«Реформаторство» кабинета Витте в период наивысшего подъема революции проявилось в частичной политической амнистии, временных правилах о печати, в некотором расширении избирательных прав населения. 3 ноября 1905 года был издан манифест «Об улучшении благосостояния и облегчении положения крестьянского населения» и два указа, целью которых было прекращение захватов и разгромов крестьянами помещичьих имений. Объявлялось о снижении с 1906 года наполовину и о полной отмене с 1907 года крестьянских выкупных платежей. Несколько облегчались условия приобретения земель через Крестьянский банк, который получил право покупки помещичьих имений за собственный счет.
Вскоре пелена конституционных иллюзий, на некоторое время действительно ослепившая широкие слои российского общества, начала спадать. Вновь поднялась волна стачечного движения, перерастая в ряде мест в вооруженные восстания, наиболее крупное из которых разразилось в Москве. Соответственно разработка и осуществление карательных мер занимают все большее место в деятельности премьера. Совет министров под его председательством разрабатывает стратегию и тактику вооруженного подавления революционных выступлений. Были устранены почти все юридические препятствия для широкого и быстрого применения оружия войсками и полицией. Витте выступил инициатором законопроекта об упрошенном применении военно-полевых судов, выводившем их из-под опеки какого-либо контроля административных органов. Проект, правда, не прошел, так как Совет министров признал, что в условиях военного и чрезвычайного положения военно-полевые суды и так действуют достаточно быстро и надежно. Вместо этого он счел нужным изменить правила действия войск при подавлении вооруженных выступлений, отменив стрельбу в воздух и холостыми патронами. Обосновывая это решение, премьер в докладе царю писал: «Главным основанием деятельности войск должно быть поставлено, что коль скоро они вызваны для усмирения толпы, то действия должны быть решительные и беспощадные по отношению ко всем сопротивляющимся с оружием в руках». Он потребовал также, чтобы ему было предоставлено право менять в зависимости от складывавшейся политической ситуации дислокацию войск, что было прерогативой монарха и военных. Николай II весьма ревниво отнесся к притязаниям председателя Совета министров, и тому пришлось даже пригрозить уходом в отставку, чтобы добиться этого права.
Вместе с тем Витте принимал и непосредственное участие в руководстве подавлениями очагов вооруженных конфликтов. Так, своевременно оценив нараставшую напряженность в Москве, он еще в начале ноября добился назначения туда генерал-губернатором адмирала Ф. В. Дубасова, зарекомендовавшего себя жестоким карателем крестьянских выступлений. По его же указанию была осуществлена рискованная для правительства переброска гвардейского Семеновского полка в Москву, сыгравшая решающую роль в разгроме вооруженного восстания. Он выступил инициатором посылки карательных экспедиций в Прибалтику, Польшу, на Кавказ, организации «кордона» на границе с Финляндией, чтобы воспрепятствовать ввозу оружия в Россию. По его приказам отправлялись специальные «экзекуционные» поезда по железным дорогам, наводившие ужас на население пристанционных районов. Много усилий было приложено им к возвращению войск с Дальнего Востока. К апрелю 1906 года из Маньчжурии было выведено до 250 тысяч солдат и офицеров. А так как в решающие моменты войск все равно не хватало, то он предлагал даже создать черносотенные ополчения, которые должны были оказывать содействие правительству при подавлении главным образом «аграрных беспорядков».
После подавления декабрьских вооруженных восстаний революция постепенно пошла на убыль. Витте, щеголявший во всеподданнейших докладах крутым характером предпринимавшихся мер, 23 декабря доносил царю: «Вообще можно сказать, что революционеры на время везде сломлены. Вероятно, на днях общие забастовки везде кончатся. Остаются остзейские губернии, Кавказ и Сибирская железная дорога. По моему мнению, прежде всего надо разделаться с остзейскими губерниями. Я целым рядом телеграмм поощрял генерал-губернатора действовать решительно. Но там, очевидно, мало войск. Вследствие сего я ему еще вчера ночью телеграфировал, что ввиду слабости наших войск и полиции необходимо с кровожадными мятежниками расправляться самым беспощадным образом». И каратели не стеснялись в выборе средств.
