Конечно, Столыпин не мог не считаться с проделанной в министерстве до его прихода работой. Не мог он не учитывать и настроений поместного дворянства, которое по ходу революции оказалось едва ли не единственным классом, верным режиму. В мае 1906г. на первом съезде уполномоченных дворянских обществ с докладом «Основные положения по аграрному вопросу» выступил Д.И. Пестржецкий, чиновник МВД, принимавший участие в разработке аграрных проектов. Докладчик утверждал, что в целом по стране «за последнее время никакого реального основания для огульного наделения землею крестьян не возникло». В общем же должны быть предприняты меры «к улучшению и более полному использованию надельной площади» (введение многопольных севооборотов, лучшая обработка и удобрение земли, переход от общинной и личной собственности, расселение крупных деревень, уничтожение внутринадельной чересполосицы, создание хуторов). «Инициатива по введению улучшений в крестьянском хозяйстве, - подчеркивалось в докладе, - должна составить предмет главнейших забот государства и земства. Следует отрешиться от мысли, что когда наступит время к переходу к иной, более культурной системе хозяйства, то крестьяне перейдут к ней по собственной инициативе». Во всем мире переход крестьян к улучшенным системам хозяйства происходил при сильном давлении сверху. Нечто подобное говорил Столыпин на заседании Гродненского комитета.
Эту же мысль он проповедовал и в министерстве. Однако большинство уполномоченных было настроено решительно против общины. Вопрос о хуторах не вызвал больших прений. Сами по себе хутора и отруба мало интересовали дворянских представителей. Правительство предложило раздробить общину при помощи хуторов и отрубов, и дворянство охотно согласилось.
Между тем обстановка в стране была неопределенная. Давление дворян уравновешивалось давлением думы и правительства. После роспуска I Думы ситуация еще более обострилась.
В конце августа 1906г. Столыпин провел мероприятия по передаче крестьянскому банку части государственных и удельных земель для продажи крестьянам. Тем самым он приступил к исполнению своего замысла, созревшего еще в Саратове. По существу речь шла о приватизации части государственного имущества.
Эти мероприятия вызвали возражения со стороны Гурко. Он считал, что казенные земли итак почти всецело были в руках крестьян, которые многие годы снимали их в аренду. Проведение такой меры, опасался он, оживит у крестьян надежды на то, что в дальнейшем они заберут в свои руки и помещичьи земли.
Столыпин не допускал и мысли о полной ликвидации помещичьего землевладения. Иное дело – частичное его ограничение. В 1909г. когда обстановка в стране коренным образом изменилась, Столыпин вновь коснулся этого вопроса в интервью с корреспондентом газеты «Волга»: «Вероятно, крупные земельные собственники несколько сократятся, вокруг нынешних помещичьих усадьб начнут возникать многочисленные средние и мелкие крестьянские хозяйства, столь необходимые как оплот государственности на местах».
Частичное отчуждение помещичьей земли фактически уже идет. Многие помещики, напуганные революцией, продают имения. Важно, чтобы Крестьянский банк скупал все эти земли, разбивал на участки и продавал крестьянам. Из перенаселенной общины работники уйдут на банковские земли. Идет перенаселение в Сибирь. Под воздействием определенных производственных мер, община прекратит эти свои бесконечные земельные переделы. Наделенная земля перейдет в частную собственность. Некоторые крепкие хозяйства станут заводить хутора и отруба на общинных землях. Примерно так у Столыпина сложилась общая концепция реформы.
10 октября 1906г. когда этот проект рассматривался в Совете министров, Столыпин сам, без помощи Гурко, его докладывал и защищал. Все члены правительства находили, что «община не заслуживает далее покровительства закона». Разногласия возникли лишь насчет того, надо ли проводить этот проект без обсуждения в Думе.
9 ноября 1906г. проект «Особого журнала» Совета министров был доложен царю, который написал резолюцию: «Согласен с мнением председателя и 7 членов». Столыпинской аграрной реформе был дан зеленый свет. Первая статья указа 9 ноября 1906г. наиболее известная и часто цитируемая, устанавливала, что «каждый домохозяин, владеющий надельною землею на общинном праве, может во всякое время требовать укрепления за собою в личную собственность причитающейся ему части из означенной земли».
Тогда же в ноябре 1906г. у Гурко произошли крупные неприятности, он был уволен со службы. Это вызвало недовольство царя, который ценил Гурко. Столыпин отнесся к этому довольно спокойно.
В это время едва ли не главной заботой председателя Совета министров стало положение, в которое попал Крестьянский поземельный банк. Он скупил у помещиков много земли, а крестьяне не спешили ее раскупать, поэтому у него скопилось много земли, с которой он не в состоянии справится и мало денег. Для поддержки его правительство использовало даже накопления пенсионных касс.
