армиии ее аппарата, привлечение специалистов, офицеров и генералов царской армии, борьба с «партизанщиной» и установление железной дисциплины (безоговорочное подчинение приказам).
Большевики шли к власти, уверенные в скоротечности будущей гражданской войны, в поддержке подавляющего большинства широчайших масс, в колоссальных возможностях государства-коммуны. Им казалось возможным справиться с политическими противниками достаточно ограниченными средствами. 25 октября 1917 г. Троцкий говорил в Петросовете: «Мы все люди партий, и не раз нам придется скрестить оружие. Но мы будем руководить работами Петроградского Совета в духе права и полной свободы всех фракций, и рука президиума никогда не будет рукою подавления меньшинства».
Первые дни Октября, казалось, оправдывали эти ожидания: бескровное взятие Зимнего, освобождение плененных здесь юнкеров, а через несколько дней — генерала Краснова, первые судебные приговоры новой власти с их пафосом «морального осуждения», освобождение из тюрьмы деятелей старого режима — С. П.Белецкого, П.Г.Курлова, А. А. Вырубовой и других. В 1918 г. первомайская амнистия принесла освобождение даже В. М. Пуришкевичу. Но одновременно реальность все более рушила первоначальные иллюзии: стачка служащих и интеллигенции, не желавших признавать новую власть, взаимные жестокости во время боев в Москве и при подавлении выступления юнкеров в Петрограде, успех эсеров при выборах в Учредительное собрание, «самостийность» мест, не желавших выполнять распоряжения центральной власти, нарастающая волна анархии и разложения с их «пьяными бунтами» и бессмысленными убийствами, обоюдные расстрелы пленных на Дону и Кубани, жесточайшее подавление финляндской революции в мае 1918 г. — все это ставило вопрос: как удержать власть, как обуздать стихию? К этому добавлялась общая усталость от войны, справедливое раздражение крестьянства продовольственной политикой Советской власти, произволом многих ее представителей на местах. Гражданская война приобретала огромные масштабы, затяжной характер и невиданную жестокость. Достаточно сказать,что в 1919—1920 гг. в Красной Армии насчитывались сотни тысяч дезертиров. Реальной была и проблема мятежей, измены отдельных лиц и целых воинских частей. Например, за девять дней (с 26 июня по 4 июля 1918 г.) на сторону противника перебежали один за другим трое командующих 2-й армией на Восточном фронте. Это, безусловно, случай уникальный, но весьма показательный. В феврале 1918 г. отказался выполнять приказы матросский отряд, выехавший на фронт под Нарву, а командир его, нарком П. Е. Дыбенко, не смог восстановить порядок.
В этих условиях большевики берут из истории опыт якобинцев. Репрессии становятся неотъемлемым элементом политики, в первую очередь военной. Сам Троцкий был убежден в необходимости этого. Через много лет он писал: «Нельзя строить армию без репрессий. Нельзя вести массы людей на смерть, не имея в арсенале командования смертной казни. До тех пор, пока гордые своей техникой, злые бесхвостые обезьяны, именуемые людьми, будут строить армии и воевать, командование будет ставить солдат между возможной смертью впереди и неизбежной смертью позади. Но армии все же не создаются страхом». Многие авторы при цитировании этих слов Троцкого опускают последнюю фразу. Она показывает, что он считал репрессии важным, но вовсе не главным моментом.
Наиболее отчаянным был 1918 г. В начале августа белочехи взяли Казань и готовились перейти Волгу. 8 августа организованный накануне поезд председателя реввоенсовета прибыл в Свияжск. Здесь Троцкий находился 25 дней, агитируя, организуя, угрожая, наказывая и требуя. 30 августа им был издан приказ № 31. Там, в частности, говорилось: «Вчера по приговору военно-полевого суда... расстреляны 20 дезертиров. В первую голову расстреляны те командиры и комиссары, которые покинули вверенные им позиции. Затем расстреляны трусливые лжецы, прикидывавшиеся больными... Да здравствуют доблестные солдаты!.. Гибель шкурникам! Смерть изменникам-дезертирам!». Тогда же, не упуская случая подчеркнуть героизм и преданность кадровых офицеров, невозможность обойтись без их знаний, Троцкий 30 сентября 1918 г. предупреждает: «Пусть же перебежчики знают, что они одновременно предают и свои собственные семьи: отцов, матерей, сестер, братьев, жен и детей», и приказывает «представить... списки всех перебежавших... лиц командного состава со всеми необходимыми сведениями об их семейном положении». За неустойчивыми частями выставляются заградотряды, обязанные не допускать отхода без приказа. В своем знаменитом поезде председатель Реввоенсовета носится по всем фронтам, привозя небольшие запасы снаряжения, командиров и агитаторов, поддерживая постоянную связь с Москвой. Его сообщения в Центр полны решительности и не ведают сомнений. Он телеграфирует Ленину и Свердлову осенью 1918 г.: «Причина постыдных неудач на Воронежском фронте — в полной распущенности восьмой армии. Главная вина лежит на комиссарах, не решавшихся принимать крутые меры. ...Полевые трибуналы приступили к работе. Произведены первые расстрелы дезертиров. Объявлен приказ, возлагающий ответственность за укрывательство дезертиров на совдепы, комбеды и домохозяев... Надеюсь, что перелом будет достигнут в короткий срок».
Вместе с тем Троцкий настаивал на том, что все репрессии должны проводиться в судебном порядке, напоминая о недопустимости самосудов в отношении пленных. В приказе от 10 декабря 1918 г. указывалось: «Строжайше запрещаю расстреливать пленных рядовых казаков». Это не было лишь фразой для внешнего пользования. В мае 1919 г. Троцкий писал Реввоенсовету 2-й армии: «Разумеется, в боевой обстановке, под огнем, командиры, комиссары... могут оказаться вынужденными убить наместе изменника, предателя, провокатора... Но за вычетом этого исключительного положения... расстрелы без суда... никоим образом не могут быть допущены». Однако мерой борьбы с этим в обстановке войны были те же расстрелы. В приказе № 92 по войскам Восточного фронта от 1 мая 1919 г. подчеркивалось: «Сдавшихся или захваченных в плен противников ни в коем случае не расстреливать... Самовольные расстрелы... будут беспощадно караться по законам военного времени». Кстати, здесь стоит напомнить о приказе А. В. Колчака от 27 марта 1919 г. за № 273, по которому военнопленных красноармейцев двух категорий — «добровольцев из рабочих и бывших моряков и добровольцев из крестьян-хлебопашцев» — требовалось «препроводить... в тюрьмы и лагеря... для последующего предания их... военно-полевому суду за государственную измену».