Несмотря на успешную в целом деятельность Витте по подавлению революции, напряженность между ним и обществом не спадала. Его двойственная политика, вынужденные компромиссы не снискали ему популярности ни среди либералов, ни в право-консервативных кругах. В дневнике А. В. Богданович уже в записи от 24 ноября 1905 года констатировалось: «Каждый день Витте все больше и больше теряет почву под ногами, никто ему не верит. Пресса всех оттенков его ругает». Особенно усердствовали черносотенцы, видевшие в нем ниспровергателя основ российского самодержавия, виновника позорного, по их мнению, мира с Японией, наградившие его презрительной кличкой -- граф Полусахалинский.
Старая неприязнь к нему Николая И и особенно императрицы вновь переросла во враждебность, внешне до поры до времени маскируемую. В вину ему теперь вменялось и вынужденное согласие царя на публикацию Манифеста 17 октября, и то, что избранная но новому избирательному закону Дума оказалась крайне оппозиционной, а надежды на крестьянский цезаризм себя не оправдали, и вообще поведение, которое ставило монарха в некоторую тень за мощной фигурой премьера.
Не помогло Витте и то, что при обсуждении в феврале- апреле 1906 года положений о реформированном Государственном совете и Думе он выступал за всемерное ограничение полномочий обеих палат, а при подготовке новой редакции Основных законов империи, которые должны были придать самодержавному строю правовой характер и видимость конституции, приложил массу усилий в отстаивании неограниченной власти императора. В это время он заметно проэволюционировал вправо по сравнению с позицией, которую он занимал в октябре 1905 года. Сам форсированный пересмотр этих законов, на котором настаивал премьер, объяснялся стремлением его завершить этот акт до открытия Думы, чтобы последняя не стала чем-то вроде Учредительного собрания и не поставила под сомнение прерогативы верховной власти. По его представлениям, это дало бы возможность России постепенно, на основе консервативной конституции и без парламентаризма внедрить в жизнь начала Манифеста 17 октября.
Позднее он не раз сокрушался, что с манифестом поторопились, что народное представительство себя не оправдало и что Россия оказалась не готова к политической свободе. По его мнению, необходимо было действовать более осмотрительно. Этот путь он в свое время и предлагал царю, посоветовав вместо манифеста опубликовать в виде рескрипта его всеподданнейший доклад. Насколько большое значение придавал он этому документу, свидетельствует тот факт, что в одной из бесед с журналистом А. Румановым он заявил: «Если бы меня спросили, что я хочу, чтобы было написано на моем надгробном памятнике, я сказал бы: «Объяснительная записка Манифеста 17 октября» . Вместе с тем, однако, как человек трезвого ума, он понимал, что самодержавие в прежнем виде сохранить невозможно, что в России для этого уже нет соответствующих условий. «В конце концов,— писал он в своих мемуарах,— я убежден, что Россия сделается конституционным государством и в ней, как и в других цивилизованных государствах, незыблемо водворятся основы гражданской свободы... Вопрос лишь в том, совершится это спокойно и разумно или вытечет из потоков крови. Как искренний монархист, как верноподданный слуга царствующего дома Романовых, как бывший преданный деятель императора Николая II, к нему в глубине души привязанный и его жалеющий, я молю бога, чтобы это свершилось бескровно и мирно». Этим и объяснялась противоречивость его политических взглядов и непоследовательность его поведения, стоившие немало крови народной, избежать которой он якобы так хотел. «Сердцем я за самодержавие,— признавался он своему биографу журналисту-историку Б. Глинскому,- умом за конституцию. Самодержавию я всем обязан и люблю его, а умом понимаю, что нам нужна конституция».
К открытию Думы Витте подготовил и проект аграрного законодательства, в котором изложил свои представления о путях решения острейшей проблемы, стоявшей перед правительством. Аграрный вопрос он предлагал решить посредством насаждения единоличной крестьянской собственности — в основном посредством распродажи крестьянам казенных, удельных и части помещичьих земель, заложенных в Крестьянском банке и купленных последним, а также за счет поощрения постепенного выхода из общины наиболее предприимчивых крестьян, но ни в коем случае не форсируя этот процесс и оставляя в неизменном виде законодательство о надельном землевладении. Причем предполагалось обеспечить землей в первую очередь «маломощных» крестьян, чтобы поднять таким образом общую платежеспособность деревни. Такой подход к решению аграрно-крестьянского вопроса нес на себе отпечаток прежнего попечительного курса в отношении деревни. Но в целом в основных своих чертах виттевский проект аграрной реформы в значительной мере совпадал с программой, предложенной осенью этого же года П. А. Столыпиным, что давало повод Витте обвинять своего политического воспреемника в плагиате. Свой же проект представить в Думу Витте так и не успел.