Только после революции аграрная реформа пошла быстрее. Прежде всего, правительство предприняло энергичные действия по ликвидации земельных запасов Крестьянского банка. 13 июня 1907г. этот вопрос разбирался в Совете министров, было решено образовать на местах временные отделения совета банка, передав им ряд важных полномочий.
Отчасти в результате принятых мер, а больше того вследствие изменения общей обстановки в стране дела у Кредитного банка пошли лучше. Всего за 1907-1915гг. из фонда банка было продано 3909 десятин земли разделенных примерно на 280000 хуторских и отрубных участков. Наладив деятельность Кредитного банка, правительство вплотную занялось реализацией указа 9 ноября 1906г. На места заспешили министерские ревизоры, потребовавшие от губернских и уездных чиновников, чтобы все их силы сосредоточились на проведении аграрной реформы. Земские начальники, уличенные в нерадивости, увольнялись в отставку. Это резко подхлестнуло активность тех, кто оставался на службе.
Года за 3 до речи в Государственном совете, 9 декабря 1906г. за подписью Столыпина был разослан циркуляр МВД, в котором устанавливалось следующее правило: домохозяин, подавший заявление о выходе из общины, поле принятия на сходе приговора об очередном переделе, но до утверждения его уездным советом, укрепляет свой надел в прежнем размере. Фактически это равнялось запрещению всех общих переделов, ибо всякий, теряющий часть надела, мог подать заявление о выходе, удержать за собой весь надел и расстроить передел. И правительству было известно, что многие крестьяне держатся за общину только потому, что она периодически переделяет землю. В те времена это было для крестьянства то, что сейчас называют социальной гарантией: каждый крестьянский юноша, как бы ни сложилась его судьба, мог рассчитывать на свою долю в земельном наделе родной деревни. Циркуляр МВД, изданный всего лишь через месяц после указа 9 ноября 1906г. наносил еще один очень сильный удар по общине.
Столыпин поддержал предложение объявить перешедшими к подворному владению общины, длительное время не совершавших общих переделов. Он лишь уточнил: пусть таковыми считаются те общины, которые не переделялись после наделения их землей по реформе 1861г. Эта норма была закреплена в законе 14 июня 1910г. заменившем собою указ 9 ноября 1906г. и в последствии стала для многих общин источником многих насилий.
Многообразное и неустанное, законное и незаконное давление центральных и местных властей на общину с целью выталкивания из нее крестьян, началось сразу же после указа 9 ноября 1906г. Столыпин, отрицавший такое давление, выглядит в невыгодном свете. Возможно, он что-то не знал или не помнил и вообще недостаточно трезво представлял политику собственного министерства. Он не освежил МВД. Гурко был удален, но «дух Гурко» в министерстве остался. На словах как бы отдавая дань прежним своим взглядам, Столыпин и сам вскоре проникаться этим духом.
Третьеиюньский государственный переворот коренным образом изменил обстановку в стране. Крестьянам пришлось оставить мечты о скорой «прирезке». Темпы реализации указа 9 ноября 1906г. резко возросли. В 1908г. по сравнению с 1907г. число укрепившихся домохозяйств увеличилось в 10 раз. В 1909г. был достигнут рекордный показатель 579,4 тыс. укрепившихся.
С 1910г. темпы укрепления стали снижаться. Искусственные меры, введенные в закон 14 июня 1910г. не выправили кривую. Численность выделяющихся из общины крестьян стабилизировалась только после выхода закона 29 мая 1911г. «О землеустройстве». Однако вновь приблизиться к показателям 1908-1909гг. не удалось.
За эти годы в некоторых южных губерниях, например в Бессарабской и Полтавской, общинное землевладение было почти совсем ликвидировано. В других губерниях, например в Курской, оно утратило первенствующее положение. Но в губерниях северных, северо-восточных, юго-восточных, а отчасти и в центрально-промышленных, реформа лишь слегка затронула толщу общинного крестьянства.
Сами крестьяне, выходя из общины, первостепенное значение предавали не закреплению за собой конкретных полос, а общей их площади. Поэтому они, случалось, были не прочь принять участие в общем переделе, если при этом не уменьшалась площадь их надела. Чтобы власти не вмешались и не расстроили дело, такие переделы иногда проводились тайно. Бывало, что такой же взгляд на укрепленную землю устраивало и местное начальство.
Министерская ревизия 1911г. обнаружила в Орловской губернии многочисленные случаи долевого укрепления. Значит, что укреплялись не отдельные полосы, а доля того или иного домохозяйства в мирском землевладении. Да и само правительство, в конце концов, встало на такую же точку зрения, присвоив себе по закону 29 мая 1911г. право передвигать укрепленные полосы при выделении хуторов или отрубов. Поэтому массовое укрепление чересполосных земель приводило только к образованию беспредельных общин.