В конце апреля 1881 года Александр III встал на сторону врагов каких бы то ни было перемен в системе государственного управления. (М.Н. Катков и К.П. Победоносцев). Последовало смещение покровительствовавшего "Дружине" министра внутренних дел графа Н.П. Игнатьева, была ликвидирована "Дружина".
В 1886 году, следуя славянофильским традициям, Витте заявил себя (в журнальной статье) ярым противником развития капитализма в России и превращения русского крестьянина в частного рабочего, раба капитала и машины.
В 1887 году Витте, служил управляющим Юго-Западными железными дорогами, а в 1889 году он получил должность директора департамента железных дорог в министерстве финансов ( потеряв при этом в доходах). Витте со свойственной ему энергией начал завоевывать Петербург; в начале 1892 года он уже министр путей сообщения.
Дальнейшее продвижение по служебной лестнице ему осложнил новый брак после смерти первой жены. Его вторая жена Матильда Ивановна Витте (Нурок, по первому браку Лисапевич) была разведенной и еврейкой. Несмотря на все старания Витте, ее не приняли при дворе. Впрочем, брак состоялся с согласия Александра III.
В августе 1892 году в связи с болезнью Вышнеградского, Витте сделался его приемником на посту министра финансов. Заняв кресло на посту одного из самых влиятельных министров, Витте показал себя реальным политиком. Вчерашний славянофил, убежденный сторонник самобытного развития России в короткий срок превратился в индустриализатора европейского образца, заявившего о своей готовности в течение двух пятилетий вывести Россию в разряд передовых промышленных держав.
В начале 90-х годов Витте еще не изменил общинным идеалам, считал русское крестьянство консервативной силой и "главной опорой порядка". Видя в общине оплот против социализма, он сочувственно относился к законодательным мерам конца 1880-х - начала 1890-х годов, направленных на ее укрепление.
Промышленность, строительство и железные дороги в 90-х годах активно развивались. Этому в какой-то степени способствовало и обнищание крестьян и землевладельцев после неурожая 1891 г. и последовавшего за ним голода. Именно этот упадок в экономике и привел общественность к осознанию необходимости принять меры для обуздания реакционных деятелей в правительстве, толкавших страну на грань экономического и духовного распада. В этой обстановке появился на политической сцене С.Ю. Витте. На этого в высшей мере талантливого человека легла задача преобразования экономической жизни страны.
В 1894-95 гг. Витте добился стабилизации рубля, а в 1897 сделал то, что не удавалось его предшественникам, - ввел золотое денежное обращение, обеспечив стране твердую валюту вплоть до первой мировой войны и приток иностранных капиталов. При этом резко увеличилось налогообложение, особенно косвенное. Одним из самых эффективных средств выкачивания денег из народного кармана стала введенная Витте государственная монополия на продажу спирта, вина и водочный изделий.
На рубеже XX века экономическая платформа Витте приняла вполне определенный и целенаправленный характер: в течение примерно 10 лет догнать в промышленном отношении более развитые страны Европы, занять прочные позиции на рынках Ближнего, Среднего и Дальнего Востока. Ускоренное промышленное развитие обеспечивалось путем привлечения иностранных капиталов, накопления внутренних ресурсов с помощью казенной винной монополии и усиления косвенного обложения, таможенной защиты промышленности от западных конкурентов и поощрения вывоза. Иностранным капиталам в ней отводилась особая роль - в конце 90-х годов Витте выступил за неограниченное привлечение их в русскую промышленность и железнодорожное дело, называя эти средства лекарством против бедности и ссылаясь при этом на пример из истории США и Германии.
Особенность приводимого Витте курса состояла в том, что он как ни один из царских министров финансов, широко использовал исключительную экономическую силу власти, существовавшую в России. Орудиями государственного вмешательства служили Государственный банк и учреждения министра финансов, контролировавшие деятельность коммерческих банков.
В условиях подъема 1890-х годов система Витте способствовала развитию промышленности и железнодорожного строительства; к 1900 году Россия вышла на 1 место в мире по добыче нефти. Казавшийся стабильным политический режим и развивавшаяся экономика завораживали мелкого европейского держателя, охотно покупавшего высокопроцентные облигации русских государственных займов и железнодорожных обществ.
В 1890-е годы резко возросло влияние Министерства финансов, а сам Витте на какое-то время выдвинулся на первое место в бюрократическом аппарате империи. Витте не скупился в расходах, рекламируя в европейских газетах и журналах финансовое положение России, свой экономический курс и собственную персону.
В русской печати министра резко критиковали за отступничество его бывшие единомышленники. За неограниченное использование государственного вмешательства Витте подвергался критике и со стороны приверженцев реформ 1860-х годов, считавших, что индустриализация возможна только через перемены в государственной системе - создание настоящего ("объединенного") правительства и введение правительственного учреждения. В либеральных кругах "система" Витте была воспринята как "грандиозная экономическая диверсия самодержавия", отвлекавшая внимание населения от социально-экономических и культурно-политических реформ. В конце 1890-х годов казалось, что Витте доказал своей политикой невероятное: жизнеспособность феодальной по своей природе власти в условиях индустриализации, возможность успешно развивать экономику, ничего не меняя в системе государственного управления.
Однако, честолюбивым замыслам Витте не суждено было осуществиться. Первый удар по ним нанес мировой экономический кризис, резко затормозивший развитие промышленности; сократился приток иностранных капиталов, нарушилось бюджетное равновесие. Экономическая экспансия на Дальнем и Среднем Востоке, сама по себе связанная с большими расходами, еще и обострила русско-английские противоречия и приблизила войну с Японией. С началом же военных действий ни о какой последовательной экономической программе не могло уже быть речи.
Ускоренная индустриализация России не могла быть успешной при сохранении традиционной системы власти и существовавших экономических отношений в деревне и Витте скоро начал отдавать себе в отчет. "...сделавшись механиком сложной машины, именуемой финансами Российской империи нужно было быть дураком, чтобы не понимать, что машина без топлива не пойдет. Топливо это - экономическое состояние России, а так как главная часть населения - это крестьянство, то нужно было вникнуть в эту область". В 1896 году Витте отказался от поддержки общинного землевладения. В 1898 г. он сделал первую попытку добиться в комитете министров пересмотра аграрного курса, сорванную, однако, В. К. Плеве, К. П. Победоносцевым и П. Н. Дурново. К 1899 году при участии Витте были разработаны и приняты законы об отмене круговой поруки. Но общинное землевладение оказалось твердым орешком. В январе 1902 года Витте возглавил Особое Совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности, тем самым, взяв, казалось бы, к себе в министерство финансов общую разработку крестьянского вопроса. Противники Витте из помещичьего лагеря обвиняли его в том, что своей политикой поощрения промышленности он разорил сельское хозяйство. Это, вообщем, несправедливо. Главная причина отставания сельского хозяйства заключалась в сохранении крепостнических пережитков в деревне. Выкуп за землю вынул из кармана крестьян больше денег, чем создание промышленности. Сделал свое дело аграрный кризис. А вот ко всему этому добавилась уже и политика Витте.